Це програма для Linux під назвою FusionCatcher, останню версію якої можна завантажити як fusioncatcher_v1.33.zip. Його можна запустити онлайн у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть цю програму під назвою FusionCatcher з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
FusionCatcher
Ad
ОПИС
FusionCatcher шукає нові/відомі соматичні злиті гени, транслокації та химери в даних RNA-seq (зчитування парних кінців з платформ Illumina NGS, таких як Solexa та HiSeq) із хворих зразків.
Цілі FusionCatcher:
- дуже хороший рівень виявлення для пошуку кандидатів на злиті гени,
- дуже простий у використанні (тобто не потрібні апріорні знання баз даних і біоінформатики для запуску FusionCatcher),
- дуже добре виявлення складних злитих генів, як, наприклад, злиття IGH, злиття CIC, злиття DUX4, злиття CRLF2, злиття TCF3 тощо.
- бути максимально автоматичним (тобто FusionCatcher автоматично вибере найкращі параметри для пошуку кандидатів на злиті гени, наприклад, автоматичний пошук адаптерів, автоматичне створення з’єднань екзон-екзон на основі довжини вхідних зчитувань тощо) одночасно забезпечуючи найкращу можливу швидкість виявлення для пошуку злитих генів.
Аудиторія
Наука/Дослідження
Мова програмування
Python
Категорії
Це програма, яку також можна завантажити з https://sourceforge.net/projects/fusioncatcher/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було найпростіше запускати онлайн з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
