LAshow - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

LAshow - відображати локальне вирівнювання з файлів .las

СИНТАКСИС

LAshow [-caroUF] [-iInt(4)] [-wInt(100)][-bInt(10)] src1:db|дамба [src2:db|дамба] align:las
[читається: FILE | читається: діапазон ...]

ОПИС

LAshow створює друкований перелік локальних вирівнювань, що містяться у вказаному файлі .las
файл, звідки беруться читання a- і b src1 або з src1 та src2, відповідно. Якщо
надається файл або список діапазонів читання, а потім лише ті збіги, для яких міститься a-read
відображаються набір, визначений файлом або списком. Побачити DBshow(1) для пояснення
як інтерпретуються файл і список діапазонів читання.

ВАРІАНТИ

-F Поміняйте ролі символів a- і b- на дисплеї

-U Використовуйте верхній регістр для послідовності ДНК замість нижнього регістру за замовчуванням

-iвідступ
Установіть відступ для мультфільму та/або вирівнювання дисплеїв, якщо вони потрібні.
(за замовчуванням: 4)

-bкількість_символів
Встановіть кількість символів по обидва боки від вирівняних сегментів у вирівнюванні
дисплей. (за замовчуванням: 10)

-ww Цей параметр використовується для режимів відображення, визначених параметром -a та -r. (за замовчуванням:
100)

-o Відображати лише вирівнювання, які належним чином перекриваються, тобто там, де закінчується послідовність
відбувається на кожному кінці вирівнювання

DISPLAY РЕЖИМИ
-c Мультфільм рендеринг вирівнювання

-а, -r Відобразити вирівнювання локального вирівнювання

Команда -a варіант ставить точно w стовпців на сегмент дисплея, тоді як -r варіант
ставить точно w a-читання символів у кожному сегменті дисплея. The -r режим відображення є
корисно, коли потрібно візуально порівняти два вирівнювання, які включають те саме читання. Якщо
поєднання з -c, -a та -r прапори встановлюються, то спочатку мультфільм, потім -a
вирівнювання, і, нарешті, -r вирівнювання.

Використовуйте LAshow онлайн за допомогою служб onworks.net