Đây là lệnh belvu có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
belvu - Xem nhiều căn chỉnh với màu sắc đẹp mắt.
SYNOPSIS
belvu [tùy chọn] | - [Tùy chọn X]
| - = tập tin căn chỉnh hoặc đường ống.
MÔ TẢ
Belvu trình bày nhiều liên kết trình tự theo một cách sinh học đầy màu sắc có thể giải thích được
cách thức.
LỰA CHỌN
-c In bảng Bảo tồn.
-l Tải tệp mã màu.
-L Tải tệp mã màu Đánh dấu.
-m Đọc tệp với các phân đoạn trình tự phù hợp.
-r Đọc căn chỉnh ở định dạng 'thô' (Chuỗi tên).
-R Không phân tích cú pháp tọa độ khi đọc căn chỉnh.
-o Viết căn chỉnh hoặc cây vào stdout ở định dạng này và thoát.
Các định dạng hợp lệ: MSF, Mul (Stockholm), Selex,
FastaAlign, Fasta, cây.
-n Không thừa để % nhận dạng khi khởi động.
-Q Loại bỏ các cột linh hoạt hơn .
-q Loại bỏ các chuỗi phức tạp hơn .
-P Xóa từng phần trình tự khi khởi động.
-C Không ghi tọa độ vào tệp đã lưu.
-z
Dấu phân cách giữa tên và tọa độ trong tệp đã lưu.
-a Hiển thị chú thích căn chỉnh trên màn hình (chỉ định dạng Stockholm).
-p Đưa ra xác suất mô hình ngẫu nhiên cho HMMER.
(Dựa trên tất cả các dư lượng.)
-S
Sắp xếp các chuỗi theo thứ tự này.
a -> theo bảng chữ cái o -> theo sinh vật Swissprot, theo bảng chữ cái s -> theo điểm n ->
bởi cây nối lân cận u -> bởi cây UPGMA S -> tương tự với chuỗi thứ nhất i
-> theo danh tính đến chuỗi đầu tiên
-s
Đọc trong tệp điểm số.
-T Khởi động với cây được tính bằng phương pháp:
n -> Kết nối lân cận u -> UPGMA N -> Kết nối lân cận, chỉ hiển thị cây U -> UPGMA,
chỉ hiển thị cây c -> Không tô màu cây theo sinh vật o -> Không hiển thị trình tự
tọa độ trong cây s -> Sử dụng hiệu chỉnh khoảng cách Storm & Sonnhammer r -> Sử dụng
khoảng cách không điều chỉnh
-b <#>
In ra # cây khởi động và thoát
(Giá trị âm -> hiển thị cây bootstrap trên màn hình)
-O
Đọc thông tin sinh vật sau nhãn này (hệ điều hành mặc định)
-t
Đặt tiêu đề cửa sổ.
-g Vẽ đường lưới (để gỡ lỗi).
-u Khởi động với căn chỉnh không màu (nhanh hơn).
-h Hiển thị sự giúp đỡ này.
-v Hiển thị thông tin phiên bản.
Một số tùy chọn X: -acephông chữ Phông chữ chính. -nét chữ Phông chữ menu.
Sử dụng belvu trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
