Це програма для Linux під назвою P3BSseq, останню версію якої можна завантажити як P3BSseq_v2.1.zip. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою P3BSseq з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
P3BSseq
ОПИС
Обробка бісульфітного секвенування (BSseq) є одним з найбільш громіздких застосувань для секвенування наступного покоління (NGS). Хоча деякі інструменти обробки BSseq доступні, вони розрізнені, вимагають загадкових параметрів і вимагають часу роботи та використання пам’яті. Ми розробили P3BSseq, паралельний конвеєр обробки для швидкого, точного й автоматичного аналізу зчитування BSseq, який обрізає, вирівнює, анотує, записує проміжні результати, виконує оцінку якості перетворення бісульфіту, створює метилом BED та файли звітів відповідно до стандартів NIH. P3BSseq перевершує відомі картографи BSseq щодо часу роботи та вимог до комп’ютерного обладнання. Ми оптимізували параметри P3BSseq як для спрямованих, так і для ненаправлених бібліотек, а також для одностороннього та парного зчитування всього геному та зменшеного представлення BSseq. P3BSseq — це зручне для користувача спрощене рішення для аналізу BSseq upstream, яке вимагає лише базових знань комп'ютера та NGS.
риси
- Обробка даних секвенування наступного покоління (NGS).
- Метиломічний аналіз ДНК
- Паралельна обробка
- Зменшене представлення бісульфітного секвенування (RRBS)
Аудиторія
Наука/Дослідження
Користувацький інтерфейс
Консоль/Термінал
Мова програмування
Python
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/p3bsseq/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
