autodocktools - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

adt - AutoDockTools, giao diện người dùng đồ họa cho AutoDock

SYNOPSIS

chạyAdt [lựa chọn]

MÔ TẢ

Trang hướng dẫn sử dụng này là bản dịch gần như theo nghĩa đen của đầu ra được cung cấp bởi chạyAdt -h
chỉ huy.

LỰA CHỌN

Dưới đây là một bản tóm tắt các tùy chọn. Để có mô tả đầy đủ, hãy tham khảo
hướng dẫn và tài liệu có sẵn trực tuyến.

-NS, --Cứu giúp
Hiển thị tóm tắt các tùy chọn.

-a or --lần nữa
phát lại tệp nhật ký cuối cùng

--overwriteNhật ký
ghi đè tệp nhật ký

--uniqueNhật ký
tạo một tệp nhật ký với một tên duy nhất

--Không có nhật ký
tắt ghi nhật ký

--noSplash
tắt Splash Screen

--chết không bắt đầu vòng lặp sự kiện GUI

-- tùy chỉnh hồ sơ
chạy tệp do người dùng chỉ định

--lib tên gói hàng
thêm một thư viện lệnh

-v r, --thị giác chạy
chạy mạng tầm nhìn trên dòng lệnh

-v o, --thị giác hàng loạt
chạy mạng lưới tầm nhìn và thoát khỏi ADT

-d or --dmode chế độ
chỉ định một chế độ hiển thị
chế độ có thể là bất kỳ sự kết hợp của chế độ hiển thị
'cpk': cpk
'lines': dòng
'ss': ruy-băng cấu trúc thứ cấp
'sb': gậy và bóng
'lic': cam thảo
'ms': bề mặt phân tử
'ca': dấu vết C-alpha
'bt': dấu vết xương sống
'sp': CA-spline
'sssb': cấu trúc thứ cấp cho protein, que và quả bóng cho
dư lượng khác có đường liên kết cho các dư lượng khác không có liên kết

-c or - chế độ chế độ
chỉ định một lược đồ màu chế độ hai bên:
'ca': màu theo nguyên tử
'cr': màu theo cặn (lược đồ RASMOL)
'cc': màu theo chuỗi
'cm': màu sắc theo phân tử
'cdg': màu sử dụng cách phối đồ của David Goodsell
'cs': dư lượng màu sử dụng lược đồ Shapely
'css': màu theo thành phần cấu trúc phụ

THÍ DỤ:

hiển thị protein dưới dạng dải băng, không phải protein dưới dạng que và bóng và màu sắc theo loại nguyên tử

quảng cáo -i --dmode sssb --cmode cr myprot.pdb

adt -i -m sssb -c cr myprot.pdb

Sử dụng autodocktools trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net