Це програма для Linux під назвою NGSEP, останню версію якої можна завантажити як NGSEPwindows_4.3.2.zip. Його можна запустити онлайн у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою NGSEP з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
NGSEP
ОПИС
NGSEP — це інтегрована структура для аналізу коротких і довгих зчитувань високопродуктивної послідовності ДНК. Поточна версія надає функції як для de-novo, так і для еталонного керованого аналізу даних секвенування, включаючи складання генома, зчитування карт, виявлення варіантів і генотипування, а також de-novo аналіз даних, отриманих за допомогою протоколів скороченого представлення. NGSEP також надає модулі для аналізу баз даних геномних варіацій (файлів VCF), включаючи функціональні анотації, фільтрацію, перетворення формату, порівняння, кластеризацію, імпутацію, аналіз інтрогресії та різні види статистики. Починаючи з версії 4, ми надаємо функціональні можливості для керування геномами та транскриптомами, включаючи вирівнювання генома та анотацію транспонованих елементів. Повний перелік функцій доступний у нашій вікі (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
ПЕРЕД ЗАВАНТАЖЕННЯМ: зелена кнопка спрямовує до jar для використання командного рядка. Перегляньте вікі для GUI та інших параметрів
риси
- Збірка геномів De-novo
- Вирівнювання необробленого зчитування з еталонним геномом
- Виявлення SNP, CNV та структурних варіантів
- Маніпулювання VCF: функціональні анотації, злиття, фільтрування, порівняння, перетворення форматів, імпутація
- Демультиплексування читання
- Вирівнювання анотованих збірок геному
- Статистика та фільтрація анптацій транскриптомів у форматі GFF3
Аудиторія
Промисловість охорони здоров'я, наука/дослідження, інша аудиторія, сільське господарство
Користувацький інтерфейс
Java SWT, консоль/термінал, Eclipse
Мова програмування
Java
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
