phyml - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

phyml - Філогенетична оцінка з використанням максимальної ймовірності

СИНТАКСИ:

phyml [аргументи команди]

Усі наведені нижче параметри є необов’язковими (крім «-i», якщо ви хочете використовувати командний рядок
інтерфейс).

Параметри команди:

-i (Або --вхід) seq_file_name

seq_file_name це назва файлу нуклеотидної або амінокислотної послідовності в PHYLIP
Формат.

-d (Або --тип даних) тип даних

тип даних є "nt" для нуклеотидів (за замовчуванням), "aa" для амінокислотних послідовностей або
'generic', (використовуйте формат файлу NEXUS і параметр 'symbols' тут).

-q (Або -- послідовний)

Змінює формат із чергуванням (за замовчуванням) на послідовний формат.

-n (Або -- кілька) nb_data_sets

nb_data_sets це ціле число, що відповідає кількості наборів даних для аналізу.

-p (Або --пар) [] Використовуйте початкове дерево мінімальної економії. Цей варіант враховано
коли параметр '-u' відсутня і коли потрібно внести зміни в топологію дерева.

-b (Або -- bootstrap) Int

Int > 0: int – кількість повторів завантаження.

Int = 0: ні приблизний тест відношення правдоподібності, ні значення початкового завантаження
обчислений.

Int = -1: приблизний тест коефіцієнта вірогідності, який повертає статистику aLRT.

Int = -2: приблизний тест відношення правдоподібності, що повертає параметричну гілку на основі Chi2
підтримує

Int = -4: (за замовчуванням) SH-подібна гілка підтримує окремо.

-m (Або --модель) модель

model : назва моделі заміни. - Нуклеотидмоделі на основі: HKY85 (за замовчуванням) |
JC69 | K80 | F81 | F84 | TN93 | GTR | виготовлений на замовлення (для спеціального параметра рядок
шість цифр ідентифікують модель. Наприклад, 000000)

відповідає F81 (або JC69 за умови розподілу нуклеотидних частот
уніформа). 012345 відповідає GTR. Цей параметр можна використовувати для кодування будь-якого
модель, яка є вкладеною в GTR.

- Амінокислота моделі на основі: LG (за замовчуванням) | WAG | JTT | MtREV | Dayhoff | DCMut |
RtREV | CpREV | VT Blosum62 | МтМам | MtArt | ВІЛw | ВІЛb | виготовлений на замовлення

--aa_rate_file ім'я файлу

ім'я файлу – ім’я файлу, який забезпечує швидкість заміни амінокислот
матриця у форматі PAML. Використовувати цю опцію під час аналізу аміногрупи потрібно обов’язково
кислотні послідовності за допомогою "користувацької" моделі.

-f e, mабо fA,fC,fG,fT

e : частоти символів визначаються таким чином:

- Нуклеотидні послідовності: (Емпірично) оцінюються рівноважні базові частоти
підраховуючи наявність різних основ у вирівнюванні.

- Амінокислотні послідовності: (Емпіричний) рівноважні частоти амінокислот є
оцінюється шляхом підрахунку кількості різних амінокислот у вирівнюванні.

m : частоти символів визначаються таким чином:

- Нуклеотидні послідовності: (ML) рівноважні базові частоти оцінюються за допомогою
максимальна ймовірність

- Амінокислотні послідовності: (модель) рівноважні частоти амінокислот є
оцінюється з використанням частот, визначених моделлю заміщення.

"fA,fC,fG,fT" : дійсний лише для моделей на основі нуклеотидів. fA, fC, fG і fT є
плаваючі числа, які відповідають частотам A, C, G і T відповідно
(ПОПЕРЕДЖЕННЯ: не використовуйте пробіли між значеннями нуклеотидних частот,
тільки коми!)

-t (Або --ц/TV) ts/tv_ratio

ts/tv_ratio : коефіцієнт переходу/перетворення. Тільки послідовності ДНК. Може бути фіксованим
додатне значення (наприклад: 4.0) або e, щоб отримати оцінку максимальної ймовірності.

-v (Або --pinv) prop_invar

prop_invar: частка незмінних сайтів. Може бути фіксованим значенням у [0,1]
діапазон або e, щоб отримати оцінку максимальної ймовірності.

-c (Або --класи) nb_subst_cat

nb_subst_cat : кількість категорій відносної швидкості заміщення. За замовчуванням:
nb_subst_cat=4. Має бути додатним цілим числом.

-a (Або --альфа) гамма

гамма : розподіл параметра форми гамма-розподілу. Може бути фіксованим
позитивне значення або e щоб отримати оцінку максимальної ймовірності.

-s (Або -- пошук) рухатися

Опція пошуку по дереву топології. Може бути і те, і інше Нні (за замовчуванням, швидко) або SPR (a
трохи повільніше, ніж NNI) або КРАЩЕ (найкращий пошук NNI та SPR).

-u (Або --дерево введення) файл_дерева користувача

файл_дерева користувача : ім'я файлу початкового дерева. Дерево має бути у форматі Newick.

-o Титули

Цей параметр фокусується на оптимізації конкретних параметрів.

Титули=tlr : топологія дерева (t), довжина гілки (l) і параметри швидкості (r) є
оптимізовано.

Титули=tl : топологія дерева та довжина гілки оптимізовані.

Титули=lr : параметри довжини гілки та швидкості оптимізовані.

Титули=l : довжина гілок оптимізована.

Титули=r : параметри ставки оптимізовані.

Титули=n : жоден параметр не оптимізовано.

--rand_start

Цей параметр встановлює початкове дерево як випадкове. Це дійсне лише за умови пошуку SPR
для виконання.

--n_rand_starts Num

Num – кількість початкових випадкових дерев, які будуть використані. Це дійсне лише за умови SPR
мають бути проведені пошуки.

--r_seed Num

Num – це початкове значення, яке використовується для ініціювання генератора випадкових чисел. Має бути ціле число.

--print_site_lnl

Надрукуйте ймовірність для кожного сайту у файлі *_phyml_lk.txt.

--print_trace

Роздрукуйте кожен phyLOGeny, досліджений під час процесу пошуку дерева, у файлі
*_phyml_trace.txt.

--ідентифікатор_запуску ID_рядок

Додайте рядок ID_рядок в кінці кожного вихідного файлу PhyML. Цей варіант може
бути корисним при запуску моделювання з використанням PhyML.

--спокійно

Без інтерактивних запитань (для роботи в пакетному режимі) і тихий вихід.

--no_memory_check

Немає інтерактивного запитання щодо використання пам’яті (для роботи в пакетному режимі). Нормальний вихід
інакше.

--alias_subpatt

Псевдонім сайту узагальнено на рівні піддерева. Іноді призводять до швидше
розрахунки. Див. Косаковський ставок С. Л., Муза С. В., Sytematic Biology (2004) для ан
приклад.

--boot_progress_display Num (за замовчуванням=20)

Num частота, з якою буде оновлюватися індикатор процесу завантаження. Повинно бути
ціле число.

ФІЛІПОВІДНИЙ ІНТЕРФЕЙС

Ви також можете використовувати PhyML без аргументів, у цьому випадку змініть значення параметра на
введіть відповідний символ, як показано на екрані.

ПРИКЛАДИ

Файл послідовності з чергуванням ДНК, параметри за замовчуванням:

фім -i seqs1

Файл послідовності з чергуванням AA, параметри за замовчуванням:

фім -i seqs2 -d aa

Файл послідовної послідовності AA з налаштуванням:

фім -i seqs3 -q -d aa -m JTT -c 4 -a e

Використовуйте phyml онлайн за допомогою служб onworks.net