Це програма для Linux під назвою CStone, останню версію якої можна завантажити як cstone.zip. Його можна запустити онлайн у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть цю програму під назвою CStone з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
CStone
ОПИС
CStone — це новий асемблер для даних RNA-Seq, який використовує графіки, схожі на де Брейна, і коментує кожен створений контиг одним із трьох рівнів класифікації графа, що вказує, чи можна гарантувати, що він не є химерним. Рівні класифікації залежать від складності сімейства генів, з якого походять зчитування. Як побічний продукт, це також дає уявлення про структурний склад основних сімейств генів, які були секвеновані. Подальша інформація буде доступна незабаром у нашій статті: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34813594/.
риси
- De novo збирання даних RNA-Seq.
- Ідентифікація нехимерних контигів.
- Кросплатформна сумісність.
- Доступний виконуваний файл jar.
- Зовнішні пакети не потрібні.
- Код простий у дотриманні та включений в інші інструменти.
- Інформація про складність базових сімейств генів.
- de Bruijn як (більш м'який) підхід.
Це програма, яку також можна завантажити з https://sourceforge.net/projects/cstone/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було найпростіше запускати онлайн з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
