англійськафранцузькийіспанська

Запуск серверів | Ubuntu > | Fedora > |


Значок OnWorks

mia-3dprealign-nonrigid - онлайн у хмарі

Запустіть mia-3dprealign-nonrigid у постачальника безкоштовного хостингу OnWorks через Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS

Це команда mia-3dprealign-nonrigid, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS

ПРОГРАМА:

ІМ'Я


mia-3dprealign-nonrigid - Реєстрація серії 3D-зображень.

СИНТАКСИС


mia-3dprealign-nonrigid -i -o [параметри]

ОПИС


mia-3dprealign-nonrigid Ця програма запускає не жорстку реєстрацію серії зображень
спочатку реєструючи вже вирівняну підмножину зображень за одним посиланням, а потім за допомогою
реєстрація решти зображень за допомогою синтетичних посилань. Це 3D версія G.
Wollny, MJ Ledesma-Cabryo, P.Kellman та A.Santos, "Використання квазіперіодичності в
Корекція руху вільного дихання," IEEE Transactions on Medical Imaging, 29(8), 2010.

ВАРІАНТИ


Файл-IO
-i --in-file=(вхід, обов'язковий); io
введіть зображення за шаблоном іменування nameXXXX.ext Для підтримуваного файлу
типи див. ПЛАГІНИ:3dimage/io

-o --out-file=(вихід, обов'язковий); io
База назв файлів для зареєстрованих файлів у вигляді рядка формату C. Підтримується
типи файлів див. ПЛАГІНИ:3dimage/io

--save-references
Збережіть синтетичні посилання на файли refXXXX.v

Передумови & Попередня обробка
-k --пропуск=0
Пропускати зображення на початку серії. Пропускати зображення на початку серії

--preskip=20
Пропускати зображення на початку+пропускати серію під час пошуку високого
contrats imageПропускати зображення на початку+пропускати серію під час пошуку
для висококонтрастного зображення

--postskip=2
Пропускайте зображення в кінці серії під час пошуку високих контрастів
imageПропускайте зображення в кінці серії під час пошуку високих контрастів
зображення

--макс-кандидатів=20
максимальна кількість кандидатів на глобальне довідкове зображення, максимальна кількість
кандидати на глобальний еталонний образ

-S --cost-series=image:cost=[ngf:eval=ds]
Функція Const для аналізу функції seriesConst для використання
для аналізу серії Підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 3dimage/fullcost

--ref-idx=
збережіть довідковий індексний номер у цьому файлі

-R --global-reference=-1
зберегти індекс посилання в цьому файлізберегти номер посилання для цього
файл

-D --max-subset-delta=0
Максимальна дельта між двома елементами попередньо вирівняної підмножиниМаксимальна дельта
між двома елементами попередньо вирівняної підмножини

Реєстрація
-O --optimizer=gsl:opt=gd,step=0.01
Оптимізатор, що використовується для мінімізації. Оптимізатор, що використовується для мінімізації For
підтримувані плагіни див. PLUGINS:minimizer/singlecost

-l --mr-levels=3
Рівні з багатьма роздільною здатністю Рівні з багатьма роздільною здатністю

-f --transForm=сплайн
Тип трансформаціїТип трансформації. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ:3dimage/transform

-1 --cost-subset=image:cost=[ngf:eval=ds]
Функція вартості для реєстрації під час функції реєстрації вартості підмножини
для реєстрації під час реєстрації підмножини. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 3dimage/fullcost

-2 --cost-final=image:cost=ssd
Функція вартості для реєстрації під час остаточної реєстрації
для реєстрації під час остаточної реєстрації Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 3dimage/fullcost

допомога & інформація
-V --verbose=попередження
детальність виводу, друк повідомлень заданого рівня та вищих пріоритетів.
Підтримувані пріоритети, починаючи з найнижчого рівня:
інформація - Повідомлення низького рівня
простежувати ‐ Трасування виклику функції
невдача - Повідомляйте про помилки тестування
попередження - Попередження
помилка - Повідомити про помилки
відлагоджувати ‐ Вихід налагодження
повідомлення - Звичайні повідомлення
фатальний - Повідомляйте лише про фатальні помилки

-- авторське право
роздрукувати інформацію про авторські права

-h --допомога
роздрукувати цю довідку

-? --використання
надрукувати коротку довідку

-- версія
надрукувати номер версії та вийти

Обробка
--threads=-1
Максимальна кількість потоків для обробки, це число має бути меншим
або дорівнює кількості ядер логічного процесора в машині. (-1:
автоматична оцінка).Максимальна кількість потоків для обробки,Це
число має бути меншим або дорівнювати кількості ядер логічного процесора в
машина. (-1: автоматична оцінка).

ПЛАГІНИ: 1d/просторове ядро


cdiff Використовуються ядро ​​центрального різницевого фільтра, дзеркальні граничні умови.

(без параметрів)

гаус ядро просторового фільтра Гаусса, підтримувані параметри:

w = 1; uint в [0, inf)
половина ширини фільтра.

ПЛАГІНИ: 1d/splinebc


дзеркало Граничні умови сплайн-інтерполяції, що дзеркально відображаються на межі

(без параметрів)

повторювати Граничні умови сплайн-інтерполяції, що повторює значення на межі

(без параметрів)

нуль Граничні умови сплайн-інтерполяції, які передбачають нуль для значень за межами

(без параметрів)

ПЛАГІНИ: 1d/splinekernel


bspline Створення ядра B-сплайна, підтримувані параметри:

d = 3; int в [0, 5]
Ступінь сплайна.

omoms Створення ядра OMoms-spline, підтримувані параметри:

d = 3; int в [3, 3]
Ступінь сплайна.

ПЛАГІНИ: 3dimage/combiner


absdiff Комбінатор зображень 'absdiff'

(без параметрів)

додавати Комбінатор зображень "додати"

(без параметрів)

DIV Комбінатор зображень 'div'

(без параметрів)

мул Комбінатор зображень 'mul'

(без параметрів)

нижче "суб" комбінатора зображень

(без параметрів)

ПЛАГІНИ: 3dimage/вартість


lncc локальна нормована перехресна кореляція з підтримкою маскування, підтримувані параметри
є:

w = 5; uint в [1, 256]
половину ширини вікна, що використовується для оцінки локалізованого хреста
кореляція.

mi Взаємна інформація на основі парзену сплайнів, підтримувані параметри:

вирізати = 0; float у [0, 40]
Відсоток пікселів для вирізання з високою і низькою інтенсивністю для видалення
викиди.

mbins = 64; uint в [1, 256]
Кількість блоків гістограми, що використовуються для рухомого зображення.

mkernel = [bspline:d=3]; фабрика
Сплайн-ядро для рухомого зображення parzen hinstogram. Для підтримуваних плагінів
див. ПЛАГІНИ:1d/splinekernel

bins = 64; uint в [1, 256]
Кількість блоків гістограми, що використовуються для еталонного зображення.

rkernel = [bspline:d=0]; фабрика
Сплайн-ядро для еталонного зображення parzen hinstogram. Для підтримуваних штекерів-
ins див. ПЛАГІНИ:1d/splinekernel

nCC нормалізована перехресна кореляція.

(без параметрів)

ngf Ця функція оцінює схожість зображення на основі нормалізованого градієнта
поля. Дано нормалізовані поля градієнта $ _S$ зображення src і $ _R$ зображення
ref image реалізовані різні оцінювачі., підтримувані параметри:

евал = ds; dict
підтип плагіна (sq, ds,dot,cross). Підтримувані значення:
ds – квадрат масштабованої різниці
точка ‐ ядро ​​скалярного добутку
перетинати - перехресне ядро ​​продукту

SSD Вартість 3D-зображення: сума квадратів різниць, підтримувані параметри:

автообмолот = 0; float у [0, 1000]
Використовуйте автоматичне маскування рухомого зображення, приймаючи лише значення інтенсивності
в обліковий запис, які перевищують заданий поріг.

норма = 0; bool
Укажіть, чи слід нормалізувати показник за кількістю пікселів зображення.

ssd-автомаска
Вартість 3D-зображення: сума квадратів різниць, з автоматичним маскуванням на основі заданого
порогові значення, підтримувані параметри:

rthresh = 0; подвійний
Порогове значення інтенсивності для еталонного зображення.

молоти = 0; подвійний
Порогове значення інтенсивності для вихідного зображення.

ПЛАГІНИ: 3dimage/фільтр


смуговий смуговий фільтр інтенсивності, підтримувані параметри:

Макс = 3.40282e+38; плавати
максимум смуги.

хвилин = 0; плавати
мінімум смуги.

бінаризувати фільтр бінаризації зображення, підтримувані параметри:

Макс = 3.40282e+38; плавати
максимально допустимий діапазон.

хвилин = 0; плавати
мінімально допустимий діапазон.

близько морфологічні близькі, підтримувані параметри:

натякати = чорний; рядок
натяк на основний вміст зображення (чорний|білий).

формувати = [сфера:r=2]; фабрика
структуруючий елемент. Щоб дізнатися про підтримувані плагіни, див. ПЛАГІНИ:3dimage/shape

комбайнера Об’єднайте два зображення за допомогою даного оператора комбінатора. якщо для параметра "реверс" встановлено значення
false, першим оператором є зображення, пропущене через конвеєр фільтра, і
друге зображення завантажується з файлу, заданого з параметром 'image'
у момент запуску фільтра підтримувані параметри:

зображення =(вхід, обов'язковий, рядок)
друге зображення, яке потрібно в комбінаторі.

op =(обов'язково, завод)
Комбінатор зображень, який буде застосовуватися до зображень. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 3dimage/combiner

зворотний = 0; bool
змінити порядок, у якому зображення передавалися в комбінатор.

конвертувати Фільтр перетворення піксельного формату зображення, підтримувані параметри:

a = 1; плавати
параметр лінійного перетворення a.

b = 0; плавати
параметр лінійного перетворення b.

карта = вибір; dict
відображення конверсій. Підтримувані значення:
вибирати ‐ застосувати лінійне перетворення, яке відображає реальний вхідний діапазон
повний вихідний діапазон
діапазон ‐ застосувати лінійне перетворення, яке відображає тип вхідних даних
діапазон до діапазону типу вихідних даних
скопіювати ‐ копіювати дані при конвертації
лінійний ‐ застосувати лінійне перетворення x -> a*x+b
optstat ‐ застосувати лінійне перетворення, яке відображає на основі вхідного середнього значення та
зміна до повного діапазону виходу

відп = убайт; dict
тип вихідного пікселя. Підтримувані значення:
ніхто - не визначено тип пікселя
плавати - з плаваючою комою 32 біт
сбайт - 8 біт зі знаком
улонг - 64 біт без знака
подвійний - з плаваючою комою 64 біт
sint - 32 біт зі знаком
короткий - 16 біт без знака
короткий - 16 біт зі знаком
мазь - 32 біт без знака
довгий - 64 біт зі знаком
біт - двійкові дані
убайт - 8 біт без знака

урожай Обріжте область зображення, область завжди прикріплюється до вихідного зображення
розмір у тому сенсі, що заданий діапазон зберігається., підтримувані параметри:

кінець = [[4294967295,4294967295,4294967295]]; потоковий
кінець діапазону культур, максимум = (-1,-1,-1).

старт = [[0,0,0]]; потоковий
початок діапазону посівів.

розширити Фільтр розширення стека 3D-зображень, підтримувані параметри:

натякати = чорний; рядок
натяк на основний вміст зображення (чорний|білий).

формувати = [сфера:r=2]; фабрика
структуруючий елемент. Щоб дізнатися про підтримувані плагіни, див. ПЛАГІНИ:3dimage/shape

відстань Оцініть тривимірне перетворення відстані зображення. Якщо зображення є бінарною маскою,
тоді результат перетворення відстані в кожній точці відповідає евклідовому
відстань до маски. Якщо вхідне зображення має скалярне значення пікселя, то
цей скаляр інтерпретується як висота, а значення на піксель додається до
відстань.

(без параметрів)

зменшити масштаб Зменшити вхідне зображення, використовуючи заданий розмір блоку, щоб визначити зменшення масштабу
фактор. Перед масштабуванням зображення фільтрується за допомогою фільтра згладжування до
усуває високочастотні дані та уникає артефактів накладання., підтримується
параметри:

b = [[1,1,1]]; 3dbounds
розмір блоку.

bx = 1; uint в [1, inf)
розмір блоку в напрямку x.

by = 1; uint в [1, inf)
розмір блоку в напрямку y.

bz = 1; uint в [1, inf)
розмір блоку в напрямку z.

ядро = гаусс; рядок
ядро фільтра згладжування, яке буде застосовано, оцінюється розмір фільтра
залежно від розміру блоку..

розмивати Стек тривимірних зображень розмиває фільтр, підтримувані параметри:

натякати = чорний; рядок
натяк на основний вміст зображення (чорний|білий).

формувати = [сфера:r=2]; фабрика
структуруючий елемент. Щоб дізнатися про підтримувані плагіни, див. ПЛАГІНИ:3dimage/shape

гаус ізотропний 3D-фільтр Гаусса, підтримувані параметри:

w = 1; int в [0, inf)
параметр ширини фільтра.

граднорм Тривимірне зображення до градієнтного фільтра норми

(без параметрів)

ростова маска Використовуйте двійкову маску введення та еталонне зображення у відтінках сірого, щоб збільшити область
шляхом додавання пікселів сусідства вже доданого пікселя, якщо вони мають менший
інтенсивність, що перевищує заданий поріг., підтримувані параметри:

хвилин = 1; плавати
нижній поріг зростання маски.

посилання =(вхід, обов'язковий, рядок)
опорне зображення для вирощування області маски.

формувати = 6n; фабрика
маска сусідства. Щоб дізнатися про підтримувані плагіни, див. ПЛАГІНИ:3dimage/shape

інвертувати інвертований фільтр інтенсивності

(без параметрів)

ізовоксель Цей фільтр масштабує зображення, щоб зробити розмір вокселя ізометричним, а його розмір дорівнюватиме
відповідають заданому значенню, підтримувані параметри:

інтерп = [bspline:d=3]; фабрика
ядро інтерполяції, яке буде використано. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinekernel

розмір = 1; плавати в (0, inf)
ізометричний цільовий розмір воксела.

kmeans Фільтр k-середніх 3D зображення. У вихідному зображенні значення пікселя представляє
членство в класі та центри класів зберігаються як атрибут на зображенні.,
підтримувані параметри:

c = 3; int в [2, inf)
кількість класів.

етикетка Підтримується фільтр для позначення підключених компонентів двійкового зображення
параметри:

n = 6n; фабрика
маска сусідства. Щоб дізнатися про підтримувані плагіни, див. ПЛАГІНИ:3dimage/shape

карта етикеток Фільтр зображень для перепризначення ідентифікаторів міток. Застосовується лише до зображень із цілим значенням
інтенсивності/мітки., підтримувані параметри:

карта =(вхід, обов'язковий, рядок)
Файл зіставлення міток.

масштаб етикетки
Фільтр, який створює лише вихідні воксели, які вже створені на вході
зображення. Масштабування здійснюється за допомогою алгоритмів голосування, які вибирають ціль
значення пікселів на основі найбільшої кількості пікселів певної мітки в
відповідний регіон джерела. Якщо регіон містить дві мітки з однаковими
count, перемагає той, у кого менше число., підтримувані параметри:

за розміром =(обов'язково, 3dbounds)
цільовий розмір у вигляді двох значень, розділених комою.

загрузка Завантажте вхідне зображення з файлу та використовуйте його для заміни поточного зображення в файлі
pipeline., підтримувані параметри:

файл =(вхід, обов'язковий, рядок)
ім'я вхідного файлу для завантаження..

lvdownscale
Це фільтр зниження масштабу голосування лейблами. Він зменшує 3D-зображення на блоки.
Для кожного блоку є (ненульова) мітка, яка найчастіше зустрічається в блоці
видається як вихідний піксель у цільовому зображенні. Якщо дві мітки мають однакове число
разів перемагає той з нижчим абсолютним значенням, підтримувані параметри:

b = [[1,1,1]]; 3dbounds
розмір блоку для зменшення масштабу. Кожен блок буде представлений одним пікселем
на цільовому зображенні..

маска Замаскуйте зображення, одне зображення береться зі списку параметрів, а інше зі списку
нормальний вхід фільтра. Обидва зображення повинні мати однакові розміри, і одне повинно бути
бути бінарним. Атрибутами зображення, що надходить через конвеєр фільтра, є
збережено. Тип вихідного пікселя відповідає вхідному зображенню, яке не є таким
binary., підтримувані параметри:

вхід =(вхід, обов'язковий, рядок)
друга вхідна назва файлу зображення.

значити Середній фільтр 3D-зображення, підтримувані параметри:

w = 1; int в [1, inf)
половина ширини фільтра.

медіана середній 3D-фільтр, підтримувані параметри:

w = 1; int в [1, inf)
параметр ширини фільтра.

млв Середнє значення фільтра 3D-зображень найменшої дисперсії, підтримувані параметри:

w = 1; int в [1, inf)
параметр ширини фільтра.

msnormalizer
3D-зображення, що нормалізує середнє-сигма-фільтр, підтримувані параметри:

w = 1; int в [1, inf)
половина ширини фільтра.

відкрити морфологічні відкриті, підтримувані параметри:

натякати = чорний; рядок
натяк на основний вміст зображення (чорний|білий).

формувати = [сфера:r=2]; фабрика
структуруючий елемент. Щоб дізнатися про підтримувані плагіни, див. ПЛАГІНИ:3dimage/shape

переорієнтувати Фільтр переорієнтації 3D-зображення, підтримувані параметри:

карта = xyz; dict
орієнтаційне відображення, яке буде застосовано. Підтримувані значення:
p-zxy ‐ переставити x->y->z->x
r-x180 - поверніть навколо осі x за годинниковою стрілкою на 180 градусів
хуг - зберігати орієнтацію
p-yzx ‐ переставити x->z->y->x
r-z180 - обертання навколо осі z за годинниковою стрілкою на 180 градусів
r-y270 - обертання навколо осі Y за годинниковою стрілкою на 270 градусів
f-xz - перевернути xz
ф-йз ‐ перевернути yz
r-x90 - поверніть навколо осі x за годинниковою стрілкою на 90 градусів
r-y90 - обертання навколо осі Y за годинниковою стрілкою на 90 градусів
r-x270 - поверніть навколо осі x за годинниковою стрілкою на 270 градусів
r-z270 - обертання навколо осі z за годинниковою стрілкою на 270 градусів
r-z90 - обертання навколо осі z за годинниковою стрілкою на 90 градусів
f-xy - перевернути xy
r-y180 - обертання навколо осі Y за годинниковою стрілкою на 180 градусів

змінити розмір Змінити розмір зображення. Вихідні дані центруються в зображенні нового розміру.,
підтримувані параметри:

розмір = [[0,0,0]]; потоковий
новий розмір зображення розмір 0 вказує, щоб зберегти розмір для
відповідний розмір..

sandp 3D-фільтр солі та перцю, підтримувані параметри:

молотити = 100; float в [0, inf)
порогове значення.

w = 1; int в [1, inf)
параметр ширини фільтра.

масштаб Фільтр 3D-зображень, який масштабується до заданого цільового розміру, підтримувані параметри:

інтерп = [bspline:d=3]; фабрика
ядро інтерполяції, яке буде використано. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinekernel

s = [[0,0,0]]; 3dbounds
цільовий розмір, щоб встановити всі компоненти одночасно (компонент 0: використовуйте вхідне зображення
розмір).

sx = 0; uint в [0, inf)
цільовий розмір у напрямку x (0: використовувати розмір вхідного зображення).

sy = 0; uint в [0, inf)
цільовий розмір у напрямку y (0: використовувати розмір вхідного зображення).

sz = 0; uint в [0, inf)
цільовий розмір у напрямку y (0: використовувати розмір вхідного зображення).

вибір великий Фільтр, який створює двійкову маску, що представляє найвищу інтенсивність
кількість пікселів. Значення пікселя 0 буде проігноровано, а якщо дві інтенсивності мають значення
однакова кількість пікселів, тоді результат не визначено. Вхідний піксель повинен мати
інтегральний тип пікселя.

(без параметрів)

sepconv Інтенсивність 3D-зображення роздільний фільтр згортки, підтримувані параметри:

kx = [гаус:w=1]; фабрика
ядро фільтра в x-напрямку. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/просторове ядро

ky = [гаус:w=1]; фабрика
ядро фільтра в напрямку Y. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/просторове ядро

kz = [гаус:w=1]; фабрика
ядро фільтра в z-напрямку. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/просторове ядро

с.а.с. засіяний водний верх. Алгоритм виділяє рівно стільки областей, скільки початкових
мітки наведено на початковому зображенні., підтримувані параметри:

град = 0; bool
Інтерпретуйте вхідне зображення як градієнт. .

позначити = 0; bool
Позначте сегментовані вододіли за допомогою спеціального значення шкали сірого.

n = [сфера:r=1]; фабрика
Сусідство для регіону водосховища вирощування. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ:3dimage/shape

насіння =(вхід, обов'язковий, рядок)
вихідне зображення, що містить мітки для початкових областей.

трійник Збережіть вхідне зображення у файл, а також передайте його до наступного фільтра,
підтримувані параметри:

файл =(вихід, обов'язковий, рядок)
ім'я вихідного файлу для збереження зображення.

розрідження 3D морфологічне витончення, засноване на: Лі та Кашьяп, «Побудова скелетних моделей
за допомогою алгоритмів тривимірної медіальної поверхні/витончення осі, графічних моделей та зображень
обробка, 56(6):462-478, 1994. Ця реалізація підтримує лише 26
околиці.

(без параметрів)

трансформувати Перетворіть вхідне зображення з заданим перетворенням, підтримуваними параметрами
є:

файл =(вхід, обов'язковий, рядок)
Ім'я файлу, що містить перетворення..

imgboundary = ; рядок
замінити граничні умови інтерполяції зображення.

imgkernel = ; рядок
замінити ядро ​​інтерполятора зображень.

дисперсія Фільтр дисперсії 3D-зображення, підтримувані параметри:

w = 1; int в [1, inf)
половина ширини фільтра.

ws базова сегментація водного басейну, підтримувані параметри:

евалград = 0; bool
Установіть значення 1, якщо вхідне зображення не представляє градієнтне нормальне зображення.

позначити = 0; bool
Позначте сегментовані вододіли за допомогою спеціального значення шкали сірого.

n = [сфера:r=1]; фабрика
Сусідство для регіону водосховища вирощування. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ:3dimage/shape

молотити = 0; float в [0, 1)
Відносний поріг норми градієнта. Порогове значення фактичного значення становить
обмолот * (max_grad - min_grad) + min_grad. Басейни розділені градієнтами
з меншою нормою буде приєднано.

ПЛАГІНИ: 3dimage/повна вартість


зображення Функція узагальненої вартості подібності зображень, яка також обробляє багатороздільну здатність
обробка. Фактична міра подібності надається як додатковий параметр.,
підтримувані параметри:

коштувати = ssd; фабрика
Ядро функції вартості. Щоб дізнатися про підтримувані плагіни, див. ПЛАГІНИ:3dimage/cost

відлагоджувати = 0; bool
Збережіть проміжні результати для налагодження.

посилання =(вхід, рядок)
Довідкове зображення.

SRC =(вхід, рядок)
Дослідження зображення.

вага = 1; плавати
вага функції витрат.

зображення етикетки
Функція вартості подібності, яка зіставляє етикетки двох зображень і обробляє етикетки
зберігаючи обробку з багатьма роздільною здатністю., підтримувані параметри:

maxlabel = 256; int в [2, 32000]
максимальна кількість міток для розгляду.

посилання =(вхід, рядок)
Довідкове зображення.

SRC =(вхід, рядок)
Дослідження зображення.

вага = 1; плавати
вага функції витрат.

замасковане зображення
Узагальнена функція вартості подібності замаскованих зображень, яка також обробляє багато-
обробка дозволу. Надані маски повинні бути щільно заповнені області
обробка з багатьма роздільною здатністю, тому що в іншому випадку інформація маски може бути втрачена
при зменшенні масштабу зображення. Маску можна попередньо профільтрувати - після попередньої фільтрації
маски мають бути бітового типу. Посилальна маска та перетворена маска
Досліджувані зображення об'єднуються за допомогою двійкового І. Наведено фактичну міру подібності
Це додатковий параметр., підтримувані параметри:

коштувати = ssd; фабрика
Ядро функції вартості. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ:3dimage/maskedcost

посилання =(вхід, рядок)
Довідкове зображення.

реф-маска =(вхід, рядок)
Маска опорного зображення (двійкова).

ref-mask-filter = ; фабрика
Фільтр для підготовки зображення опорної маски, вихід має бути двійковим
image.. Щоб дізнатися про підтримувані плагіни, див. ПЛАГІНИ:3dimage/filter

SRC =(вхід, рядок)
Дослідження зображення.

src-маска =(вхід, рядок)
Маска зображення (двійкова).

src-mask-filter = ; фабрика
Фільтр для підготовки зображення маски дослідження, вихід має бути двійковим
image.. Щоб дізнатися про підтримувані плагіни, див. ПЛАГІНИ:3dimage/filter

вага = 1; плавати
вага функції витрат.

taggedssd Оцінює міру подібності суми квадратів різниць за допомогою трьох
позначені пари зображень. Значення функції вартості оцінюється на основі всього зображення
пар, але градієнт складається шляхом компонування його компонента на основі тегу
напрямок., підтримувані параметри:

refx =(вхід, рядок)
Еталонне зображення X-tag.

refy =(вхід, рядок)
Еталонне зображення Y-тег.

refz =(вхід, рядок)
Референтне зображення Z-тег.

srcx =(вхід, рядок)
Дослідження зображення X-tag.

srcy =(вхід, рядок)
Дослідження зображення Y-тег.

srcz =(вхід, рядок)
Дослідження зображення Z-тег.

вага = 1; плавати
вага функції витрат.

ПЛАГІНИ: 3dimage/io


аналізувати Проаналізуйте зображення 7.5

Розпізнані розширення файлів: .HDR, .hdr

Підтримувані типи елементів:
без знака 8 біт, зі знаком 16 біт, зі знаком 32 біт, з плаваючою комою 32 біт,
з плаваючою комою 64 біт

пул даних Віртуальний IO до та з внутрішнього пулу даних

Розпізнані розширення файлів: .@

dicom Серія зображень Dicom у вигляді 3D

Розпізнані розширення файлів: .DCM, .dcm

Підтримувані типи елементів:
зі знаком 16 біт, без знаку 16 біт

hdf5 HDF5 3D зображення IO

Розпізнані розширення файлів: .H5, .h5

Підтримувані типи елементів:
двійкові дані, 8 біт зі знаком, 8 біт без знака, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака,
32-розрядний зі знаком, 32-розрядний без знака, 64-розрядний зі знаком, 64-розрядний без знака, плаваючий
точка 32 біт, з плаваючою комою 64 біт

inria Зображення INRIA

Розпізнані розширення файлів: .INR, .inr

Підтримувані типи елементів:
8 біт зі знаком, 8 біт без знаку, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака, 32 зі знаком
біт, беззнаковий 32 біт, з плаваючою комою 32 біт, з плаваючою комою 64 біт

mhd MetaIO 3D image IO з використанням реалізації VTK (експериментальний).

Розпізнані розширення файлів: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Підтримувані типи елементів:
8 біт зі знаком, 8 біт без знаку, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака, 32 зі знаком
біт, беззнаковий 32 біт, з плаваючою комою 32 біт, з плаваючою комою 64 біт

nifti NIFTI-1 3D зображення IO

Розпізнані розширення файлів: .NII, .nii

Підтримувані типи елементів:
8 біт зі знаком, 8 біт без знаку, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака, 32 зі знаком
біт, 32-розрядний без знака, 64-розрядний зі знаком, 64-розрядний без знака, з плаваючою комою 32
біт, з плаваючою комою 64 біт

vff VFF Sun растровий формат

Розпізнані розширення файлів: .VFF, .vff

Підтримувані типи елементів:
без знака 8 біт, зі знаком 16 біт

перспектива 3D-перегляд

Розпізнані розширення файлів: .V, .VISTA, .v, .vista

Підтримувані типи елементів:
двійкові дані, 8 біт зі знаком, 8 біт без знака, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака,
32 біт зі знаком, 32 біт без знаку, 32 біт з плаваючою комою, 64 з плаваючою комою
біт

vti Вхід і вихід 3D-зображення VTK-XML (експериментальний).

Розпізнані розширення файлів: .VTI, .vti

Підтримувані типи елементів:
8 біт зі знаком, 8 біт без знаку, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака, 32 зі знаком
біт, беззнаковий 32 біт, з плаваючою комою 32 біт, з плаваючою комою 64 біт

vtk 3D VTK зображення застарілих вхід і вихід (експериментальний).

Розпізнані розширення файлів: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Підтримувані типи елементів:
двійкові дані, 8 біт зі знаком, 8 біт без знака, 16 біт зі знаком, 16 біт без знака,
32 біт зі знаком, 32 біт без знаку, 32 біт з плаваючою комою, 64 з плаваючою комою
біт

ПЛАГІНИ: 3dimage/maskedcost


lncc локальна нормована перехресна кореляція з підтримкою маскування, підтримувані параметри
є:

w = 5; uint в [1, 256]
половину ширини вікна, що використовується для оцінки локалізованого хреста
кореляція.

mi Взаємна інформація на основі парзена сплайнів із маскуванням. Підтримувані параметри:

вирізати = 0; float у [0, 40]
Відсоток пікселів для вирізання з високою і низькою інтенсивністю для видалення
викиди.

mbins = 64; uint в [1, 256]
Кількість блоків гістограми, що використовуються для рухомого зображення.

mkernel = [bspline:d=3]; фабрика
Сплайн-ядро для рухомого зображення parzen hinstogram. Для підтримуваних плагінів
див. ПЛАГІНИ:1d/splinekernel

bins = 64; uint в [1, 256]
Кількість блоків гістограми, що використовуються для еталонного зображення.

rkernel = [bspline:d=0]; фабрика
Сплайн-ядро для еталонного зображення parzen hinstogram. Для підтримуваних штекерів-
ins див. ПЛАГІНИ:1d/splinekernel

nCC нормалізована перехресна кореляція з підтримкою маскування.

(без параметрів)

SSD Сума квадратів різниць із маскуванням.

(без параметрів)

ПЛАГІНИ: 3dimage/shape


18n Творець 18D-форми околиць 3n

(без параметрів)

26n Творець 26D-форми околиць 3n

(без параметрів)

6n Творець 6D-форми околиць 3n

(без параметрів)

сфера Околиці закритої сферичної форми, включаючи пікселі в межах заданого радіусу
р., підтримувані параметри:

r = 2; плавати в (0, inf)
радіус сфери.

ПЛАГІНИ: 3dimage/transform


афінний Афінне перетворення (12 ступенів свободи), підтримувані параметри:

imgboundary = дзеркало; фабрика
граничні умови інтерполяції зображення. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; фабрика
ядро інтерполятора зображень. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinekernel

axisrot Перетворення з обмеженим обертанням (1 ступінь свободи). Перетворення є
обмежений обертанням навколо заданої осі навколо заданого обертання
центр, підтримувані параметри:

вісь =(обов'язково, 3dfvector)
вісь обертання.

imgboundary = дзеркало; фабрика
граничні умови інтерполяції зображення. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; фабрика
ядро інтерполятора зображень. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinekernel

походження =(обов'язково, 3dfvector)
центр перетворення.

рафін Обмежене афінне перетворення (3 ступені свободи). Перетворення є
обмежується обертанням навколо заданої осі та зсувом уздовж двох осей
перпендикулярно заданому, підтримувані параметри:

вісь =(обов'язково, 3dfvector)
вісь обертання.

imgboundary = дзеркало; фабрика
граничні умови інтерполяції зображення. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; фабрика
ядро інтерполятора зображень. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinekernel

походження =(обов'язково, 3dfvector)
центр перетворення.

жорсткий Жорстке перетворення, тобто поворот і переміщення (шість ступенів свободи).,
підтримувані параметри:

imgboundary = дзеркало; фабрика
граничні умови інтерполяції зображення. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; фабрика
ядро інтерполятора зображень. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinekernel

походження = [[0,0,0]]; 3dfвектор
Відносний центр обертання, тобто <0.5,0.5,0.5> відповідає центру
гучність.

обертання Перетворення обертання (три ступені свободи), підтримувані параметри:

imgboundary = дзеркало; фабрика
граничні умови інтерполяції зображення. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; фабрика
ядро інтерполятора зображень. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinekernel

походження = [[0,0,0]]; 3dfвектор
Відносний центр обертання, тобто <0.5,0.5,0.5> відповідає центру
гучність.

rotbend Обмежене перетворення (4 ступеня свободи). Перетворення є
обмежується обертанням навколо осей x і y і вигином уздовж x
вісь, незалежна в кожному напрямку, при цьому вигин зростає разом з
квадрата відстані від осі обертання., підтримувані параметри:

imgboundary = дзеркало; фабрика
граничні умови інтерполяції зображення. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; фабрика
ядро інтерполятора зображень. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinekernel

норот = 0; bool
Не оптимізуйте обертання.

походження =(обов'язково, 3dfvector)
центр перетворення.

сплайн Перетворення довільної форми, яке можна описати набором коефіцієнтів B-сплайнів
і базове ядро ​​B-сплайна, підтримувані параметри:

анізорувати = [[0,0,0]]; 3dfвектор
коефіцієнт анізотропності в пікселях, недодатні значення будуть
замінено значенням "ставка".

відлагоджувати = 0; bool
увімкнути додатковий вихід налагодження.

imgboundary = дзеркало; фабрика
граничні умови інтерполяції зображення. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; фабрика
ядро інтерполятора зображень. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinekernel

ядро = [bspline:d=3]; фабрика
ядро сплайну трансформації. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinekernel

штраф = ; фабрика
енергетичний термін трансформації. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 3dtransform/splinepenalty

швидкість = 10; float в [1, inf)
коефіцієнт ізотропності в пікселях.

переводити Переклад (три ступені свободи), підтримувані параметри:

imgboundary = дзеркало; фабрика
граничні умови інтерполяції зображення. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; фабрика
ядро інтерполятора зображень. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinekernel

vf Цей плагін реалізує перетворення, яке визначає переклад для кожного
точка сітки, що визначає область перетворення., підтримується
параметри:

imgboundary = дзеркало; фабрика
граничні умови інтерполяції зображення. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinebc

imgkernel = [bspline:d=3]; фабрика
ядро інтерполятора зображень. Про підтримувані плагіни див
ПЛАГІНИ: 1d/splinekernel

ПЛАГІНИ: 3dtransform/io


BBS Бінарний (непереносний) серійний ввод-ввод із тривимірних перетворень

Розпізнані розширення файлів: .bbs

пул даних Віртуальний IO до та з внутрішнього пулу даних

Розпізнані розширення файлів: .@

перспектива Сховище 3D-перетворень Vista

Розпізнані розширення файлів: .v, .v3dt

XML XML серіалізований IO тривимірних перетворень

Розпізнані розширення файлів: .x3dt

ПЛАГІНИ: 3dtransform/splinepenalty


divcurl покарання divcurl на перетворення, підтримувані параметри:

витися = 1; float в [0, inf)
штрафна вага на локони.

DIV = 1; float в [0, inf)
вага штрафу за розбіжність.

норма = 0; bool
Встановіть 1, якщо штраф потрібно нормалізувати щодо зображення
розмір.

вага = 1; плавати в (0, inf)
вага штрафної енергії.

ПЛАГІНИ: мінімізер/одна вартість


gdas Градієнтний спуск з автоматичною корекцією розміру кроку, підтримувані параметри:

ftolr = 0; подвоїти в [0, inf)
Зупинити, якщо відносна зміна критерію нижче.

максимальний крок = 2; подвоїти (0, inf)
Максимальний абсолютний розмір кроку.

maxiter = 200; uint в [1, inf)
Критерій зупинки: максимальна кількість ітерацій.

хв-крок = 0.1; подвоїти (0, inf)
Мінімальний абсолютний розмір кроку.

xtola = 0.01; подвоїти в [0, inf)
Зупиняється, якщо inf-норма зміни, застосованої до x, нижче цього значення.

gdsq Градієнтний спуск з квадратичною оцінкою кроку, підтримувані параметри:

ftolr = 0; подвоїти в [0, inf)
Зупинити, якщо відносна зміна критерію нижче.

gtola = 0; подвоїти в [0, inf)
Зупинити, якщо inf-норма градієнта нижче цього значення.

maxiter = 100; uint в [1, inf)
Критерій зупинки: максимальна кількість ітерацій.

масштаб = 2; подвоїти (1, inf)
Запасне фіксоване масштабування розміру кроку.

крок = 0.1; подвоїти (0, inf)
Розмір початкового кроку.

xtola = 0; подвоїти в [0, inf)
Зупинити, якщо inf-норма x-update нижче цього значення.

gsl плагін оптимізатора, заснований на оптимізаторах multimin з Наукової бібліотеки GNU
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, підтримувані параметри:

прибуток на акцію = 0.01; подвоїти (0, inf)
оптимізатори на основі градієнта: зупиняються, коли |grad| < eps, симплекс: зупинитися, коли
симплексний розмір < eps..

ітер = 100; uint в [1, inf)
максимальна кількість ітерацій.

вибирати = gd; dict
Конкретний оптимізатор, який буде використовуватися. Підтримувані значення:
bfgs - Бройден-Флетчер-Голдфарб-Шенн
bfgs2 ‐ Бройден-Флетчер-Голдфарб-Шенн (найефективніша версія)
cg-fr ‐ Алгоритм спряженого градієнта Флечера-Рівза
gd - Градієнтний спуск.
симплекс - Симплексний алгоритм Нелдера і Міда
cg-pr ‐ Алгоритм спряженого градієнта Полака-Ріб’єра

крок = 0.001; подвоїти (0, inf)
початковий розмір кроку.

тол = 0.1; подвоїти (0, inf)
деякий параметр допуску.

nlopt Алгоритми мінімізатора, що використовують бібліотеку NLOPT, для опису
оптимізатори див.http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', підтримувані параметри:

фтола = 0; подвоїти в [0, inf)
Критерій зупинки: абсолютна зміна цільового значення нижче
це значення.

ftolr = 0; подвоїти в [0, inf)
Критерій зупинки: відносна зміна цільового значення нижче
це значення.

вище = inf; подвійний
Вища межа (рівна для всіх параметрів).

місцевий-опт = немає; dict
локальний алгоритм мінімізації, який може знадобитися для основного
алгоритм мінімізації. Підтримувані значення:
gn-orig-direct-l ‐ Поділ прямокутників (оригінальна реалізація,
локально упереджений)
gn-direct-l-noscal ‐ Поділ прямокутників (немасштабований, локально зміщений)
gn-isres ‐ Покращена стратегія розвитку стохастичного рейтингу
ld-ньютон ‐ Усічений Ньютон
gn-direct-l-rand ‐ Поділ прямокутників (локально упереджений, рандомізований)
ln-newuoa ‐ Безпохідна оптимізація без обмежень шляхом ітерації
Побудовано квадратичне наближення
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Поділ прямокутників (немасштабований, локально
упереджений, рандомізований)
gn-orig-direct - Поділ прямокутників (оригінальна реалізація)
ld-тнютон-попередня ‐ Попередньо обумовлений усічений Ньютон
ld-tnewton-restart ‐ Усічений Ньютон із перезапуском із найкрутішим спуском
gn-прямий - Ділення прямокутників
Ін-нелдермід - Симплексний алгоритм Нелдера-Міда
лн-кобила ‐ Оптимізація з обмеженнями за допомогою лінійної апроксимації
gn-crs2-lm ‐ Контрольований випадковий пошук з локальною мутацією
ld-var2 ‐ Змінена метрика змінної обмеженої пам’яті, ранг 2
ld-var1 ‐ Змінена метрика змінної обмеженої пам’яті, ранг 1
ld-mma ‐ Метод переміщення асимптот
ld-lbfgs-nocedal - Жодного
ld-lbfgs ‐ BFGS з низьким вмістом
gn-direct-l ‐ Поділ прямокутників (локально зміщений)
ніхто - не вказувати алгоритм
ln-bobyqa ‐ Оптимізація з обмеженими обмеженнями без похідних
ln-sbplx ‐ Субплексний варіант Nelder-Mead
ln-newuoa зв'язаний ‐ Оптимізація з обмеженими обмеженнями без похідних
Ітеративно побудоване квадратичне наближення
ln-praxis ‐ Локальна оптимізація без градієнтів через головну вісь
Метод
gn-direct-noscal - Ділення прямокутників (без масштабу)
ld-tnewton-precond-restart ‐ Попередньо обумовлений усічений Ньютон з
перезапуск з найкрутішим спуском

знизити = -inf; подвійний
Нижня межа (рівна для всіх параметрів).

maxiter = 100; int в [1, inf)
Критерій зупинки: максимальна кількість ітерацій.

вибирати = ld-lbfgs; dict
основний алгоритм мінімізації. Підтримувані значення:
gn-orig-direct-l ‐ Поділ прямокутників (оригінальна реалізація,
локально упереджений)
g-mlsl-lds ‐ Багаторівнева одноланкова зв’язка (послідовність з низькою невідповідністю,
потрібна оптимізація та межі на основі локального градієнта)
gn-direct-l-noscal ‐ Поділ прямокутників (немасштабований, локально зміщений)
gn-isres ‐ Покращена стратегія розвитку стохастичного рейтингу
ld-ньютон ‐ Усічений Ньютон
gn-direct-l-rand ‐ Поділ прямокутників (локально упереджений, рандомізований)
ln-newuoa ‐ Безпохідна оптимізація без обмежень шляхом ітерації
Побудовано квадратичне наближення
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Поділ прямокутників (немасштабований, локально
упереджений, рандомізований)
gn-orig-direct - Поділ прямокутників (оригінальна реалізація)
ld-тнютон-попередня ‐ Попередньо обумовлений усічений Ньютон
ld-tnewton-restart ‐ Усічений Ньютон із перезапуском із найкрутішим спуском
gn-прямий - Ділення прямокутників
auglag-eq ‐ Розширений алгоритм Лагранжа з обмеженнями рівності
тільки
Ін-нелдермід - Симплексний алгоритм Нелдера-Міда
лн-кобила ‐ Оптимізація з обмеженнями за допомогою лінійної апроксимації
gn-crs2-lm ‐ Контрольований випадковий пошук з локальною мутацією
ld-var2 ‐ Змінена метрика змінної обмеженої пам’яті, ранг 2
ld-var1 ‐ Змінена метрика змінної обмеженої пам’яті, ранг 1
ld-mma ‐ Метод переміщення асимптот
ld-lbfgs-nocedal - Жодного
g-mlsl ‐ Багаторівнева однозв’язка (вимагають локальної оптимізації та
межі)
ld-lbfgs ‐ BFGS з низьким вмістом
gn-direct-l ‐ Поділ прямокутників (локально зміщений)
ln-bobyqa ‐ Оптимізація з обмеженими обмеженнями без похідних
ln-sbplx ‐ Субплексний варіант Nelder-Mead
ln-newuoa зв'язаний ‐ Оптимізація з обмеженими обмеженнями без похідних
Ітеративно побудоване квадратичне наближення
auglag - Розширений алгоритм Лагранжа
ln-praxis ‐ Локальна оптимізація без градієнтів через головну вісь
Метод
gn-direct-noscal - Ділення прямокутників (без масштабу)
ld-tnewton-precond-restart ‐ Попередньо обумовлений усічений Ньютон з
перезапуск з найкрутішим спуском
ld-slsqp ‐ Послідовне квадратичне програмування за методом найменших квадратів

крок = 0; подвоїти в [0, inf)
Початковий розмір кроку для методів без градієнта.

СТОП = -inf; подвійний
Критерій зупинки: значення функції падає нижче цього значення.

xtola = 0; подвоїти в [0, inf)
Критерій зупинки: абсолютна зміна всіх значень x нижче цього
value.

xtolr = 0; подвоїти в [0, inf)
Критерій зупинки: відносна зміна всіх значень x нижче цього
value.

приклад


Зареєструйте серію зображень, надану зображеннями imageXXXX.v, оптимізуючи сплайн
перетворення з коефіцієнтом швидкості 16 пікселів, пропускаючи два зображення на початку
і використання нормалізованих полів градієнта як початкової міри вартості та SSD як кінцевої міри.
Штрафуйте за перетворення, використовуючи divcurl з вагою 2.0. Як оптимізатор nlopt
Використовується метод Ньютона.

mia-3dprealign-nonrigid mia-3dprealign-nonrigid -i imageXXXX.v -o зареєстрований -t vista -k
2-F spline:rate=16, penalty=[divcurl:weight=2] -1 image:cost=[ngf:eval=ds] -2
image:cost=ssd -O nlopt:opt=ld-var1,xtola=0.001,ftolr=0.001,maxiter=300

АВТОР(и)


Герт Волний

АВТОРСЬКЕ


Авторське право на це програмне забезпечення (c) 1999-2015, Лейпциг, Німеччина та Мадрид, Іспанія. Воно приходить
без АБСОЛЮТНО НІ ГАРАНТІЙ, і ви можете розповсюджувати його відповідно до умов GNU
ЗАГАЛЬНА ПУБЛІЧНА ЛІЦЕНЗІЯ Версія 3 (або новіша). Для отримання додаткової інформації запустіть програму за допомогою
параметр '--copyright'.

Використовуйте mia-3dprealign-nonrigid онлайн за допомогою служб onworks.net


Ad


Ad