Це програма для Linux під назвою AMBIENT для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як ambient-1.3.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою AMBIENT, щоб безкоштовно запускати в Linux онлайн з OnWorks.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
AMBIENT для запуску в Linux онлайн
Ad
ОПИС
ВАЖЛИВО: Після публікації методу AMBIENT у BMC Sys Bio було зроблено кілька оновлень. Якщо ви бажаєте використовувати версію, використану в статті, це v0.6.3, однак я рекомендую використовувати останню версію, яка працює так само, але з додатковими параметрами та має покращення стабільності та продуктивності. Дякуємо за інтерес!AMBIENT (Active Modules for Bipartite Networks) — це модуль Python, який використовує імітований відпал для пошуку ділянок метаболічної мережі (модулів), які мають певні узгоджені характеристики. AMBIENT не вимагає заздалегідь визначених шляхів і дає дуже конкретні прогнози уражених областей метаболізму.
Наприклад, оцінки реакцій, засновані на даних транскрипції їх анотованих кодуючих генів, можна використовувати в мережі і можна знайти модулі скоординованих змін експресії. Це забезпечує альтернативу аналізу збагачення шляху/набору генів, який одночасно є більш гнучким і більш специфічним.
Аудиторія
Наука/Дослідження
Мова програмування
Python
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/ambient-bio/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
