Це команда kalign, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
kalign - виконує багаторазове вирівнювання біологічних послідовностей.
СИНТАКСИС
калігн [infile.fasta] [outfile.fasta] [Параметри]
калігн [-і infile.fasta] [-о outfile.fasta] [Параметри]
калігн [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [Параметри]
ОПИС
Калігн є інструментом командного рядка для виконання множинного вирівнювання біологічних послідовностей. Це
використовує алгоритм зіставлення рядків Muth?Manber, щоб покращити точність і швидкість
вирівнювання. Він використовує глобальний, прогресивний підхід вирівнювання, збагачений використанням
приблизний алгоритм відповідності рядків для обчислення відстаней послідовності та шляхом включення
локальні збіги в інакше глобальне вирівнювання.
ВАРІАНТИ
-s -gpo -гапопен -gap_open x
Відкритий пенальті .
-e -gpe -gap_ext - gapextension x
Штраф за розширення пропуску.
-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
Штрафи за розрив терміналу.
-m -бонус -матричний_бонус x
Константа, додана до матриці підстановки.
-c -сортувати <input, дерево, прогалини.>
Порядок, у якому послідовності відображаються у вихідному вирівнюванні.
-g -характеристика
Вибирає режим функцій і визначає, які функції потрібно використовувати: наприклад, all, maxplp,
STRUCT, PFAM-A?
-та сама_функція_оцінка
Оцінка за узгодження тих самих функцій.
-diff_feature_score
Штраф за вирівнювання різних елементів.
-d - відстань <wu, пара>
Дистанційний метод
-b - дерево - путівник <nj, upgma>
Метод керівного дерева.
-z -zcutoff
Параметр, що використовується для обчислення відстані на основі wu-manber.
-i -в -вхід
Ім'я вхідного файлу.
-o -від -вихід
Ім'я вихідного файлу.
-a -gap_inc
Збільшує штрафні санкції залежно від кількості наявних пробілів.
-f -формат <fasta, MSF, альн, ключ, macsim>
Формат виведення.
-q -спокійно
Нічого не друкувати на STDERR. Нічого не читати з STDIN.
Посилання
· Тімо Лассманн і Ерік Л. Л. Зонхаммер (2005) Калінь - точний і швидкий множник
алгоритм вирівнювання послідовності. Біоінформатика BMC 6:298
· Тімо Лассманн, Олівер Фрінгс та Ерік Л. Л. Зонхаммер (2009) Kalign2:
високоефективне багаторазове вирівнювання білкових і нуклеотидних послідовностей
зовнішні ознаки. Дослідження нуклеїнових кислот 3:858?865.
AUTHORS
Timo Лассманн <[захищено електронною поштою]>
Верхній автор Kalign.
Чарльз Приємний <[захищено електронною поштою]>
Написав man-сторінку.
АВТОРСЬКЕ
Copyright © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Тімо Лассманн
Kalign — безкоштовне програмне забезпечення. Ви можете розповсюджувати його та/або змінювати відповідно до умов
Загальна публічна ліцензія GNU, опублікована Фондом вільного програмного забезпечення.
Ця сторінка посібника була написана Чарльзом Плессі[захищено електронною поштою]> для Debian(TM)
система (але може використовуватися іншими). Надається дозвіл на копіювання, розповсюдження та/або
змінювати цей документ на тих самих умовах, що й сам kalign.
У системах Debian може бути повний текст Загальної публічної ліцензії GNU версії 2
знайдено в /usr/share/common-licenses/GPL-2.
Використовуйте kalign онлайн за допомогою служб onworks.net
