indigo-depict - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

indigo-depict - корисність відтворення молекули та реакції

СИНТАКСИС

індиго-зображення infile.{mol,rxn,cml,smi} вихідний файл.{png,svg,pdf} [параметри]

індиго-зображення infile.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} вихідний файл_%s.{png,svg,pdf} [параметри]

індиго-зображення infile.smi вихідний файл.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [параметри]

індиго-зображення - SMILES вихідний файл.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [параметри]

індиго-зображення -допомога

ОПИС

індиго-зображення використовується для зображення молекул.

ВАРІАНТИ

індиго-зображення може читати вхідні файли або код SMILES зі стандартного введення. Такі можуть бути
за яким слідує один або декілька з наступних параметрів.

-w
Ширина зображення в пікселях

-h
Висота зображення в пікселях

- зв'язок
Середня довжина зв’язку в пікселях

- поля
Горизонтальні та вертикальні поля, у пікселях. За замовчуванням немає полів

- товщина
Встановити коефіцієнт відносної товщини. За замовчуванням є 1.0

- ширина лінії
Встановити коефіцієнт ширини лінії зв’язку. За замовчуванням є 1.0

- етикетка
Встановити режим відображення мітки атома. За замовчуванням є термінал-гетеро

- гідро
Покажіть неявні водні. За замовчуванням є on

-[де]аром
Примусова [де]ароматизація

-стерео
Режим відображення стереогруп. За замовчуванням є старий

-cdbwsa
Центральні подвійні зв’язки, які мають сусідній стереозв’язок (вимкнено за замовчуванням)

- запит Розглядайте вхідні дані як молекулу запиту або реакцію (вимкнено за замовчуванням)

- розумний
Розглядайте вхідні дані як молекулу запиту або реакцію SMARTS (вимкнено за замовчуванням)

-idfield
Поле SDF/RDF, яке потрібно поставити замість «%s» в назвах збережених файлів (за замовчуванням
молекула/реакційне число)

-каталізатори
Розміщення каталізаторів реакції по стрілці. За замовчуванням є зверху і знизу

- коментар
Текстовий коментар, який слід розмістити над молекулою або реакцією. Немає значення за замовчуванням

-зміщення коментарів
Вертикальний простір (у пікселях) між коментарем і структурою

- поле для коментарів
Використовуйте вказане поле SDF/RDF як коментар

- ім'я коментаря
Використовуйте назву молекули/реакції як коментар

- розмір коментування
Коефіцієнт розміру шрифту текстового коментаря відносно товщини зв’язку. За замовчуванням є 6

- коментарі
Позиція текстового коментаря (знизу за замовчуванням)

- коментувати <0..1>
Вирівнювання текстового коментаря, значення float: 0 = зліва, 0.5 = центр, 1 = правильно

-забарвлення
Увімкнути/вимкнути фарбування. За замовчуванням є on

- hl товстий
Увімкнути виділення товстими лініями та жирними символами

-hlcolor
Увімкнути виділення кольором. Значення компонентів мають бути в діапазоні [0 .. 255]

-bgcolor
Встановіть колір фону. Значення компонентів мають бути в діапазоні [0 .. 255]

- базовий колір
Встановіть колір переднього плану за замовчуванням. Значення компонентів мають бути в діапазоні [0 .. 255]

-aamcolor
Встановіть колір індексів AAM. Значення компонентів мають бути в діапазоні [0 .. 255]

-dsgcolor
Встановіть колір даних SGroups. Значення компонентів мають бути в діапазоні [0 .. 255]

- колір коментаря
Встановіть колір коментаря. Значення компонентів мають бути в діапазоні [0 .. 255]

-номери атомів
Показати номери атомів (лише для налагодження)

-номери облігацій
Показати номери облігацій (лише для налагодження)

- на одній основі
Почати індекси атома та зв’язку з одного. За замовчуванням від нуля

-допомога Роздрукуйте це повідомлення довідки

ПРИКЛАДИ

індиго-зображення infile.mol вихідний файл.png -забарвлення від -аром
індиго-зображення база даних.sdf molecule_%s.png -idfield cdbregno - товщина 1.1
індиго-зображення база даних.smi база даних.sdf
індиго-зображення - CC.[O-][*-]([O-])=O query.png - запит
індиго-зображення - OCO>>CC(C)N реакція.rxn

Використовуйте індиго-зображення онлайн за допомогою служб onworks.net