Це команда WigeoN, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
wigeon - повторна реалізація утиліти для виявлення аномалій ДНК Pintail 16S
ОПИС
WigeoN досліджує збереження послідовності між запитом і довіреним посиланням
послідовність, обидва у форматі вирівнювання NAST. На основі ідентичності послідовності між запитом
і еталонної послідовності, існує очікувана кількість варіацій між вирівнюванням.
Якщо спостережувана варіація перевищує 95% квантиль розподілу
спостерігається варіація між неаномальними послідовностями, то вона позначається як аномалія.
WigeoN — це гнучка перереалізація алгоритму Pintail Appl на основі командного рядка
Environ Microbiol. 2005 грудень;7112:7724-36.
WigeoN корисний для позначення химер і аномалій лише в майже повній 16S рРНК
послідовності. WigeoN не має чутливості з послідовностями менше 1000 bp.
Щоб запустити WigeoN, вам потрібні послідовності у форматі NAST, згенеровані утилітою nast-ier.
WigeoN є частиною пакету microbiomeutil.
ВАРІАНТИ
Вимагається:
--query_NAST
мультишвидкісний файл, що містить послідовності запитів у форматі вирівнювання
Додатково:
--db_NAST
db у форматі NAST
--db_FASTA
db у форматі fasta (відформатований megablast)
--num_top_hits
за замовчуванням 1: використовується тільки найкращий збіг.
-- сюжет
--ВІДЛАГОДЖУВАТИ
--exec_dir
cd до exec_dir перед запуском
Використовуйте WigeoN онлайн за допомогою служб onworks.net
