Це команда obprobe, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
обпробувати — створити сітку електростатичного зонда
СИНТАКСИС
обпробувати [ВАРІАНТИ] тип пчг ім'я файлу
ОПИС
Інструмент obprobe створює сітку навколо молекули, розміщуючи атом зонда з заданим
тип атома та частковий заряд у кожній точці для обчислення енергії MMFF94. Цим можна скористатися
для експериментів стикування для перевірки спорідненості водневого зв’язку, електростатичного потенціалу тощо.
Вихідні дані надсилаються до стандартного виводу з використанням формату куба Гаусса.
ВАРІАНТИ
Якщо ім'я файлу не вказано, obprobe надасть усі параметри, включаючи приклади проб.
-s кроковий розмір
Встановити роздільну здатність сітки (покроковий розмір)
-p padding
Встановіть заповнення – додаткову відстань з кожного боку коробки, утвореної молекулою.
тип Тип атома MMFF94
пчг MMFF94 частковий заряд
ПРИКЛАДИ
Проаналізуйте файл pyridines.sdf за допомогою карбонільного кисню -- акцептора водневого зв’язку
частковий заряд -0.57:
обзонд 7 -0.57 піридини.сдф
Перевірте файл pyridines.sdf за допомогою фенільного атома вуглецю -- гідрофобного атома без
частковий заряд:
obprobe 37 0.0 pyridines.sdf
Використовуйте obprobe онлайн за допомогою служб onworks.net
