Це команда mirabait, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
mirabait - виберіть читання з прочитаної колекції
СИНТАКСИС
мірабайт [-f ] [-t [-т ...]] [-iklor] файл приманки infile
ОПИС
мірабайт вибирає читання з колекції прочитаних, які частково подібні або рівні
послідовності, визначені як цільові приманки. Подібність визначається шляхом пошуку настроюваного користувачем
кількість звичайних k-мерів (послідовностей з k послідовних основ), які однакові в приманці
послідовності та екрановані послідовності, які потрібно вибрати, у прямому або зворотному напрямку
напрямок доповнення.
ВАРІАНТИ
-f
завантажте цей тип файлів проекту, де fromtype:
caf послідовності з CAF
maf послідовності з MAF
phd послідовності з PHD
gbf послідовності з GBF
швидкі послідовності з FASTA
fastq послідовності з FASTQ
-t
запишіть послідовності до цього типу (кілька згадок -t дозволені):
швидкі послідовності до FASTA
fastq послідовностей до FASTQ
caf послідовності до CAF
maf послідовності до MAF
txt імена послідовностей у текстовий файл
-k k-mer, довжина приманки в базах (<32, за замовчуванням=31)
-n Хв. кількість необхідних приманок k-mer (за замовчуванням=1)
-i Зворотний удар: записує лише послідовності, які не влучають приманку
-r Немає перевірки зворотного напрямку доповнення
-o Зміщення якості fastq (лише для -f = 'fastq') Зміщення значень якості в FASTQ
файл. За замовчуванням: 33 Значення 0 намагається автоматично розпізнати.
-f
завантажте цей тип файлів проекту, де fromtype:
caf послідовності з CAF
maf послідовності з MAF
phd послідовності з PHD
gbf послідовності з GBF
швидкі послідовності з FASTA
fastq послідовності з FASTQ
-t
запишіть послідовності до цього типу (кілька згадок -t дозволені):
швидкі послідовності до FASTA
fastq послідовностей до FASTQ
caf послідовності до CAF
maf послідовності до MAF
txt імена послідовностей у текстовий файл
-k k-mer, довжина приманки в базах (<32, за замовчуванням=31)
-n Хв. кількість необхідних приманок k-mer (за замовчуванням=1)
-i Зворотний удар: записує лише послідовності, які не влучають приманку
-r Немає перевірки зворотного напрямку доповнення
-o Зміщення якості fastq (лише для -f = 'fastq') Зміщення значень якості в FASTQ
файл. За замовчуванням: 33 Значення 0 намагається автоматично розпізнати.
Використовуйте mirabait онлайн за допомогою служб onworks.net
