Це програма для Linux під назвою ISVASE, останню версію якої можна завантажити як ISVASE1.1.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою ISVASE з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
ISVASE
ОПИС
Щоб створити правильні зрілі мРНК, екзони повинні бути ідентифіковані та з’єднані разом точно й ефективно за допомогою механізму сплайсингу РНК. Слід зазначити, що приблизно одна третина або половина всіх хвороботворних мутацій впливають на сплайсингу РНК. Однак існує мало біоінформаційних інструментів для безпосереднього визначення варіантів послідовності, пов’язаних з подіями сплайсингу (SVASE), на основі даних RNA-seq. Ми розробили ISVASE, простий і зручний інструмент для ідентифікації SVASE безпосередньо за допомогою даних RNA-seq. У порівнянні з існуючим програмним забезпеченням PVAAS, наш метод має кілька переваг, таких як суворі фільтри, що залежать від правил і статистичні фільтри на кожному кроці, варіанти послідовності виявлення для відомих подій сплайсингу, варіанти послідовності ідентифікації в двох частинах з’єднання (з’єднання) окремо, зсув з’єднання виявлення події, якщо надати відому анотацію сплайсингу, оцінити сигнал сплайсингу, порівняти з відомою мутацією ДНК та/або даними редагування РНК та короткий час виконання.
риси
- Це перший інструмент для визначення варіанта послідовності, пов’язаного з подією сплайсингу, як для нових варіантів сплайсингу, так і для відомих варіантів сплайсингу.
- ISVASE спочатку визначає варіанти послідовності для кожного варіанту зрощення, а потім визначає варіанти послідовності для всіх пов’язаних варіантів з’єднання (той самий початок або кінець з’єднання) для порівняльного аналізу та статистичного тесту.
- ISVASE визначає та оцінює варіанти послідовності для обох частин з’єднання окремо, що може додатково розрізняти ефект варіантів послідовності для різних частин з’єднання.
- ISVASE на різних етапах застосовує кілька суворих фільтрів, що залежать від правил, і статистичних фільтрів.
- ISVASE розглядає події зсуву переходів і сигнали з’єднання (5' ss і 3' ss), щоб видалити помилкові варіанти зрощення.
- ISVASE може використовувати дані про мутацію ДНК та редагування РНК, надану користувачем, для визначення вихідного типу варіантів послідовності.
- ISVASE отримує фланкуючу послідовність варіантів послідовності для пошуку мотиву екзонічного сплайсингу.
- ISVASE може перетворити файл варіанту послідовності за замовчуванням у файл вхідного формату ANNOVAR для анотації варіантів.
- ISVASE використовує 8 малюнків, щоб показати характеристики варіантів послідовності, пов’язаних із подіями сплайсингу.
Аудиторія
Наука/Дослідження
Мова програмування
Perl
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/isvase/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
