xml2dsr - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

xml2dsr - Перетворення файлу DICOM SR і набору даних у XML

СИНТАКСИС

xml2dsr [параметри] xmlfile-in dsrfile-out

ОПИС

Команда xml2dsr утиліта перетворює вміст документа XML (Extensible Markup Language).
у формат DICOM Structured Reporting (SR) (формат файлу або набір необроблених даних). Схема XML
dsr2xml.xsd ще не відповідає жодному стандартному формату. Однак, xml2dsr додатку
може бути покращено в цьому аспекті в майбутньому (наприклад, підтримуючи HL7/CDA - Clinical
Архітектура документа).

Відповідний файл XML можна створити за допомогою dsr2xml інструмент (опція +Xn рекомендується
додати декларацію простору імен XML до кореневого елемента).

ПАРАМЕТРИ

xmlfile-in ім'я вхідного файлу XML, яке потрібно перетворити (стандартний номер: "-")

dsrfile-out Ім'я вихідного файлу DICOM SR

ВАРІАНТИ

загальний опції
-h --допомога
роздрукувати цей текст довідки та вийти

-- версія
роздрукувати інформацію про версію та вийти

-- аргументи
друкувати розширені аргументи командного рядка

-q -- тихо
тихий режим, друк без попереджень і помилок

-v -- багатослівний
докладний режим, деталі обробки друку

-d --налагодження
режим налагодження, друк налагоджувальної інформації

-ll --log-level [l]рівень: рядкова константа
(фатальна, помилка, попередження, інформація, налагодження, відстеження)
використовуйте рівень l для реєстратора

-lc --log-config [f]ім'я файлу: рядок
використовуйте файл конфігурації f для реєстратора

вхід опції
кодування:

+Ee --шаблон-конверт
елемент шаблону містить елементи вмісту

обробка опції
перевірка:

+Vs --схема перевірки
перевірити XML-документ у порівнянні зі схемою
(не з --template-envelope)

# вимагає компіляції libxml з підтримкою XML-схеми

+Vn --check-namespace
перевірте простір імен XML у корені документа

унікальні ідентифікатори:

+Ug --generate-new-uids
створити новий UID екземпляра дослідження/серії/SOP

-Uo --dont-overwrite-uids
не перезаписувати існуючі UID (за замовчуванням)

+Uo --overwrite-uids
перезаписати існуючі UID

вихід опції
формат вихідного файлу:

+F --записати-файл
формат запису файлу (за замовчуванням)

-F --запис-набір даних
записувати набір даних без метаінформації файлу

Синтаксис передачі вихідних даних:

+t= --write-xfer-same
записувати з тим же TS, що і вхідні дані (за замовчуванням)

+te --write-xfer-little
писати з явним VR з малим байтом TS

+tb --write-xfer-big
писати з явним VR великим байтом TS

+ti --write-xfer-implicit
писати з неявним VR з малим байтом TS

+td --write-xfer-deflated
писати з дефлюованим явним VR з малим байтом TS

представлення цінностей після 1993 року:

+u --enable-new-vr
увімкнути підтримку нових VR (UN/UT) (за замовчуванням)

-u --вимкнути-новий-vr
вимкнути підтримку нових VR, конвертувати в OB

кодування довжини групи:

+g= --перерахунок довжини групи
перерахувати довжину груп, якщо є (за замовчуванням)

+g --створювати довжину групи
завжди пишіть з елементами довжини групи

-g --довжина-групи-видалити
завжди пишіть без елементів довжини групи

кодування довжини в послідовностях і елементах:

+e --довжина-явна
писати з явною довжиною (за замовчуванням)

-e --довжина-невизначена
писати з невизначеною довжиною

Завершення набору даних (не з --write-dataset):

-p= --padding-retain
не змінювати заповнення (за замовчуванням, якщо ні --write-dataset)

-p --adding-off
без заповнення (неявно якщо --write-dataset)

+p --padding-create [f]ile-pad [i]tem-pad: ціле
вирівняти файл за кількістю f байтів
і елементи на кілька байтів i

знизити рівень стиснення (тільки з --write-xfer-deflated):

+cl --compression-level [l]evel: ціле (за замовчуванням: 6)
0 = нестиснутий, 1 = найшвидший, 9 = найкраще стиснення

ПРИМІТКИ

DICOM Відповідність
Команда xml2dsr утиліта підтримує такі класи SOP:

SpectaclePrescriptionReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
MacularGridThicknessAndVolumeReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
BasicTextSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
Enhanced SRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
ComprehensiveSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
Comprehensive3DSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ProcedureLogStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
MamographyCADSRS Storage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
ChestCADSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRayRadiationDoseSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
RadiopharmaceuticalRadiationDoseSRSstorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
ImplantationPlanSRDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

Зверніть увагу, що наразі підтримуються лише обов’язкові та деякі додаткові атрибути.

Характер кодування
Кодування символів DICOM визначається автоматично з елемента з тегом
"0008,0005" (спеціальний набір символів) - якщо є. Наступні набори символів
наразі підтримується (потрібно libxml включити iconv підтримувати, див -- версія вихід):

ASCII (ISO_IR 6) (UTF-8)
UTF-8 "ISO_IR 192" (UTF-8)
ISO Latin 1 "ISO_IR 100" (ISO-8859-1)
ISO Latin 2 "ISO_IR 101" (ISO-8859-2)
ISO Latin 3 "ISO_IR 109" (ISO-8859-3)
ISO Latin 4 "ISO_IR 110" (ISO-8859-4)
ISO Latin 5 "ISO_IR 148" (ISO-8859-9)
Кирилиця "ISO_IR 144" (ISO-8859-5)
арабська "ISO_IR 127" (ISO-8859-6)
грецький "ISO_IR 126" (ISO-8859-7)
Іврит "ISO_IR 138" (ISO-8859-8)

Кілька наборів символів не підтримуються (лише перше значення параметра "Конкретний символ
Set' використовується для кодування символів у разі кратності значень).

компресія
Якщо libxml скомпільовано з підтримкою zlib, вхідний файл (xmfile-in) також може бути
стиснутий за допомогою ZIP, що зазвичай призводить до значно менших файлів. Дивіться вихід параметра
-- версія щоб перевірити, чи доступна підтримка zlib.

Недоліки
Схема XML dsr2xml.xsd не підтримує всі варіанти dsr2xml вихідний формат.
Однак вихідний формат за замовчуванням (опція плюс --use-xml-простір імен) має працювати.

Здається, що різні версії libxml мають різні обмеження для максимальної довжини файлу
Значення елемента XML. Тому слід уникати використання дуже довгих значень елементів. А
Типове обмеження для libxml версії 2.7.3 (і вище) становить 10 МБ для значення одного елемента.

ВХІД

Рівень виводу журналу різних інструментів командного рядка та базових бібліотек може
вказується користувачем. За замовчуванням до стандарту записуються лише помилки та попередження
потік помилок. Використання опції -багатослівний також інформаційні повідомлення, як-от деталі обробки
повідомляється. Варіант --відлагоджувати можна використовувати для отримання більш детальної інформації про внутрішню діяльність,
наприклад, для налагодження. Інші рівні реєстрації можна вибрати за допомогою параметра --log-
рівень, в --спокійно режим повідомляється лише про смертельні помилки. У таких дуже серйозних помилках,
програма зазвичай припиняється. Щоб отримати докладнішу інформацію про різні рівні реєстрації,
див. документацію модуля 'oflog'.

У випадку, якщо вихідні дані журналу потрібно записати у файл (за бажанням з ротацією файлу журналу),
у системний журнал (Unix) або в журнал подій (Windows). --log-config може бути використаний. Це
конфігураційний файл також дозволяє направляти лише певні повідомлення на певний вихід
потоку та для фільтрації певних повідомлень на основі модуля чи програми, де вони
генеруються. Приклад файлу конфігурації наведено в /logger.cfg.

КОМАНДА ЛІНІЯ

Усі інструменти командного рядка використовують такі позначення параметрів: квадратні дужки
необов’язкові значення (0-1), три крапки в кінці вказують на те, що можна використовувати декілька значень
(1-n), комбінація обох означає від 0 до n значень.

Параметри командного рядка відрізняються від параметрів провідним знаком «+» або «-»,
відповідно. Зазвичай порядок і положення параметрів командного рядка довільні (тобто вони
може з'явитися де завгодно). Однак, якщо варіанти взаємовиключні, крайній правий зовнішній вигляд
використовується. Така поведінка відповідає стандартним правилам оцінки звичайних оболонок Unix.

Крім того, один або кілька командних файлів можна вказати, використовуючи знак «@» як префікс до
ім'я файлу (напр @command.txt). Такий аргумент команди замінюється вмістом
відповідний текстовий файл (кілька пробілів розглядаються як один роздільник, якщо
вони з’являються між двома лапками) перед будь-яким подальшим оцінюванням. Будь ласка, зверніть увагу, що
командний файл не може містити інший командний файл. Це простий, але ефективний підхід
дозволяє узагальнити загальні комбінації параметрів/параметрів і уникає довгих і
заплутані командні рядки (приклад наведено у файлі /dumppat.txt).

НАВКОЛИШНЄ СЕРЕДОВИЩЕ

Команда xml2dsr утиліта спробує завантажити словники даних DICOM, зазначені в
DCMDICTPATH змінна середовища. За замовчуванням, тобто якщо DCMDICTPATH змінна оточення
не встановлено, файл /dicom.dic буде завантажено, якщо словник не буде створено
в програму (за замовчуванням для Windows).

Слід віддавати перевагу поведінці за замовчуванням та DCMDICTPATH тільки змінна середовища
використовується, коли потрібні альтернативні словники даних. The DCMDICTPATH змінна оточення
має той самий формат, що й оболонка Unix PATH змінна, що розділяється двокрапкою (':').
записи. У системах Windows крапка з комою (';') використовується як роздільник. Словник даних
код спробує завантажити кожен файл, зазначений у файлі DCMDICTPATH змінна середовища. Це
є помилкою, якщо не вдається завантажити словник даних.

Використовуйте xml2dsr онлайн за допомогою служб onworks.net