Це програма для Linux під назвою IPGWAS, останню версію якої можна завантажити як ipgwas3.0.5.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою IPGWAS з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
IPGWAS
ОПИС
Інтегрований конвеєр для загальногеномних асоціаційних дослідженьриси
- дослідження загальногеномних асоціацій (GWAS)
- контроль якості (qc)
- Манхеттенський сюжет і сюжет QQ
- Тест тренду Кокрана-Армітажа, тест асоціації
- об’єднати набір даних GWAS, розділити дані GWAS за хромосомою
- Перетворіть вихідний хі-квадрат EIGENSTRAT у значення p
- Перетворіть вихідні дані імпутації MACH у формат PED/MAP і формат SNPTEST
- Перетворіть файли PED/MAP у формат введення за замовчуванням PHASE та BEAGLE
- Конвертуйте файли PLINK і SNPTEST у формат GWAMA
- Калькулятор P-значення (тест хі-квадрат, тест тренду Кокрана-Армітаджа і точний тест Фішера)
- Змінити статус прихильності даних GWAS
- filt Суб'єкти даних GWAS за статусом прихильності (випадок/контроль) та/або статтю (чоловік/жінка)
- GUI для PLINK, тест співвідношення SNP
- фільтрувати однозначні значущі SNP
- eigPlot (побудова графіка результату eigenstrat)
- Перетворіть файли PED/MAP у формат введення за замовчуванням MACH та IMPUTE2
- Перетворіть вихідні дані IMPUTE2 у формат TPED/TFAM (PLINK).
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/ipgwas/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
