Це команда ltrsift, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
ltrsift - графічний інтерфейс для постобробки та класифікації LTR
кандидати на ретротранспозони
СИНТАКСИС
ltrsift
ОПИС
LTRsift — це графічний настільний інструмент для напівавтоматичної постобробки передбачуваного de novo
Анотації ретротранспозона LTR, наприклад анотації, створені LTRharvest і LTRdigest.
КОНФІГУРАЦІЯ
Двійкові файли LAST (lastal і lastdb) повинні знаходитися в системному шляху пошуку. Якщо вони
ні, чи можна вказати їхнє розташування за допомогою середовища «GT_LAST_PATH».
змінної перед запуском LTRsift. Те ж саме стосується розташування BLAST. Використовуйте
``GT_BLAST_PATH”, щоб вказати повний шлях до виконуваного файлу “blastall”.
Файли стилів (описують, як виглядає лінійна діаграма об’єктів-кандидатів) можуть бути
встановлюється за допомогою змінної середовища LTRSIFT_STYLE_FILE. Створено розумний стиль за замовчуванням
в LTRsift.
Використовуйте ltrsift онлайн за допомогою служб onworks.net
