Це програма для Windows під назвою NGSEP, останню версію якої можна завантажити як NGSEPwindows_4.1.0.zip. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою NGSEP з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть будь-який онлайн емулятор ОС OnWorks з цього веб-сайту, але кращий онлайн-емулятор Windows.
- 5. З ОС OnWorks Windows, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму та встановіть її.
- 7. Завантажте Wine зі сховищ програмного забезпечення дистрибутивів Linux. Після встановлення ви можете двічі клацнути програму, щоб запустити їх за допомогою Wine. Ви також можете спробувати PlayOnLinux, модний інтерфейс замість Wine, який допоможе вам встановити популярні програми та ігри Windows.
Wine — це спосіб запуску програмного забезпечення Windows на Linux, але без використання Windows. Wine — це рівень сумісності Windows з відкритим вихідним кодом, який може запускати програми Windows безпосередньо на будь-якому робочому столі Linux. По суті, Wine намагається повторно реалізувати достатньо Windows з нуля, щоб він міг запускати всі ці програми Windows, насправді не потребуючи Windows.
ЕКРАНИ
Ad
NGSEP
ОПИС
NGSEP — це інтегрована структура для аналізу даних високопродуктивного секвенування ДНК. Основним використанням NGSEP є конструювання та подальший аналіз великих наборів даних геномної варіації. NGSEP виконує точне виявлення та генотипування однонуклеотидних варіантів (SNV), малих і великих інделей, коротких тандемних повторів (STR), інверсій і варіантів числа копій (CNV). NGSEP також надає модулі для функціональних анотацій, фільтрації, перетворення форматів, порівняння, кластеризації, імпутації, аналізу інтрогресії та різних видів статистики. Повний список функцій доступний у нашій вікі (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
НОВИНИ: Ми щойно зробили доступною першу версію нашого асемблера геномів de-novo. Додаткова інформація доступна у вікі.
риси
- Збірка геномів De-novo
- Вирівнювання необробленого зчитування з еталонним геномом
- Виявлення SNP, CNV та структурних варіантів
- Маніпулювання VCF: функціональні анотації, злиття, фільтрування, порівняння, перетворення форматів, імпутація
- Демультиплексування читання
- Вирівнювання анотованих збірок геному
- Статистика та фільтрація анптацій транскриптомів у форматі GFF3
Аудиторія
Промисловість охорони здоров'я, наука/дослідження, інша аудиторія, сільське господарство
Користувацький інтерфейс
Java SWT, консоль/термінал, Eclipse
Мова програмування
Java
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.