Це команда qualityScores, яку можна запустити у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
qualityScores - компонент набору subread
ВИКОРИСТАННЯ
QualityScores [параметри] -i -o
Необхідні аргументи:
-i
Назва вхідного файлу, включно з прочитаними даними. Стандартним форматом є Fastq.
-o
Ім’я вихідного файлу, який є текстовим файлом, що містить бали Phred для кожної бази зчитування.
Необов’язкові аргументи:
--gzFASTQinput Вхідний файл має формат gzip Fastq.
--BAminput
Вхідний файл має формат BAM.
--SAInput
Вхідний файл має формат SAM.
--перший кінець
Використовуйте лише перші зчитування в парних даних. Застосовується лише для спареного кінця BAM/SAM
Вхід
--другий кінець
Використовуйте лише друге зчитування в даних парного кінця. Застосовується лише для спареного кінця BAM/SAM
Вхід
--counted-reads Загальна кількість читань, які потрібно витягти з вхідних даних
файл. 10,000 XNUMX за замовчуванням.
--phred-offset посилається на вирівнювач підчитання.
Використовуйте QualityScores онлайн за допомогою сервісів onworks.net
