Це програма Linux під назвою UniPyRange для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як UniPyRangeSuite.py. Його можна запустити онлайн у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою UniPyRange для запуску в Linux онлайн з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
UniPyRange для роботи в Linux онлайн
ОПИС
Дуже простий скрипт Python, який позбавить вас від підрахунку амінокислот/основ ДНК у файлах fasta з бази даних Uniprot і NCBI RefSeq (1, 2).Скажімо, вам потрібна амінокислотна послідовність у діапазоні 128-387 з білка з 1000 амінокислот — цей сценарій допоможе вам уникнути помилок підрахунку, просто показуючи вказану послідовність амінокислот і кодуючи пари основ ДНК (ідеально підходить для розробки праймерів ампліфікації). ) указаного ідентифікатора Uniprot.
- Потрібен BioPython (3) і пакет Bioservices (4)
(1)
Консорціум «УніПрот».
UniProt: центр інформації про білки
Nucleic Acids Res. 43: D204-D212 (2015).
(2)
RefSeq: оновлення еталонних послідовностей ссавців. Nucleic Acids Res. 2014 січня 1 р.; 42 (1): D756-63.
(3)
Cock PJ та ін. Біоінформатика (2009)
(4)
Cokelaer та інші, Біоінформатика (2013)
Мова програмування
Python
Це програма, яку також можна завантажити з https://sourceforge.net/projects/unipyrange/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було найпростіше запускати онлайн з однієї з наших безкоштовних операційних систем.