Це команда indigo-deco, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
indigo-deco - виявлення каркаса молекул і деконволюція R-групи
СИНТАКСИС
індиго-деко файли [параметри]
індиго-деко -h
ОПИС
індиго-деко виконує виявлення каркаса молекул і деконволюцію R-групи. Прийнято
Формати: Molfile, SDFile, RDFile, SMILES і CML.
ВАРІАНТИ
індиго-деко приймає наступні параметри.
-h Роздрукувати довідкове повідомлення
-a Розрахувати приблизний каркас (за замовчуванням точний)
-s
Запишіть максимум знайденого каркаса в molfile
-S
Запишіть усі знайдені каркаси в SD-файл
-l
Не обчислюйте каркас, а завантажуйте його з файлу
-старший
Запишіть каркас із R-сайтами у файл
-o
Запишіть отримані виділені молекули у файл
-r
Запишіть отримані молекули з розділеними r-групами у файл
створений Без урахування аромату
-- Позначає кінець варіантів
ПРИКЛАДИ
індиго-деко *.моль -o hl.sdf -s scaf.sdf
Прочитати молекули з molfiles у поточному каталозі, зберегти максимальну кількість знайдених каркасів
в scaf.mol і зберегти виділені молекули в hl.sdf.
індиго-деко структура.мол багато.sdf -s scaf.mol -S allscafs.sdf -r rg.sdf
Прочитай одну молекулу з структуры.mol і кілька молекул із many.sdf, збережи
молекули з r-rgoups до rg.sdf і збережіть усі знайдені каркаси в allscafs.sdf.
індиго-деко *.smi -d readyscaf.mol -o hl.sdf
Прочитати декілька молекул із кожного файлу SMILES у поточному каталозі, прочитати
зберіть каркас із readyscaf.mol і збережіть виділені молекули в hl.sdf.
Використовуйте індиго-деко онлайн за допомогою служб onworks.net
