prof - Онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

prof - вторинна структура та предиктор доступності розчинника

СИНТАКСИС

проф. [INPUTFILE+] [ПАРАЦІЇ]

ОПИС

Вторинна структура прогнозується системою рейтингу нейронних мереж за очікуваним
середня точність > 72% для трьох станів спіралі, ланцюга та петлі (Рост і Сандер, PNAS,
1993, 90, 7558-7562; Rost & Sander, JMB, 1993, 232, 584-599; і Рост і Сандер,
Білки, 1994 , 19, 55-72; оцінка точності). Оцінено на тому самому наборі даних,
PROFsec оцінюється на десять процентних пунктів вищою точністю в трьох станах, ніж методи, що використовуються
лише інформацію про одну послідовність і на більш ніж шість відсоткових пунктів вище, ніж,
наприклад, метод, що використовує інформацію про вирівнювання на основі статистичних даних (Левін, Паскарелла, Аргос і
Гарньє, прот. англ., 6, 849-54, 1993). Передбачення PHDsec мають три основні особливості:

1. Покращена точність завдяки еволюційній інформації від кількох вирівнювань послідовностей
2. покращений прогноз бета-ланцюга за допомогою збалансованої процедури навчання
3. більш точне прогнозування сегментів вторинної структури за допомогою багаторівневої системи

Доступність розчинника прогнозується за допомогою рейтингу методу нейронної мережі за кореляцією
коефіцієнт (співвідношення між експериментально спостережуваним і прогнозованим відносним розчинником
доступність) 0.54 перехресно підтверджено на наборі з 238 глобулярних білків (Rost & Sander,
Білки, 1994, 20, 216-226; оцінка точності). Вихід нейронної мережі
коди для 10 станів відносної доступності. Виражається в одиницях різниці
між передбаченням гомологічного моделювання (найкращий метод) і випадковим прогнозом (найгірший
PROFacc приблизно на 26 відсоткових пунктів перевершує аналогічну нейронну мережу
з використанням трьох вихідних станів (захований, проміжний, відкритий) без використання інформації з
кілька вирівнювань.

Трансмембранні спіралі в інтегральних мембранних білках передбачені системою нейронів
мережі. Недоліком мережевої системи є те, що часто бувають занадто довгі спіралі
передбачили. Вони вирізаються емпіричним фільтром. Остаточне передбачення (Рост та ін.,
Protein Science, 1995, 4, 521-533; оцінка точності) має очікуваний залишок
точність близько 95%. Кількість хибнопозитивних, тобто трансмембранних спіралей
прогнозований у глобулярних білках, становить близько 2%. Прогноз нейронної мережі
трансмембранні спіралі (PHDhtm) уточнюється за допомогою алгоритму динамічного програмування. Це
Метод дозволив правильно передбачити всі трансмембранні спіралі для 89% із 131
білки, що використовуються в тесті перехресної перевірки; понад 98% трансмембранних спіралей було
правильно спрогнозував. Вихід цього методу використовується для прогнозування топології, тобто
орієнтація N-терміну відносно мембрани. Очікувана точність
прогноз топології > 86%. Точність прогнозу вища за середню для еукаріотів
білків і нижче середнього для прокаріотів. PHDтопологія точніша за всі
інші методи, перевірені на ідентичних наборах даних.

Якщо немає параметра вихідного файлу (наприклад --fileRdb or --fileOut) надається формат RDB
вихід записується в ./INPUTFILENAME.prof де "prof" замінює розширення
вхідний файл. За відсутності розширення '.prof' додається до імені вхідного файлу.

Вихід формат
Формат RDB є самоанотованим, дивіться приклади виводів у /share/profphd/prof/exa.

Посилання

Рост Б. та Сандер К. (1994a). Поєднання еволюційної інформації та нейронних мереж для
спрогнозувати вторинну структуру білка. білки, 19(1), 55-72.
Рост Б. та Сандер К. (1994b). Збереження та прогноз доступності розчинників в
сімейства білків. білки, 20(3), 216-26.
Рост Б., Касадіо Р., Фаріселлі П. та Сандер К. (1995). Трансмембранні спіралі
прогнозується з точністю 95%. Білкова наука, 4(3), 521-33.

ВАРІАНТИ

Перегляньте кожне ключове слово, щоб отримати додаткову допомогу. Більшість із них, швидше за все, зламані.

альтернативні шаблони підключення (за замовчуванням=3)

3 прогнозувати sec + acc + htm

acc тільки передбачити доступність розчинника

або додати вирівнювання до "читабельних" вихідних файлів PROF

арка
архітектура системи (наприклад: SGI64|SGI5|SGI32|SUNMP|ALPHA)

ASCII
записати вихідний(і) файл(и) PROF "зчитується людиною"

кращий
PROF з найкращою точністю та найдовшим часом роботи

обидва
прогнозувати вторинну структуру та доступність розчинника

дані
дані= для виходу HTML: написані лише ті частини передбачень

відлагоджувати
зберігати більшість проміжних файлів, друкувати повідомлення про налагодження

dirWork
робочий каталог, за замовчуванням: тимчасовий каталог із File::Temp::tempdir. Має бути повністю
кваліфікований шлях.

Відома робота.

doEval
Оцінка DO для списку (лише для відомих структур і списків)

doFilterHssp
відфільтрувати вхідний файл HSSP (за винятком деяких пар)

doHtmfil
фільтруйте передбачення мембрани (за замовчуванням)

зроби це
Перевірте міцність передбачуваної спіралі мембрани (за замовчуванням)

doHtmref
Уточнюйте передбачення мембрани (за замовчуванням)

doHtmtop
Топологія мембранної спіралі DO (за замовчуванням)

dssp
конвертувати PROF у формат DSSP

Розширювати
розширити вставки під час перетворення виводу у формат MSF

швидко
PROF з найнижчою точністю та найвищою швидкістю

fileCasp
назва виводу PROF у форматі CASP (file.caspProf)

fileDssp
назва виводу PROF у форматі DSSP (file.dsspProf)

fileHtml
назва виводу PROF у форматі HTML (file.htmlProf)

файл Msf
назва виводу PROF у форматі MSF (file.msfProf)

fileNotHtm
назва файлу, що позначає, що мембранна спіраль не знайдена

fileOut
назва виводу PROF у форматі RDB (file.rdbProf)

Відома робота.

файлПроф
назва виводу PROF у форматі, зрозумілому людині (file.prof)

Зламаний.

fileRdb
назва виводу PROF у форматі RDB (file.rdbProf)

Відома робота.

fileSaf
назва виводу PROF у форматі SAF (file.safProf)

фільтрувати
відфільтрувати вхідний файл HSSP (за винятком деяких пар)

добре
PROF з хорошою точністю та середньою швидкістю

графік
додати графік ASCII до "читабельного" вихідного файлу(ів) PROF

htm використання: 'htm= ' дає мінімальну виявлену трансмембранну спіраль за замовчуванням - 'htm=0'
(відповідно htm=0.8) менше число, більше хибнопозитивних результатів і менше помилкових негативів!

аргумент html
'hmtl' або 'html= ' написати HTML формат передбачення 'html' призведе до
те, що вихід PROF перетворюється на HTML, 'html=body' обмежує файл HTML до
Частина тегу HTML_BODY 'html=head' обмежує файл HTML частиною тегу HTML_HEADER
'html=all' дає і HEADER, і BODY

keepConv
зберегти перетворення вхідного файлу у формат HSSP

аргумент keepFilter
<*|doKeepFilter=1> зберегти відфільтрований файл HSSP

аргумент keepHssp
<*|doKeepHssp=1> зберегти проміжний файл HSSP

аргумент keepNetDb
<*|doKeepNetDb=1> зберегти проміжний файл(и) DbNet

аргумент списку
<*|isList=1> вхідний файл – це список файлів

msf конвертувати PROF у формат MSF

приємно
дайте 'nice-D', щоб встановити приємне значення (пріоритет) завдання

noProfHead
НЕ копіювати файл з таблицями в локальний каталог

noSearch
скорочення для doSearchFile=0, тобто без пошуку файлів БД

noascii
придушення запису ASCII (тобто читабельних) файлів результатів

nohtml
придушення запису файлів результатів HTML

некрасиво
робота не буде приємною, тобто не виконуватися з нижчим пріоритетом

notEval
НЕ перевіряйте точність, навіть якщо відомі конструкції

notHtmfil
НЕ фільтруйте передбачення мембрани

notHtmisit
НЕ перевіряйте, чи достатньо міцна спіраль мембрани

notHtmref
НЕ уточнюйте мембранний прогноз

notHtmtop
НЕ використовуйте топологію мембранної спіралі

nresPerLineAli
Кількість символів, що використовуються для файлу MSF. За замовчуванням: 50.

numresМін
Мінімальна кількість залишків для запуску мережі, інакше prd=symbolPrdShort. За замовчуванням: 9.

optJury
Додає доктора філософії до складу журі. За замовчуванням: `normal, usePHD'.

Багато інших параметрів змінюють значення за замовчуванням для цього як побічний ефект, список є
не вичерпний:

phd, nophd, /^para(3|Both|Sec|Acc|Htm|CapH|CapE|CapHE)/, /^para?/, jct

para3
Файл параметрів для sec+acc+htm. За замовчуванням: ` /net/PROFboth_best.par'.

paraAcc
Файл параметрів для узгод. За замовчуванням: ` /net/PROFacc_best.par'.

paraBoth
Файл параметрів для sec+acc. За замовчуванням: ` /net/PROFboth_best.par'.

paraSec
Файл параметрів на сек. За замовчуванням: ` /net/PROFsec_best.par'.

riSubAcc
Мінімальний індекс надійності (RI) для підмножини PROFacc. За замовчуванням: 4.

riSubSec
Мінімальний індекс надійності (RI) для підмножини PROFsec. За замовчуванням: 5.

riSubSym
Символ для залишків, передбачених з RI < riSubSec/Acc. За замовчуванням: `.'.

с_к_і_п
проблеми, посібник, підказки, позначення, txt, відомо, ГОТОВО, Дата, дата, aa, Lhssp, numaa,
код

saf конвертувати PROF у формат SAF

scrAddHelp
scrGoal
комутація нейронної мережі

scrHelpTxt
Приймаються формати вхідних файлів:
hssp,dssp,msf,saf,fastamul,pirmul,fasta,pir,gcg,swiss

scrIn
list_of_files (або один файл) parameter_file

scrName
професор

scrNarg
2

sec передбачити лише вторинну структуру

тихий
на екран не записується інформація - це значення за замовчуванням

пропуститиВідсутня
не переривайте, якщо вхідний файл відсутній!

вихідний файл
професор

тест
це просто тест (швидше)

translate-jobid-in-param-values
Рядок "jobid" замінюється на $par{jobid}

tst швидке виконання програми, низька точність

користувач
ім'я користувача

-- версія
Версія для друку

Використовуйте prof онлайн за допомогою служб onworks.net