Це програма для Linux під назвою EXCAVATOR-tool для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як EXCAVATOR_Package_v2.2.tgz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою EXCAVATOR-tool для безкоштовного запуску в Linux онлайн з OnWorks.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
EXCAVATOR-інструмент для запуску в Linux онлайн
ОПИС
УВАГА!!!!!УВАГА!!!!!УВАГА!!!!!УВАГА!!!!!Нещодавно ми опублікували на BMC Genomics новий пакет програмного забезпечення під назвою XCAVATOR для ідентифікації CNV/CNAs з коротких і довгих експериментів із секвенування всього геному (https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4137-0).
XCAVATOR є у вільному доступі за адресою http://sourceforge.net/projects/xcavator/.
EXCAVATOR — це новий пакет програмного забезпечення для виявлення варіантів кількості копій (CNV) за даними секвенування цілого екзома.
EXCAVATOR опубліковано в Genome Biology (http://genomebiology.com/2013/14/10/R120/abstract).
#####################
УВАГА!!!!! Щоб належним чином використовувати інструмент EXCAVATOR, користувачі повинні завантажити файли зіставлення uniqueome за наступним посиланням:
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg19_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz (для hg19)
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg18_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz
риси
- Секвенування наступного покоління
- Варіанти номерів копій
- Повне секвенування екзома
Мова програмування
Perl
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/excavatortool/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.