Це команда loadPulses, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
loadPulses - інформація про імпульси послідовності навантаження
СИНТАКСИС
навантаження імпульсів basFileName cmpFileName [опції]
ОПИС
навантаження імпульсів завантажує інформацію про секвенування імпульсів, таку як відстань або якість між імпульсами
інформацію у файл cmp.h5. Це дозволяє аналізувати кінетику та якість
інформація за стовпцем вирівнювання.
ВАРІАНТИ
basFileName
Вхід {bas,pls}.h5 або input.fofn.
cmpFileName
Файл cmp.h5 для завантаження інформації про пульс.
-метрики значення
Список показників, розділених комами (без пробілів).
Допустимі параметри:
WhenStarted, QualityValue, InsertionQV, MergeQV, DeletionQV, DeletionTag,
SubstitutionTag, SubstitutionQV, PreBaseFrames, IPD, StartFrame, PulseWidth,
WidthInFrames, Light, pkmid, ClassifierQV, PulseIndex
Параметри за замовчуванням:
QualityValue, ClassifierQV, StartFrame, PulseWidth, WidthInFrames, pkmid,
IPD
-failOnMissingData
Вийдіть, якщо у вхідних даних bas.h5 або pls.h5 відсутні будь-які поля даних
необхідний для завантаження метрики. Дефолт - це попередження.
-прочитати
Завантажуйте інформацію про імпульси за допомогою показників зчитування, а не буферизації.
-биметричний
Завантажуйте інформацію про імпульси за метрикою, а не за зчитуванням. Це використовує більше пам’яті, ніж
-прочитати, але можна швидше.
-maxElements значення
Установіть обмеження на розмір файлу pls/bas для буферування -биметричний (значення за замовчуванням:
максимальний int). Використовуйте -прочитати якщо ліміт перевищено.
-maxMemory значення
Встановіть обмеження (у ГБ) пам’яті для буферизації даних -биметричний (значення за замовчуванням: 4
ГБ). Використовуйте -прочитати якщо ліміт перевищено.
-метаНЕелементи значення
Встановити кількість елементів у кеші метаданих для читання файлу bas/bax/pls.h5.
-rawNEelementsзначення
Встановити кількість елементів у кеші необроблених даних для читання файлу bas/bax/pls.h5.
-rawChunkSize значення
Встановити розмір фрагмента кешу необроблених даних для читання файлу bas/bax/pls.h5.
Використовуйте loadPulses онлайн за допомогою служб onworks.net