indexdb_rna - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

indexdb_rna - інструмент для фільтрації, відображення та вибору OTU читання NGS (indexdb)

СИНТАКСИС

indexdb_rna --пос db.fasta,db.idx [ПАРАЦІЇ]

ОПИС

SortMeRNA – це інструмент аналізу біологічної послідовності для фільтрації, відображення та вибору OTU
NGS читає. Основний алгоритм базується на приблизних вихідних даних і дозволяє швидко і
чутливі аналізи нуклеотидних послідовностей. Основним застосуванням SortMeRNA є фільтрація
рРНК з метатранскриптомних даних. Додаткові програми включають OTU-підбір і
призначення таксономії доступне через QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).

SortMeRNA приймає як вхідний файл з читаннями (формат fasta або fastq) і одну або декілька rRNA
файл(и) бази даних і сортує rRNA та відхилені читання у два файли, визначені файлом
користувач. За бажанням, він може забезпечити високоякісне локальне вирівнювання зчитування рРНК проти
база даних рРНК. SortMeRNA працює з даними Illumina, 454, Ion Torrent і PacBio і може
створюють вирівнювання, подібні до SAM і BLAST.

ВАРІАНТИ

ОБОВ'ЯЗКОВО ВАРІАНТИ
--пос STRING, STRING
Довідковий файл FASTA, файл індексу
приклад:
--пос /path/to/file1.fasta,/path/to/index1
Якщо передається кілька файлів послідовності посилань, розділіть їх символом ":"
приклад:
--пос /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2

ДОДАТКОВО ВАРІАНТИ
--швидко BOOL
запропонований варіант для вирівнювання ~99% споріднених видів (за замовчуванням: вимкнено)

--чутливі BOOL
запропонований варіант для вирівнювання ~75-98% споріднених видів (за замовчуванням: увімкнено)

--tmpdir STRING
каталог, куди записувати тимчасові файли

-m INT обсяг пам'яті (у Мбайтах) для створення індексу (за замовчуванням: 3072)

-L INT довжина насіння (за замовчуванням: 18)

--max_pos INT
максимальна кількість позицій для збереження для кожного унікального L-мера (за замовчуванням: 10000, налаштування
--max_pos 0 зберігатиме всі позиції)

-v BOOL
докладний

-h BOOL
допомога

Використовуйте indexdb_rna онлайн за допомогою служб onworks.net