Це програма для Linux під назвою Subread, останню версію якої можна завантажити як subread-2.0.4-Windows-x86_64.tar.gz. Його можна запустити онлайн у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою Subread з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
Підпрочитайте
Ad
ОПИС
Пакет програм Subread — це набір інструментів для обробки даних секвенування наступного покоління. Він включає в себе вирівнювач Subread, детектор з’єднання екзон-екзон Subjunc і програму підсумовування читання featureCounts.
Вирівнювач субчитання можна використовувати для вирівнювання зчитування як gDNA-seq, так і RNA-seq. Для виявлення екзон-екзонного з'єднання був розроблений суб'юнк-елайнер. Для відображення зчитування RNA-seq Subread виконує локальне вирівнювання, а Subjunc — глобальне вирівнювання. Subread і Subjunc були опубліковані в такій статті: Yang Liao, Gordon K Smyth і Wei Shi. «The Subread algner: швидке, точне та масштабоване мапування читання методом seed-and-vote», Nucleic Acids Research, 2013, 41(10):e108
Функції
- вирівнювач читання
- секвенування наступного покоління
Аудиторія
Наука/Дослідження
Користувацький інтерфейс
Командний рядок
Мова програмування
C
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/subread/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
