ipcress - онлайн в хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

ipcress - система моделювання експерименту In-silico ПЛР

СИНТАКСИС

ipcress [ опції ] <грунтовка файл> <послідовність шляхи>

ОПИС

ipcress є In-кремній PCR Eексперимент Sімітація Sсистема.

Це інструмент для моделювання ПЛР-експериментів. Ви надаєте файл, що містить праймери
і набір послідовностей, і він прогнозує продукти ПЛР.

Ipcress схожий на програму e-PCR від NCBI, але набагато швидший і не
страждають від проблем із визначенням збігів, коли біля праймера є символи неоднозначності
закінчується.

Якщо ви поставите багато пар праймерів разом, ipcress змоделює експерименти ПЛР
паралельно, що дозволяє моделювати широкий геном великої кількості експериментів. Він використовує багато
бібліотеки з с звільняти інструмент порівняння послідовності.

ВХІД ФОРМАТ

Вхідними для ipcress є простий файл із роздільниками пробілів, що описує один експеримент на кожен
лінія. Кожен рядок містить наступні 5 полів:

id Ідентифікатор для цього експерименту
праймер_А Послідовність для першого праймера
праймер_В Послідовність для другого праймера
min_product_len Мінімальна довжина продукту для звіту
max_product_len Максимальна довжина продукту для звіту

Ось приклад рядка в такому форматі:

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

ВИХІД ФОРМАТ

Формат виведення описує один продукт ПЛР на рядок,
і має префікс "ipcress:", за яким слідують наступні 11 полів:

ідентифікатор послідовності Ідентифікатор послідовності
ідентифікатор експерименту Ідентифікатор експерименту ПЛР
довжина_продукту Довжина продукту ПЛР
буквар_5 5' праймер (А або В)
поз_5 Положення грунтовки 5'
невідповідність_5 Кількість невідповідностей на 5' праймері
буквар_3 |
поз_3 | Ті самі поля для праймера 3'
невідповідність_3 |
description Опис продукту ПЛР

Поле опису є одним із наступних 4 рядків:

вперед Звичайний продукт, праймер А, а потім В
revcomp Звичайний продукт, праймер В, а потім А
одиночний_А Поганий продукт, створений лише primer_A
одиночний_B Поганий продукт, створений лише primer_B

Відображається також зрозумілий для людини вихід, який не призначений для розбору (див.:
--досить нижче).

Загальні відомості ВАРІАНТИ

Більшість аргументів мають короткі та довгі форми. Довгі форми
швидше за все, будуть стабільними з часом, і, отже, повинні використовуватися в сценаріях, які
зателефонувати на ipcress.

-h | --коротка допомога
Показати допомогу. Це відобразить стислий підсумок доступних параметрів за замовчуванням
і поточні встановлені значення.

--допомога
Тут відображаються всі параметри довідки, включаючи значення за замовчуванням, поточне значення,
і змінна середовища, яка може використовуватися для встановлення кожного параметра. Там буде
бути вказівкою на те, які варіанти є обов’язковими. Обов'язкових варіантів немає
за замовчуванням, і для запуску ipcress має бути вказано значення. Якщо обов'язкові варіанти
використовуються по порядку, їх прапорці можна пропустити з командного рядка (див. приклади
нижче). На відміну від цієї сторінки керівництва, інформація з цього параметра завжди буде актуальною
на сьогоднішній день з останньою версією програми.

-v | -- версія
Відобразити номер версії. Також відображає іншу інформацію, наприклад дату складання
і використана версія glib.

Фото ВХІД ВАРІАНТИ

-i | --вхід
Дані експерименту ПЛР у форматі файлу ipcress, описаному вище.

-s | --послідовність
Укажіть послідовності. Тут можна вказати кілька файлів, що зменшує FSM
накладні витрати на створення і змушує ipcress працювати швидше, ніж запуск процесу
окремо.

IPCRESS ПАРАМЕТРИ

-m | --невідповідність
Вкажіть кількість невідповідностей, дозволених для одного праймера. Дозвіл невідповідності зменшує
швидкість програми як великого праймерного околиці повинна бути побудована, і
менше експериментів можна вмістити в пам'ять перед кожним скануванням послідовності
бази даних

-M | --пам'ять
Вкажіть обсяг пам'яті, який має використовувати програма. Чим більше зроблено пам'яті
доступний ipcress, тим швидше він буде працювати, оскільки можна провести більше експериментів ПЛР
у кожному скануванні баз даних послідовностей. Це не включає пам’ять, використану під час
сканування (для збереження часткових результатів і послідовностей), тому фактична кількість
споживаної пам'яті буде трохи більше.

-p | -- гарна
Відображати результати у форматі, зрозумілому людині, не призначеному для аналізу.

-P | -- продукти
Відображати продукти ПЛР у форматі FASTA.

-S | --насіння
Вкажіть довжину початкового елемента для слова сусідство для FSM. Якщо встановлено нуль,
використовується повна грунтовка. Більш короткі слова зменшують розмір околиці, але
збільшити час, необхідний ipcress для фільтрації хибнопозитивних збігів.

НАВКОЛИШНЄ СЕРЕДОВИЩЕ

Ще не задокументовано.

ПРИКЛАДИ

ipcress test.ippress послідовність.фаста
Це найпростіший спосіб використання ipcress.
ipcress dbsts_human.ipcress --послідовність ncbi30/*.fasta --невідповідність 1
Порівняйте вхідний файл із набором файлів fasta, допустивши одну невідповідність у кожному
грунтовка.

Версія

Ця документація супроводжує версію 2.2.0 пакета exonerate.

Використовуйте ipcress онлайн за допомогою служб onworks.net