Це команда vcf-query, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks, використовуючи одну з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн- емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
vcf-query - запит на файли VCF
СИНТАКСИС
запит-vcf [ВАРІАНТИ] файл.vcf.gz
ВАРІАНТИ
-c, --стовпці
Список назв стовпців, розділених комами.
-f, --формат
За замовчуванням є "%CHROM:%POS\t%REF[\t%SAMPLE=%GT]\n"
-l, --список-стовпці
Список стовпців.
-r, --регіон chr:від-до
Отримати регіон. (Запускає tabix.)
-h, -?, --допомога
Це довідкове повідомлення.
ПРИКЛАДИ
файл query-vcf.vcf.gz 1:1000-2000 -c NA001, NA002, NA003 query-vcf file.vcf.gz -r
1: 1000-2000 -f '%CHROM:%POS\t%REF[\t%SAMPLE:%*=,]\n' query-vcf file.vcf.gz -f
'[%GT\t]%LINE\n' query-vcf file.vcf.gz -f '%CHROM\t%POS\t%INFO/DP\t%FILTER\n'
Використовуйте vcf-query онлайн за допомогою служб onworks.net
