Це програма для Windows під назвою CRISPR-offinder-v1-2, останню версію якої можна завантажити як CRISPR-offinder-1.2.zip. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою CRISPR-offinder-v1-2 з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть будь-який онлайн емулятор ОС OnWorks з цього веб-сайту, але кращий онлайн-емулятор Windows.
- 5. З ОС OnWorks Windows, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму та встановіть її.
- 7. Завантажте Wine зі сховищ програмного забезпечення дистрибутивів Linux. Після встановлення ви можете двічі клацнути програму, щоб запустити їх за допомогою Wine. Ви також можете спробувати PlayOnLinux, модний інтерфейс замість Wine, який допоможе вам встановити популярні програми та ігри Windows.
Wine — це спосіб запуску програмного забезпечення Windows на Linux, але без використання Windows. Wine — це рівень сумісності Windows з відкритим вихідним кодом, який може запускати програми Windows безпосередньо на будь-якому робочому столі Linux. По суті, Wine намагається повторно реалізувати достатньо Windows з нуля, щоб він міг запускати всі ці програми Windows, насправді не потребуючи Windows.
ЕКРАНИ
Ad
CRISPR-offinder-v1-2
ОПИС
Система CRISPR/Cas, безсумнівно, має великий потенціал для редагування геному. Розщеплення цільового сайту за технологією CRISPR вимагає наявності сусіднього мотиву протоспейсера (PAM) безпосередньо за або вище по ходу від елемента протоспейсера, з яким зв’язується sgRNA. Однак Cas9 з різних типів бактерій або їх варіантів розпізнає різні послідовності PAM. Для задоволення потреб різних систем CRISPR зі специфічним та ефективним дизайном sgRNA був розроблений CRISPR-offinder.
Враховуючи вхідний файл FASTA цільових сайтів і запитує референтний геном, а також систему CRISPR із визначеною довжиною спейсера та послідовністю PAM, цей автономний інструмент визначить передбачувані сайти та призначить прогнозовану активність на основі моделі допоміжного вектора, яка була проведена sgRNA Scorer 2.0. Крім того, Cas-OFFinder спрогнозував sgRNA з мінімальною нецільовою активністю та оцінював за допомогою визначення частоти Off-Target Cutting Frequency Determination (CFD).
риси
- CRISPR-offinder може надати стенд-біологу інструмент для швидкої та ефективної ідентифікації високоякісних цільових місць
- Це програмне забезпечення можна використовувати для розробки бібліотек sgRNA для будь-яких видів
- Zhao et al., (2017) CRISPR-offinder: CRISPR-керівник дизайну РНК і інструмент пошуку поза цілі для визначеного користувачем суміжного мотиву протоспейсера. Міжнародний журнал біологічних наук
Мова програмування
Perl
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/crispr-offinder-v1-2/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
