mhap - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

mhap - ймовірнісне перекриття послідовності

ОПИС

Будь ласка, встановіть -s або -p варіанти. Перегляньте параметри нижче: MHAP: протокол вирівнювання MinHash.
Інструмент для пошуку накладання послідовностей, які довго читаються (наприклад, PacBio або Nanopore) у
біоінформатика.

Версія: 1.6, час складання: 09 12:2015 Використання 11 (пряме виконання): java
-сервіс -Xmx - баночка -s[-q
файл>] [-f ] Використання 2 (генерувати попередньо обчислені
двійкові файли): java -сервіс -Xmx - баночка -p
-q [-f ]

--вирівнювання, за замовчуванням = false
Експериментальний варіант.

--вирівнювання-зміщення, за замовчуванням = -0. 535
Зміщення для врахування дисперсії в оцінці збігу вирівнювання.

--оцінка вирівнювання, за замовчуванням = 1.0E-6
Граничний бал для матчів вирівнювання.

--пороговий фільтр, за замовчуванням = 1.0E-5
[double], межа, на якій розглядається k-mer у файлі фільтра k-mer
повторюваний. Це значення для конкретного k-mer вказано в другому стовпці в
файл фільтра. Якщо файл фільтра не надано, цей параметр ігнорується.

--допомога, за замовчуванням = false
Відображає меню довідки.

--максимальна зміна, за замовчуванням = 0.2
[подвійний], розмір області ліворуч і праворуч від передбачуваного перекриття, як отримано
від медіанного зсуву та довжини послідовності, де k-mer збігається
вважається дійсним. Тільки фільтр другого ступеня.

--мінімальна довжина магазину, за замовчуванням = 0
[int], мінімальна довжина прочитаного, що зберігається в полі. Використовується для фільтрації
короткі читання з файлу FASTA.

--швидкий нанопор, за замовчуванням = false
Встановіть усі параметри для швидкого налаштування Nanopore. Це нині найкраще
вказівок і може змінитися в будь-який час без попередження.

--не-я, за замовчуванням = false
Не обчислюйте перекриття між послідовностями всередині блоку. Слід використовувати, коли
до та з послідовностей надходять з різних файлів.

--кількість хешів, за замовчуванням = 512
[int], кількість міні-мерів, які будуть використовуватися в MinHashing.

--кількість-хв-матеріалів, за замовчуванням = 3
[int], мінімальний # min-mer, який необхідно надати перед обчисленням фільтра другого етапу.
Будь-які послідовності нижче цього значення вважаються такими, що не перекриваються.

--кількість потоків, за замовчуванням = 12
[int], кількість потоків для обчислення. Зазвичай встановлено 2 x #ядра.

--pacbio-швидкий, за замовчуванням = false
Встановіть усі параметри швидкого налаштування PacBio. Це нині найкраще
вказівок і може змінитися в будь-який час без попередження.

--пакбіочутливий, за замовчуванням = false
Встановіть усі параметри для чутливих параметрів PacBio. Це нині найкраще
вказівок і може змінитися в будь-який час без попередження.

--store-full-id, за замовчуванням = false
Зберігайте повні ідентифікатори, як показано у файлі FASTA, замість того, щоб зберігати лише послідовність
позицію у файлі. Деякі файли FASTA мають довгі IDS, що сповільнює вихід результатів.
Ці параметри ігноруються при використанні формату стисненого файлу.

--поріг, за замовчуванням = 0.04
[подвійний], пороговий показник подібності для другого етапу сортування-злиття
фільтр. Це засновано на середній кількості k-мерів, що збігаються в перекритті
область.

-- версія, за замовчуванням = false
Відображає версію та час збірки.

--зважений, за замовчуванням = false
Виконайте зважений MinHashing.

-f, за замовчуванням = ""
Файл фільтра k-mer, який використовується для фільтрації k-мерів, які часто повторюються. Треба відсортувати
в порядку спадання частоти (другий стовпець).

-h, за замовчуванням = false
Відображає меню довідки.

-k, за замовчуванням = 16
[int], розмір k-mer, що використовується для MinHashing. Розмір k-mer для фільтра другого ступеня
окремо і не може бути змінений.

-p, за замовчуванням = ""
Використання лише 2. Каталог, що містить файли FASTA, у які потрібно конвертувати
двійковий формат для зберігання.

-q, за замовчуванням = ""
Використання 1: файл FASTA для читання або каталог файлів, з яким буде порівнюватися
набір читань у коробці (див -s). Використання 2: вихідний каталог для двійкового файлу
відформатовані файли dat.

-s, за замовчуванням = ""
Використання лише 1. FASTA або двійковий файл dat (див. Використання 2) читань, які будуть
зберігається в коробці, і всі наступні зчитування будуть порівнюватися.

Використовуйте mhap онлайн за допомогою служб onworks.net