babel - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

babel, obel - một bộ chuyển đổi cho các tệp dữ liệu mô hình hóa học và phân tử

SYNOPSIS

babel [-H tùy chọn trợ giúp]
babel [LỰA CHỌN] [-i kiểu đầu vào] trong tập tin [-o Loại đầu ra] ô uế

obel [-H tùy chọn trợ giúp]
obel [LỰA CHỌN] [-i kiểu đầu vào | -"Chuỗi SMILES"] trong tập tin [-o Loại đầu ra] -O ô uế

MÔ TẢ

babel là một chương trình đa nền tảng được thiết kế để chuyển đổi giữa nhiều định dạng tệp được sử dụng trong
mô hình phân tử và hóa học tính toán và các lĩnh vực liên quan.

obel và babel hơi khác. Đầu tiên là gần với quy ước Unix thông thường
cho các chương trình dòng lệnh và linh hoạt hơn khi người dùng cần chỉ định các giá trị tham số
trên các tùy chọn. Với babel điều này chỉ hoạt động khi tùy chọn là tùy chọn cuối cùng trên dòng; với obel
không có hạn chế như vậy được áp dụng. Nó còn có một phím tắt để nhập chuỗi SMILES,
có thể được sử dụng thay cho một tệp đầu vào.

Open Babel cũng là một bộ công cụ lập trình viên hoàn chỉnh để phát triển phần mềm hóa học. Vì
thêm thông tin, hãy xem các trang web Open Babelhttp://openbabel.org/>.

LỰA CHỌN

Nếu chỉ các tệp đầu vào và đầu ra được cung cấp, Open Babel sẽ đoán loại tệp từ
phần mở rộng tên tệp.

-"Chuỗi SMILES"
Nhập chuỗi SMILES và sử dụng nó thay cho tệp đầu vào. Chuỗi SMILES phải là
đặt trong dấu ngoặc kép. Nhiều hơn một có thể được sử dụng và một tiêu đề phân tử có thể được
bao gồm nếu được đặt trong dấu ngoặc kép.

-a lựa chọn
Tùy chọn đầu vào theo định dạng cụ thể. Nhìn thấy -H định dạng-ID cho các tùy chọn được cho phép bởi một
định dạng

--addtotitle
Nối văn bản vào tiêu đề phân tử hiện tại

--addcông thức
Nối công thức phân tử sau tiêu đề phân tử hiện tại

-b Chuyển đổi liên kết gốc: ví dụ: [N +] ([O -]) = O thành N (= O) = O

-c Tọa độ trung tâm nguyên tử tại (0,0,0)

-C Kết hợp các phân tử trong tệp đầu tiên với các phân tử khác có cùng tên

-e Tiếp tục sau khi có lỗi

-d Xóa Hydrogen

--- cấp độ lỗi 2
Lọc mức độ lỗi và cảnh báo được hiển thị:
1 = chỉ các lỗi nghiêm trọng
2 = cũng bao gồm cảnh báo (mặc định)
3 = bao gồm cả tin nhắn thông tin
4 = bao gồm các thông báo "nhật ký kiểm tra" về các thay đổi đối với dữ liệu
5 = bao gồm cả thông báo gỡ lỗi nữa

-f # Đối với đầu vào nhiều mục nhập, hãy bắt đầu nhập với phân tử # là mục nhập đầu tiên

-F Xuất ra các loại vân tay có sẵn

-h Thêm hydro

-H Thông tin sử dụng đầu ra

-H định dạng-ID
Thông tin định dạng đầu ra và các tùy chọn cho định dạng được chỉ định

-Đại sảnh
Thông tin định dạng đầu ra và các tùy chọn cho tất cả các định dạng

-tôi
Chỉ định định dạng đầu vào, xem bên dưới để biết các định dạng có sẵn

-j

--tham gia
Tham gia tất cả các phân tử đầu vào thành một mục nhập phân tử đầu ra duy nhất

-k Dịch các từ khóa lập mô hình hóa học tính toán (ví dụ: GAMESS và Gaussian)

-m Tạo nhiều tệp đầu ra, để cho phép:
- Tách một tệp đầu vào - đặt mỗi phân tử thành các phân tử được đánh số liên tục
tập tin đầu ra
- Chuyển đổi hàng loạt - chuyển đổi từng tệp đầu vào thành một tệp được chỉ định
định dạng đầu ra

-l # Đối với đầu vào nhiều mục nhập, hãy dừng nhập với phân tử # là mục nhập cuối cùng

-o định dạng-ID
Chỉ định định dạng đầu ra, xem bên dưới để biết các định dạng có sẵn

-O ô uế
Chỉ định tệp đầu ra. Tùy chọn này áp dụng cho obel chỉ

-p Thêm Hydrogen thích hợp với độ pH (sử dụng các biến đổi trong phmodel.txt)

--bất động sản
Thêm hoặc thay thế một thuộc tính (ví dụ: trong tệp MDL SD)

-s NỤ CƯỜI
Chỉ chuyển đổi các phân tử phù hợp với mẫu SMARTS được chỉ định

--riêng rẽ
Tách các mảnh bị ngắt kết nối thành các bản ghi phân tử riêng lẻ

-t Tất cả các tệp đầu vào mô tả một phân tử đơn lẻ

--chức vụ tiêu đề
Thêm hoặc thay thế tiêu đề phân tử

-x lựa chọn
Tùy chọn đầu ra theo định dạng cụ thể. Nhìn thấy -H định dạng-ID cho các tùy chọn được cho phép bởi một
định dạng

-v NỤ CƯỜI
Chỉ chuyển đổi các phân tử KHÔNG phù hợp với mẫu SMARTS được chỉ định

-V Xuất số phiên bản và thoát

-z Nén đầu ra bằng gzip

FILE M FORU ĐƠN

Các định dạng sau hiện được Open Babel hỗ trợ:
acr - Carine ASCI Crystal
alc - Định dạng giả kim thuật
arc - Accelrys / MSI Biosym / Định dạng Insight II CAR [Chỉ đọc]
bgf - định dạng MSI BGF
hộp - Dock 3.5 Định dạng hộp
bs - Định dạng bóng và gậy
c3d1 - Định dạng Descartes 3 của Chem1D
c3d2 - Định dạng Descartes 3 của Chem2D
caccrt - định dạng Cartesian Cacao
cache - CAC Định dạng MolStruct [Chỉ ghi]
cacint - Cacao Định dạng nội bộ [Chỉ ghi]
có thể - định dạng Canonical SMILES
ô tô - Accelrys / MSI Biosym / Định dạng Insight II CAR [Chỉ đọc]
ccc - Định dạng CCC [Chỉ đọc]
cdx - Định dạng nhị phân ChemDraw [Chỉ đọc]
cdxml - Định dạng ChemDraw CDXML
cht - định dạng Chemtool [Chỉ ghi]
cif - Tệp thông tin tinh thể học
cml - Ngôn ngữ đánh dấu hóa học
cmlr - Định dạng phản ứng CML
com - Gaussian 98/03 Đầu vào Descartes [Chỉ ghi]
sao chép - Sao chép văn bản thô [Chỉ ghi]
crk2d - Bộ tài nguyên hóa học Định dạng sơ đồ 2D
crk3d - Bộ tài nguyên hóa chất định dạng 3D
csr - Định dạng CSR của Accelrys / MSI Quanta [Chỉ ghi]
cssr - Định dạng CSD CSSR [Chỉ ghi]
ct - Định dạng bảng kết nối ChemDraw
dmol - định dạng tọa độ DMol3
ent - Định dạng Ngân hàng Dữ liệu Protein
fa - định dạng FASTA [Chỉ ghi]
fasta - định dạng FASTA [Chỉ ghi]
fch - Định dạng tệp điểm kiểm tra được định dạng Gaussian [Chỉ đọc]
fchk - Định dạng tệp điểm kiểm tra được định dạng Gaussian [Chỉ đọc]
fck - Định dạng tệp điểm kiểm tra được định dạng Gaussian [Chỉ đọc]
feat - Định dạng tính năng
fh - Định dạng Ma trận Z của Fenske-Hall [Chỉ ghi]
sửa chữa - Định dạng SMILES FIX [Chỉ ghi]
fpt - Định dạng vân tay [Chỉ ghi]
fract - Định dạng phân số biểu mẫu tự do
fs - Mở cơ sở dữ liệu Babel FastSearching
fsa - định dạng FASTA [Chỉ ghi]
g03 - Đầu ra Gaussian 98/03 [Chỉ đọc]
g98 - Đầu ra Gaussian 98/03 [Chỉ đọc]
gam - Đầu ra GAMESS [Chỉ đọc]
gamin - Đầu vào GAMESS [Chỉ ghi]
gamout - Đầu ra GAMESS [Chỉ đọc]
gau - Gaussian 98/03 Đầu vào Descartes [Chỉ ghi]
gjc - Đầu vào Descartes Gaussian 98/03 [Chỉ ghi]
gjf - Đầu vào Descartes Gaussian 98/03 [Chỉ ghi]
gpr - Định dạng toán học
gr96 - Định dạng GROMOS96 [Chỉ ghi]
hin - Định dạng HyperChem HIN
inchi - IUPAC InChI [Chỉ ghi]
inp - Đầu vào GAMESS [Chỉ ghi]
in - Định dạng ShelX [Chỉ đọc]
jin - Định dạng đầu vào Jaguar [Chỉ ghi]
jout - Định dạng đầu ra Jaguar [Chỉ đọc]
mdl - định dạng MDL MOL
mmd - định dạng MacroModel
mmod - định dạng MacroModel
mol - định dạng MDL MOL
mol2 - Định dạng Sybyl Mol2
molreport - Báo cáo phân tử Babel mở [Chỉ ghi]
moo - MOPAC Định dạng đầu ra [Chỉ đọc]
lau - MOPAC định dạng Descartes
mopcrt - Định dạng Descartes MOPAC
mopin - MOPAC Nội bộ
mopout - Định dạng đầu ra MOPAC [Chỉ đọc]
mpc - Định dạng Descartes MOPAC
mpd - Định dạng bộ mô tả Sybyl [Chỉ ghi]
mpqc - Định dạng đầu ra MPQC [Chỉ đọc]
mpqcin - Định dạng đầu vào đơn giản hóa MPQC [Chỉ ghi]
nw - Định dạng đầu vào NWChem [Chỉ ghi]
nwo - Định dạng đầu ra NWChem [Chỉ đọc]
pc - Định dạng PubChem [Chỉ đọc]
pcm - Định dạng PCModel
pdb - Định dạng Ngân hàng Dữ liệu Protein
pov - Định dạng đầu vào POV-Ray [Chỉ ghi]
pqs - Định dạng giải pháp lượng tử song song
prep - Định dạng Amber Prep [Chỉ đọc]
qcin - Định dạng đầu vào Q-Chem [Chỉ ghi]
qcout - Định dạng đầu ra Q-Chem [Chỉ đọc]
báo cáo - Mở định dạng báo cáo Babel [Chỉ ghi]
res - Định dạng ShelX [Chỉ đọc]
rxn - định dạng MDL RXN
sd - định dạng MDL MOL
sdf - định dạng MDL MOL
smi - định dạng SMILES
sy2 - định dạng Sybyl Mol2
tdd - Định dạng nhiệt
kiểm tra - Định dạng kiểm tra [Chỉ ghi]
therm - Định dạng nhiệt
tmol - định dạng Tọa độ TurboMole
txyz - Định dạng Tinker MM2 [Chỉ ghi]
unixyz - định dạng UniChem XYZ
vmol - định dạng ViewMol
xed - Định dạng XED [Chỉ ghi]
xml - Định dạng XML chung [Chỉ đọc]
xyz - định dạng tọa độ Cartesian XYZ
yob - Định dạng YASARA.org YOB
zin - Định dạng đầu vào ZINDO [Chỉ ghi]

FORMAT LỰA CHỌN

Các định dạng tệp riêng lẻ có thể có các tùy chọn định dạng bổ sung.

Tùy chọn định dạng đầu vào được đặt trước 'a', ví dụ -as

Các tùy chọn định dạng đầu ra được đặt trước 'x', ví dụ -xn

Để biết thêm thông tin cụ thể và các tùy chọn, hãy sử dụng -H
ví dụ: -Hcml

VÍ DỤ

Chuyển đổi tiêu chuẩn:
babel -ixyz etanol.xyz -opdb etanol.pdb
Chuyển đổi từ tệp SMI trong STDIN sang tệp Mol2 được ghi thành STDOUT:
babel -ismi -omol2
Tách tệp đa phân tử thành new1.smi, new2.smi, v.v.:
babel infile.mol new.smi -m

Sử dụng babel trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net