impala - онлайн в хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast,
seedtop - Базовий інструмент пошуку локального вирівнювання

СИНТАКСИС

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F вул] [-G N] [-I "старт СТОП"] [-J "старт СТОП"] [-M вул]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a ім'я файлу] [-d N] [-e X] [-g F] -i ім'я файлу
-j ім'я файлу [-m] [-o ім'я файлу] -p вул [-q N] [-r N] [-t N]

вибух2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F вул] [-G N] [-H] [-I "старт СТОП"]
[-J "старт СТОП"] [-K N] [-L] [-M вул] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d вул] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i ім'я файлу]
[-j ім'я файлу] [-k вул] [-m N] [-n] [-o ім'я файлу] -p вул [-q N] [-r N] [-s] [-т N] [-у]
[-в N] [-ж N] [-y N] [-з N]

blastall [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F вул] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L почати, зупинитися] [-M вул] [-O ім'я файлу] [-P N] [-Q N] [-R ім'я файлу] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d вул] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ім'я файлу]
[-l вул] [-m N] [-n] [-o ім'я файлу] -p вул [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F вул] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L почати, зупинитися] [-M вул] [-O ім'я файлу] [-P N] [-Q N] [-R ім'я файлу] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d вул] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ім'я файлу] [-l вул]
[-m N] [-n] [-o ім'я файлу] -p вул [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastcl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F вул] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L почати, зупинитися]
[-M вул] [-O ім'я файлу] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d вул] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ім'я файлу] [-m N] [-n] [-o ім'я файлу] -p вул [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u вул] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastpgp [-] [-A N] [-B ім'я файлу] [-C ім'я файлу] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M вул] [-N X] [-O ім'я файлу] [-P N] [-Q ім'я файлу] [-R ім'я файлу] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d вул] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i ім'я файлу] [-j N] [-k ім'я файлу] [-l вул] [-m N] [-o ім'я файлу] [-p вул] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

імпала [-] [-E N] [-F вул] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M вул] [-O ім'я файлу] [-P ім'я файлу]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d вул] [-e X] [-h X] [-i ім'я файлу] [-j N] [-m N] [-o ім'я файлу]
[-v N] [-y X] [-z N]

мегабласт [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F вул] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L почати, зупинитися] [-M N]
[-N N] [-O ім'я файлу] [-P N] [-Q ім'я файлу] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d вул] [-e X] [-f] [-g F] [-i ім'я файлу] [-l вул] [-m N] [-n]
[-o ім'я файлу] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F вул] [-I] [-J] [-L почати, зупинитися] [-N X] [-O ім'я файлу] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d ім'я файлу [-e X] [-i ім'я файлу] [-l ім'я файлу] [-m N]
[-o ім'я файлу] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

насіннєва верхівка [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M вул] [-O ім'я файлу]
[-S N] [-X N] [-d вул] [-e X] [-f] [-i ім'я файлу] [-k ім'я файлу] [-o ім'я файлу] [-p вул]
[-q N] [-r N]

ОПИС

На цій сторінці посібника коротко описані команди bl2seq, вибух, blastall, blastcl3,
blastpgp, імпала, мегабласт, rpsblast та насіннєва верхівка. Ці команди задокументовані
разом, тому що у них є багато спільних варіантів.

bl2seq виконує порівняння двох послідовностей за допомогою blastn або blastp
алгоритм. Обидві послідовності мають бути або нуклеотидами, або білками.

вибух2 порівнює послідовність або з локальною базою даних, або з другою послідовністю; це
включає більшість функцій обох bl2seq та blastall, але використовує напів-
експериментальний новий внутрішній двигун.

blastall та blastall_old знайти найкращі збіги в локальній базі даних для послідовності.
blastall використовує новіший двигун, ніж blastall_old за замовчуванням, але підтримує використання старішого
двигун також (при виклику з опцією -V F).

blastcl3 отримує доступ до новітньої пошукової системи NCBI BLAST (версія 2.0). Програмне забезпечення позаду
Версія BLAST 2.0 була написана з нуля, щоб дозволити BLAST впоратися з новими проблемами
створені базами даних послідовностей у найближчі роки. Оновлення цього програмного забезпечення буде
продовжити в найближчі роки.

blastpgp виконує пошуки blastp з розривами і може використовуватися для виконання ітеративних пошуків у
режимі psi-blast і phi-blast.

імпала здійснює пошук у базі даних матриць оцінок, підготовлених копімат(1), виробляючи BLAST-подібні
вихід.

мегабласт використовує жадібний алгоритм Webb Miller et al. для нуклеотидної послідовності
пошук вирівнювання та об’єднує багато запитів, щоб заощадити час, витрачений на сканування бази даних.
Ця програма оптимізована для вирівнювання послідовностей, які дещо відрізняються в результаті
послідовності чи інших подібних «помилок». Це в 10 разів швидше, ніж зазвичай
програми подібності послідовностей і, отже, їх можна використовувати для швидкого порівняння двох великих наборів
послідовностей один проти одного.

rpsblast (Зворотний PSI-BLAST) здійснює пошук послідовності запитів у базі даних профілів.
Це протилежність PSI-BLAST, який шукає профіль у базі даних послідовностей,
отже, "зворотний". rpsblast використовує алгоритм, подібний до BLAST, знаходячи одно- або подвійне слово
звернення, а потім виконання безрозривного розширення для цих збігів-кандидатів. Якщо
виробляється вирівнювання без зазорів з достатньо високою оцінкою, виконується розширення з розривом
і повідомляються ті (розривні) вирівнювання з достатньо низьким очікуваним значенням. Це
Процедура відрізняється від IMPALA, яка виконує обчислення Сміта-Уотермана між
запиту та кожного профілю, а не використання підходу зі словом для визначення відповідності
слід продовжити.

насіннєва верхівка відповідає на два відносно прості запитання:
1. Дано послідовність і базу даних шаблонів, які шаблони зустрічаються в послідовності
і де?
2. Дано шаблон і базу даних послідовностей, які послідовності містять шаблон і
де?

Деякі з цих команд підтримують кілька типів порівняння, які регулюються -p
прапор ("програма"):

blastp порівнює послідовність амінокислотного запиту з базою даних послідовностей білків.

blastn порівнює послідовність нуклеотидного запиту з базою даних нуклеотидної послідовності.

blastx порівнює концептуальні продукти трансляції шести кадрів нуклеотидного запиту
послідовність (обидва ланцюги) проти бази даних послідовностей білків. Для bl2seq,
нуклеотид має бути першою поданою послідовністю.

psitblastn порівнює послідовність запиту білка з базою даних нуклеотидної послідовності
динамічно перекладається у всіх шести рамках зчитування (обидві нитки) за допомогою a
матриця, що характеризує позицію, створена PSI-BLAST.

tblastn порівнює послідовність запиту білка з базою даних нуклеотидної послідовності
динамічно перекладається у всіх шести рамках зчитування (обидві нитки). Для bl2seq,
нуклеотид має бути другою поданою послідовністю.

tblastx порівнює шість кадрів трансляції послідовності нуклеотидного запиту з
трансляції з шести кадрів бази даних нуклеотидної послідовності.

ВАРІАНТИ

Нижче наведено короткий опис варіантів.

- Роздрукувати повідомлення про використання

-A (bl2seq)
Вхідні послідовності у вигляді accession.version

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast)
Розмір вікна кількох звернень; зазвичай за замовчуванням дорівнює 0 (для розширень з одним зверненням), але
за замовчуванням 40 при використанні розрізнених шаблонів.

-B N (вибух 2)
Створюйте результати «на льоту»:
0 немає (за замовчуванням)
1 таблиця компенсацій і значень якості
2 додати дані послідовності
3 текст АСН.1
4 двійковий ASN.1

-B N (blastall, blastall_old)
Кількість об’єднаних запитів у режимі blastn або tblastn

-B ім'я файлу (blastpgp)
Вхідний файл вирівнювання для перезавантаження PSI-BLAST

-C X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Використовуйте статистику на основі композиції для blastp або tblastn:
T, t, D або d
За замовчуванням (еквівалентно 1 та цінності вибух2 та blastall_old і 2 та цінності blastall
та blastcl3)
0, F або f
Немає статистичних даних на основі композиції
1 Статистика на основі композиції, як в НАР 29:2994-3005, 2001
2 Коригування партитур на основі композиції, як у біоінформатика 21:902-911, 2005,
обумовлено властивостями послідовності
3 Коригування партитур на основі композиції, як у біоінформатика 21:902-911, 2005,
безумовно
Якщо ввімкнути статистику в blastall, blastall_old або blastcl3 (тобто, а не вибух2),
додавання u (нечутливий до регістру) у режимі дозволяє використовувати уніфіковані p-значення
поєднання вирівнювання та композиційних p-значень лише в раунді 1.

-C ім'я файлу (blastpgp)
Вихідний файл для контрольної точки PSI-BLAST

-C N (насіннєва верхівка)
Тільки оцінка чи ні (за замовчуванням = 1)

-D N (bl2seq)
Вихідний формат:
0 традиційний (за замовчуванням)
1 табл

-D N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Перекласти послідовності в базі даних відповідно до генетичного коду N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (за замовчуванням 1; стосується лише tblast*)

-D N (мегавибух)
Тип виходу:
0 кінцевих точок вирівнювання та оцінки
1 усі кінцеві точки сегментів без пропусків
2 традиційних вихід BLAST (за замовчуванням)
Формат одного рядка з роздільниками табуляції
4 інкрементний текст ASN.1
5 інкрементний двійковий ASN.1

-D N (насіннєва верхівка)
Зниження вартості для вирівнювання (за замовчуванням = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Витрати на розширення розриву N (-1 викликає поведінку за замовчуванням)

-E N (blast2, blastall, blastall_old)
Витрати на розширення розриву N (-1 викликає поведінку за замовчуванням: неафінний, якщо жадібний, 2
інакше)

-E N (blastpgp, impala, seedtop)
Витрати на розширення розриву N (за замовчуванням 1)

-F вул (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) Параметри фільтра для DUST або SEG; за замовчуванням
T для bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3 і megablast, а також для F та цінності
blastpgp, impala та rpsblast.

-F (насіннєва верхівка)
Послідовність фільтрів за допомогою SEG.

-G N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Відкриття розриву коштує N (-1 викликає поведінку за замовчуванням)

-G N (blast2, blastall, blastall_old)
Відкриття розриву коштує N (-1 викликає поведінку за замовчуванням: неафінний, якщо жадібний, 5 якщо
за допомогою динамічного програмування)

-G N (blastpgp, impala, seedtop)
Відкриття розриву коштує N (за замовчуванням 11)

-H (вибух 2)
Вивести HTML

-H N (blastpgp)
Кінець необхідного регіону в запиті (-1 означає кінець запиту)

-H (імпала)
Роздрукувати довідку (відмінно від повідомлення про використання)

-H N (мегавибух)
Максимальна кількість HSP для збереження на послідовність бази даних (за замовчуванням 0, необмежено)

-I "старт СТОП" (bl2seq, blast2)
Розташування в першій послідовності (запиту) (застосовується лише у випадку, якщо файл вказано з -i містить
одна послідовність)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Показати GI в deflines

-J "старт СТОП" (bl2seq, blast2)
Розташування на другій (предметній) послідовності (застосовується лише у випадку, якщо файл зазначено з -j
містить одну послідовність)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Повірте запиту defline

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Кількість найкращих хітів із регіону, які потрібно зберегти. Вимкнено за замовчуванням. Якщо використано значення 100
рекомендується. Дуже високі значення -v or -b також пропонуються.

-K N (насіннєва верхівка)
Множник розміру внутрішнього буфера звернень (за довжиною запиту; за замовчуванням = 2)

-L (вибух 2)
Використовуйте (класичний Mega BLAST) довідкову таблицю з шириною 12

-L почати, зупинитися (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) Розташування в послідовності запитів (для rpsblast діє лише в режимі blastp)

-M вул (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) Використовуйте матрицю вул (за замовчуванням = BLOSUM62)

-M N (мегавибух)
Максимальна загальна довжина запитів для одного пошуку (за замовчуванням = 5000000)

-N (вибух 2)
Показувати лише доступи для ідентифікаторів послідовностей у табличному виводі

-N X (blastpgp, rpsblast)
Кількість бітів для ініціювання розриву (за замовчуванням = 22.0)

-N N (мегавибух)
Тип шаблону несумісного слова:
0 кодування (за замовчуванням)
1 оптимальний
2 два одночасно

-O ім'я файлу (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) Записати (ASN.1) вирівнювання послідовності
до ім'я файлу; діє лише для blastpgp, impala, rpsblast і seedtop with -J та
діє тільки для мегабласт з -2 DD.

-P X (вибух 2)
Відсоток ідентифікації

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
Встановіть 1 для режиму одноразового звернення або 0 для режиму кількох попадань (за замовчуванням). Не застосовується
вибухнути.

-P ім'я файлу (імпала)
Читання матричних профілів з бази даних ім'я файлу

-P N (мегавибух)
Максимальна кількість позицій для хеш-значення (встановіть 0 [за замовчуванням], щоб ігнорувати)

-Q N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Перекласти запит відповідно до генетичного коду N в /usr/share/ncbi/data/gc.prt (за замовчуванням
дорівнює 1)

-Q ім'я файлу (blastpgp)
Вихідний файл для матриці PSI-BLAST у форматі ASCII

-Q ім'я файлу (мегавибух)
Замаскований висновок запиту; вимагає -D 2

-R (вибух 2)
Розрахувати локально оптимальні вирівнювання Сміта-Вотермана. (Ця опція доступна лише
для розриву tblastn.)

-R ім'я файлу (blastall, blastall_old)
Прочитайте файл контрольної точки PSI-TBLASTN ім'я файлу

-R (blastcl3)
RPS Вибуховий пошук

-R ім'я файлу (blastpgp)
Вхідний файл для перезавантаження PSI-BLAST

-R (мегавибух)
Повідомте інформацію журналу в кінці виводу

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) Нитки запитів для пошуку в базі даних blastn, blastx, tblastx:
1 топ
2 низ
3 обидва (за замовчуванням)

-S N (blastpgp)
Початок необхідного регіону в запиті (за замовчуванням = 1)

-S N (насіннєва верхівка)
Вартість відсікання (за замовчуванням = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Вивести HTML

-T N (вибух 2)
Тип шаблону несумісного слова:
0 кодування (за замовчуванням)
1 оптимальний
2 два одночасно

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Використовуйте фільтрацію нижнього регістру для послідовності запитів

-V (bl2seq, blastall, megablast)
Примусове використання старого двигуна

-V (вибух 2)
Використовуйте підхід із змінним розміром слова для сканування бази даних

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Використовуйте слова розміру N (довжина найкращого ідеального збігу;
нуль викликає поведінку за замовчуванням, за винятком мегабласта, для якого за замовчуванням встановлено значення 28, і
blastpgp, який за замовчуванням має значення 3. Значення за замовчуванням для інших команд відрізняються
"program": 11 для blastn, 28 для megablast і 3 для всього іншого.)

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) Значення випадання X для вирівнювання зазорів (у
біти) (нуль викликає поведінку за замовчуванням, за винятком мегабласту, для якого за замовчуванням встановлено 20,
і rpsblast і seedtop, які за замовчуванням мають значення 15. Значення за замовчуванням для іншого
команди залежать від "program": 30 для blastn, 20 для megablast, 0 для tblastx і
15 за все інше.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Ефективна довжина простору пошуку (використовуйте нуль для
реальний розмір)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) Значення випадання X для остаточного [динамічного програмування?] пропущено
вирівнювання в бітах (за замовчуванням 100 для blastn і megablast, 0 для tblastx, 25 для
інші)

-a ім'я файлу (bl2seq)
Запишіть текст ASN.1, що виводиться ім'я файлу

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Кількість потоків для використання (за умовчанням один)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Кількість послідовностей бази даних для відображення вирівнювань
(B) (за замовчуванням 250)

-c (вибух 2)
Маска в нижньому регістрі

-c N (імпала)
Константа в псевдорахунках для багатопрохідної версії; 0 (за замовчуванням) використовує ентропійний метод;
в іншому випадку рекомендується значення близько 30

-c N (імпала)
Константа в псевдорахунках для багатопрохідної версії (за замовчуванням 10)

-d N (bl2seq)
Використовуйте теоретичний розмір БД N (нуль означає реальний розмір)

-d вул (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) База даних для використання (за замовчуванням nr для всіх виконуваних файлів
крім blast2, який вимагає другої послідовності FASTA, якщо вона не встановлена)

-d ім'я файлу (rpsblast)
База даних RPS BLAST

-e X Очікуване значення (E) (за замовчуванням = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Порогове значення для розширення звернення, за замовчуванням, якщо нуль: 0 для blastn і megablast, 11 для
blastp, 12 для blastx і 13 для tblasn і tblastx.

-f N (blastpgp)
Поріг для розширення звернень (за замовчуванням 11)

-f (мегавибух)
Показувати повні ідентифікатори у вихідних даних (за замовчуванням: тільки GI або доступи)

-f (насіннєва верхівка)
Примусово шукайте закономірності, навіть якщо вони занадто ймовірні

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
Не виконуйте вирівнювання з зазорами (Н/Д для tblastx)

-g (вибух 2)
Використовуйте жадібний алгоритм для розширень із пробілами

-g F (мегавибух)
Зробіть несуміжне генерування слів для кожної бази бази даних
(обов'язково з поточним двигуном BLAST)

-h N (вибух 2)
Штраф зсуву кадру за розриви поза кадром (тільки blastx, tblastn; за умовчанням є
нуль)

-h X (blastpgp, impala)
Порогове значення e-value для включення в багатопрохідну модель (за замовчуванням = 0.002 для blastpgp,
0.005 для імпала)

-i ім'я файлу
Прочитати (по-перше, запит) послідовність або встановити з ім'я файлу (за замовчуванням – stdin; не потрібно для
blastpgp, якщо перезапустити з scoremat)

-j ім'я файлу (bl2seq, blast2)
Прочитайте другу (предметну) послідовність або набір із ім'я файлу

-j N (blastpgp)
Максимальна кількість проходів для використання у багатопрохідній версії (за замовчуванням = 1)

-k вул (вибух 2)
Шаблон для PHI-BLAST

-k ім'я файлу (blastpgp, seedtop)
Вхідний файл звернення для PHI-BLAST (за замовчуванням = hit_file)

-l вул (blastall, blastall_old, blastpgp, megablast)
Обмежити пошук у базі даних списком GI [Рядок]

-l ім'я файлу (rpsblast)
Записувати повідомлення до ім'я файлу а не стандартна помилка.

-m (bl2seq)
Використовуйте Mega Blast для пошуку

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) параметри перегляду вирівнювання:
0 попарно (за замовчуванням)
1 прив’язаний до запиту ідентифікатор
2 прив’язані до запиту, без ідентифікаторів
3 плоских запити з прив’язкою, показати ідентифікатори
4 плоских запити з прив’язкою, без ідентичностей
5 прив’язаних до запитів, без ідентичностей і тупих кінців
6 плоских запитів із прив’язкою, без ідентичностей і тупих кінців
7 Вихід XML Blast (недоступний для impala)
8 табличних (не доступно для імпала)
9 таблиць з рядками коментарів (недоступно для імпала)
10 текст ASN.1 (недоступний для impala або rpsblast)
11 двійковий файл ASN.1 (недоступний для impala або rpsblast)

-n (вибух 2)
Показати GI в ідентифікаторах послідовності

-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
Пошук MegaBlast

-n (мегавибух)
Використовуйте нежадібне розширення (динамічне програмування) для оцінки афінного розриву

-o ім'я файлу
Написати остаточний звіт про вирівнювання до ім'я файлу а не стандартний вихід

-p вул (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Використовуйте "програму" (тип порівняння) вул, ОПИС розділ охоплює це
варіант більш детально.

-p вул (blastpgp)
параметр програми для PHI-BLAST (за замовчуванням = blastpgp)

-p X (мегавибух)
Відсоток відсікання ідентифікаційних даних (за замовчуванням = 0)

-p F (rpsblast)
Послідовність запиту – це нуклеотид, а не білок

-p вул (насіннєва верхівка)
назва програми:
patmatchp вказує, які шаблони зустрічаються в послідовності
patternp вказує, які послідовності містять шаблон

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Штраф за невідповідність нуклеотидів (тільки blastn) (за замовчуванням = -10
для seedtop, -3 для всього іншого)

-q N (blastpgp)
ASN.1 Scoremat введення даних контрольної точки:
0 немає введення таблиці (за замовчуванням)
1 перезапуск із файлу контрольної точки ASCII scoremat
2 перезапустіть з файлу контрольної точки двійкового scoremat

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Нагорода за збіг нуклеотидів (лише blastn) (за замовчуванням = 10 для
seedtop, -10 для всього іншого)

-s (вибух 2)
No-op (раніше запитувалося генерування слів для кожної бази бази даних)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Розрахувати локально оптимальні вирівнювання Сміта-Вотермана. Для blastall, blastall_old і
blastcl3, це доступне лише в режимі gapped tblastn.

-s N (мегавибух)
Мінімальний показник звернення для звіту (0 для поведінки за умовчанням)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Довжина шаблону несуміжного слова (найбільший інтрон, дозволений у перекладі
нуклеотидна послідовність при зв'язуванні кількох різних відведень; за замовчуванням = 0;
від’ємні значення вимикають зв’язування для blastall, blastall_old і blastcl3.)

-t N[u] (blastpgp)
Коригування балів на основі композиції. Перший символ тлумачиться так:
0, F або f
немає статистичних даних на основі композиції
1 Статистика на основі композиції, як у НАР 29:2994-3005, 2001
2, T або t
коригування балів на основі композиції, як у біоінформатика 21:902-911, 2005,
залежно від властивостей послідовності в раунді 1 (за замовчуванням)
3 коригування нот на основі композиції, як у біоінформатика 21:902-911, 2005,
беззастережно в 1 раунді

Коли використовується статистика на основі композиції, додавання u (нечутливий до регістру) до
аргумент запитує уніфіковане значення p, що поєднує значення p вирівнювання та композиційний p-
значення тільки в 1 раунді.

-t N (мегавибух)
Довжина шаблону суміжного слова (суміжне слово, якщо 0 [за замовчуванням])

-u (вибух 2)
Виконуйте лише вирівнювання без зазорів (завжди TRUE для tblastx)

-u вул (blastcl3)
Обмежити пошук бази даних результатами пошуку Entrez2

-u N (blastpgp)
ASN.1 Scoremat вихід даних контрольної точки:
0 Немає виведення математичного результату (за замовчуванням)
1 вихідний файл контрольної точки ASCII scoremat (потрібно -J)
2 вихідний двійковий файл контрольної точки scoremat (потрібно -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Кількість однорядкових описів для показу (V) (за замовчуванням =
500)

-w N (вибух 2)
Розмір вікна (макс. дозволена відстань між парою початкових звернень; 0 викликів
поведінка за замовчуванням, -1 вимикає кілька звернень)

-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
Штраф зсуву кадру (алгоритм OOF для blastx)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) випадання X для розширень без пропусків у бітах (0.0 викликає за замовчуванням
поведінка: 20 для blastn, 10 для megablast і 7 для всіх інших.)

-y N (мегавибух)
Значення випадання X для розширення без пропуску (за умовчанням 10)

-z N (вибух 2)
Найдовша довжина інтрона для нерівномірного з’єднання HSP (тільки tblastn; за замовчуванням – 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
megablast, rpsblast) Ефективна довжина бази даних (використовуйте нуль для реального розміру)

Використовуйте імпала онлайн за допомогою служб onworks.net