Це програма для Linux під назвою MANTI.pl / muda.pl для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як muda.pl-v3.6.zip. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою MANTI.pl / muda.pl, щоб безкоштовно запускати в Linux онлайн з OnWorks.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
MANTI.pl / muda.pl для запуску в Linux онлайн
ОПИС
-------- УВАГА ПОЧАТОК: ПЕРІЙМЕНУВАННЯmuda.pl було перейменовано на MANTI.pl з версією 3.7, розвиток проекту можна відстежити на сторінці проекту MANTI на sourceforge.net. Старі версії залишаються тут для архівних цілей.
-------- КІНЕЦЬ УВАГИ
muda.pl — це сценарій оцінки (написаний на Perl) без великих залежностей.
Він об’єднує інформацію з 4 різних вихідних файлів MaxQuant у головний файл, який підходить для неотермінового аналізу білка. Центральним прив'язком для конгрегації даних є файл modificationSpecificPeptides.txt - додаткові дані виводяться з різних інших вихідних файлів із папки MaxQuant txt, але відправною точкою для збірки даних є виключно файл modificationSpecificPeptides.txt. Можливо, також корисно для цілей звичайної протеоміки, але цей сценарій значно оптимізований для ідентифікації та перевірки неотермінів білка.
Для більш детального пояснення параметрів сценарію та стратегії оцінки, будь ласка, зверніться до великого посібника PDF.
Функції
- Оцінка даних MaxQuant
- Ідентифікація та перевірка білкових кінцівок
- Анотація та збірка даних UniProt
- Повторне відображення ідентифікованих термінів на ізоформи
- Інтеграція Limma, LOCALIZER і TopFINDer
- Ну документально
Аудиторія
Наука/Дослідження
Користувацький інтерфейс
Командний рядок
Мова програмування
Perl
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/muda/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
