Це програма Linux під назвою CIMS для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як CIMS.v1.0.5.tgz. Його можна запустити онлайн у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою CIMS для запуску в Linux онлайн з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
CIMS для роботи в Linux онлайн
ОПИС
Цей пакет містить сценарії для виявлення статистично відтворюваних сайтів мутації, індукованих перехресними зв’язками (CIMS) і сайтів, індукованих перехресними зв’язками (CITS) з даних HITS-CLIP.Список використаної літератури:
Мур М.*, Чжан С.*, Гантман ЕК, Меле А., Дарнелл Дж. К., Дарнелл, РБ 2014. Картування взаємодії аргонавта та звичайних РНК-зв'язуючих білків з РНК при роздільній здатності одного нуклеотиду за допомогою HITS-CLIP та аналіз CIMS. Nat Protocols, 9:263-293.
Zhang, C.†, Darnell, RB† 2011. Картування in vivo взаємодій протеїн-РНК при роздільній здатності одного нуклеотиду за даними HITS-CLIP. Нац. Біотехніка. 29:607-614.
Функції
- Відображення необроблених читань CLIP на еталонний геном (за допомогою novoalign)
- Згортання ПЛР-дублікатів з різними моделями залежно від наявності випадкових штрих-кодів
- Кластерні теги CLIP для ідентифікації кластерів і визначення висоти піків
- Відстеження мутацій (вставки, видалення та заміни) в унікальних тегах CLIP
- Визначення надійних сайтів мутації, індукованих перехресними зв’язками (CIMS)
- Визначення надійних сайтів, індукованих перехресними зв’язками (CITS) з BrdU-CLIP, iCLIP або інших подібних варіантів
Аудиторія
Розширені кінцеві користувачі
Користувацький інтерфейс
Командний рядок
Мова програмування
Perl
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/ngs-cims/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
