Це програма для Linux під назвою MIPGen, останню версію якої можна завантажити як mipgen_v15.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою MIPGen з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
MIPGen
ОПИС
Генератор потенціалу молекулярної взаємодії
MIPGEN — це програма на Python, яка обчислюватиме сітки потенціалу молекулярної взаємодії
над даною молекулою, це може бути або білок, або невелика органічна сполука (лікарський засіб).
Вихідними будуть серії сіток у форматі DX (*.dx), які зможе користувач
для візуалізації за допомогою будь-якої програми молекулярної візуалізації, як-от VMD, PyMol, Chimera...
Для отримання додаткової інформації про залежності та використання, будь ласка, прочитайте Документацію.
Користувачі можуть опублікувати будь-яку помилку або запит у меню ПОМИЛКИ ТА ЗАПИТИ. (потрібен обліковий запис Sourceforge).
риси
- Повністю автоматичне генерування MIP за допомогою простого файлу PDB.
- Відкритий вихідний код. Користувачі можуть долучитися до розширення зонди або покращення коду.
- Розрахувати потенціали молекулярної взаємодії на основі сітки над пептидами та іншими високомолекулярними системами (ймовірно, все ще повільно для великих систем)
- Обчисліть MIP для малих молекул
- Настроювані зонди. Вже впроваджено: гідрофобний, донорний H-зв'язок, акцептор H-зв'язку та електростатичні зонди.
- Автоматичне призначення типів атомів невеликим молекулам і білкам шляхом взаємодії з відкритим вихідним кодом Antechamber і tLeap з пакета AmbertTools (http://ambermd.org)
Аудиторія
Наука/дослідження, досвідчені кінцеві користувачі, розробники, кінцеві користувачі/комп’ютер
Користувацький інтерфейс
Консоль/Термінал
Мова програмування
Python
Середовище бази даних
SQLite
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/mipgen/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
