Це команда ugene, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
УГЕН - інтегрований комплекс біоінформатики
СИНТАКСИС
ugene -уй
ugene [ВАРІАНТИ]
ОПИС
УГЕН є міжплатформним середовищем для аналізу послідовності ДНК і білків. УГЕН
інтегрує найпопулярніші обчислювальні алгоритми біоінформатики та забезпечує обидва графічний інтерфейс
і інтерфейс командного рядка для виконання комплексного аналізу геномних даних.
Основні особливості УГЕН:
* Перегляд та аналіз анотованих послідовностей ДНК або білків
* Візуалізація та редагування хроматограм
* Інтегрований засіб 3D-перегляду файлів у форматах PDB та MMDB
* Інтегрована підтримка пошукових запитів до баз даних NCBI
* Вирівнювання кількох послідовностей за допомогою MUSCLE3, MUSCLE4 та KAlign
* Створення і пошук профілів HMM на основі джерела HMMER2 і HMMER3
* Сучасні алгоритми прогнозування вторинної структури білків на основі GORIV і PsiPred
* Філогенетичний аналіз за допомогою Phylip
* Розробка праймерів для ПЛР за допомогою пакета Primer3
* Клонування in silico
* Пошук сайтів зв’язування фактора транскрипції в послідовностях ДНК за допомогою SITECON
* Пошук рестрикційних ферментів та інтеграція з REBASE
* Пошук прямих та інвертованих повторів
* Еталонна збірка ДНК за допомогою краватки-метелика
* Зворотний переклад білків
* Пошук ORF
* Конструктор для складних обчислювальних процесів і запитів
УГЕН має модульну структуру і майже вся його функціональність міститься в плагінах.
Внутрішньо УГЕН розроблено з підтримкою паралелізму для отримання прибутку від використання
багатоядерні комп’ютери. Кожне обчислювальне завдання в УГЕН виконується у фоновому режимі та виконується
не блокувати взаємодію користувача з графічним інтерфейсом.
ВАРІАНТИ
-уй запустити версію GUI УГЕН
--допомога надрукуйте повідомлення про використання, яке коротко підсумовує всі параметри командного рядка та програму
версії, а потім вийдіть.
--ліцензія
дамп інформації про ліцензію
--завдання= or schema-name> [параметри схеми]
запустити задану схему робочого процесу
--приховати панель стану
не показувати рядок стану завдання
--ini-файл=
завантажте файл налаштувань UGENE
--log-no-show-level
не показувати рівень повідомлення в журналі
--log-no-show-date
не показувати інформацію про дату та час у журналі
--log-no-show-category
не показувати категорію повідомлення в журналі
--трасування рівня журналу
показувати повідомлення журналу трасування
--log-level-none
не показувати повідомлення журналу
--log-level-info
показати повідомлення про помилки та інформаційний журнал (за замовчуванням)
--помилка рівня журналу
показувати лише повідомлення журналу помилок
--подробиці рівня журналу
показати докладні повідомлення журналу
--log-color-output
кольорові вихідні повідомлення
--task-remote-machine=
виконувати надані завдання на даній віддаленій машині
--ugene-залишитися-живий
не припиняйте ugene після виконання поставлених завдань
--transl=
завантажити переклади вказаною мовою. Мова вказується як двобуквений ISO
639 код мови
КОМАНДИ
УГЕН має команди для найбільш значущих функцій. Команди можна виконувати як
ugene [команда-аргументи]
ugene --завдання= [команда-аргументи]
Перегляньте довідку для кожної запущеної команди ugene --допомога= .
Список доступних команд можна скинути за допомогою ugene --допомога.
Використовуйте ugene онлайн за допомогою служб onworks.net
