Це програма для Linux під назвою SnowyOwl, останню версію якої можна завантажити як SnowyOwl-2.0.3.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою SnowyOwl з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
Снігова Сова
ОПИС
SnowyOwl — це конвеєр прогнозування генів, який використовує дані RNA-Seq для навчання та надання підказок для створення прогнозів генів на основі прихованої моделі Маркова (HMM), а також для оцінки отриманих моделей. Конвеєр був перевірений і оптимізований шляхом порівняння його прогнозів з моделями генів, вибраних вручну в трьох геномах грибів, і його результати показують значне підвищення чутливості та вибірковості порівняно з попередніми прогнозами генів. Чутливість досягається шляхом багаторазового запуску предиктора гена HMM Augustus з різними вхідними параметрами, а селективність – шляхом вибору моделей з найкращою гомологією до відомих білків і найкращою відповідністю з даними RNA-Seq. SnowyOwl успішно передбачила гени в 26 нових геномах грибів.
Трубопровід можна встановити локально для високої пропускної здатності та контролю над конфігурацією. Його також можна запускати на віддаленому сервері через зручний веб-інтерфейс для періодичного використання.
риси
- Прогнозування генів з використанням даних RNA-Seq
- Висока чутливість і специфічність
- Конвеєр спрощений та підтверджений за допомогою ручних моделей генів
- Висока конфігурація
- Конфігурація за замовчуванням для аскоміцетних і базидіоміцетних грибів
- Встановіть і запустіть локально для контролю та гнучкості
- Для зручності запускайте віддалено через веб-інтерфейс
Аудиторія
Наука/дослідження, досвідчені кінцеві користувачі
Користувацький інтерфейс
Веб-орієнтований, командний рядок, GTK+
Мова програмування
Python, PHP
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/snowyowl/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.