Це програма для Linux під назвою Protospacer Workbench, останню версію якої можна завантажити як Protospacer_Workbench.MacOSX.64bit.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою Protospacer Workbench з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
Protospacer Workbench
ОПИС
Protospacer Workbench допомагає проектувати, аналізувати та спільно використовувати цільові сайти CRISPR для будь-якого організму або набору послідовностей у форматі FASTA.Розробка провідних РНК для системи редагування геному CRISPR/Cas інтуїтивно проста, але комп’ютерно складна. Основна складність виникає через необхідність ідентифікувати потенційні нецілі, які можуть значно відрізнятися від передбачуваної. Сучасні онлайн-інструменти для проектування Guide-RNA забезпечують зручний інтерфейс програмного забезпечення для відображення послідовності, такого як Bowtie або BLAST. Однак, хоча ці алгоритми відображення швидкі, вони не були розроблені з високою толерантністю до помилок, яка є важливою для визначення потенційних неціль. Там, де онлайн-інструменти виходять з ладу, офлайн-інструменти досягають успіху. Однак автономні інструменти вимагають знання командного рядка, яким володіють небагато, хто використовує CRISPR. Protospacer Workbench має на меті подолати розрив між онлайн- та офлайн-дизайном направляючої РНК. Наразі програмне забезпечення доступне для OS X і незабаром буде перенесено на інші операційні системи.
риси
- Швидко знайдіть усі доступні цілі CRISPR
- Ретельно оцініть конструкції направляючої РНК
- Поділіться цілями та списками керівних РНК
- Дизайн для будь-якого організму
- Керуйте кількома базами даних
- Покроковий процес роботи
- Отримайте звіти про очікувану продуктивність guide-RNA
- Використовуйте кілька інструментів сторонніх розробників з одного інтерфейсу
- Багатоцільовий дизайн
- Керуйте великими списками цільових/керівних РНК
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/protospacerwb/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
