Đây là lệnh bp_sreformatp có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
bpsreformat - chuyển đổi các định dạng chuỗi
MÔ TẢ
Tập lệnh này sử dụng hệ thống SeqIO cho phép chuyển đổi các định dạng trình tự
dữ liệu trình tự hoặc dữ liệu căn chỉnh nhiều trình tự. Cái tên này xuất phát từ việc Sean
Định dạng lại chương trình của Eddy (một phần của pkg HMMER) đã thực hiện điều này. Chương trình của Sean cố gắng
để đoán các định dạng đầu vào trong mã của chúng tôi, chúng tôi hiện yêu cầu bạn chỉ định những gì
các định dạng đầu vào và đầu ra là và nếu dữ liệu được sắp xếp theo nhiều chuỗi hoặc từ
tập tin chuỗi thẳng.
Cách sử dụng:
bpsreformat -if THÔNG TIN -của OUTFORMAT -i TÊN TẬP TIN -o đầu ra.FORMAT
-h/--help In trợ giúp này
-if/--informat Chỉ định định dạng đầu vào
-of/--outformat Chỉ định định dạng đầu ra
-i/--input Chỉ định tên tệp đầu vào
(để truyền dữ liệu trên STDIN, hãy sử dụng dấu trừ làm tên tệp)
-o/--output Chỉ định tên tệp đầu ra
(để truyền dữ liệu trên STDOUT, hãy sử dụng dấu trừ làm tên tệp)
--msa Chỉ định đây là dữ liệu căn chỉnh nhiều chuỗi
--special Sẽ chuyển các tham số đặc biệt tới AlignIO/SeqIO
object -- hầu hết trong số này là dành cho các đối tượng Bio::AlignIO
Danh sách sau đây được phân tách bằng dấu phẩy
không xen kẽ -- dành cho định dạng phylip, không xen kẽ
idlinebreak -- đối với phylip, làm cho nó có định dạng molphy
tỷ lệ phần trăm -- đối với clustalw, hiển thị % id trên mỗi dòng
Sử dụng bp_sreformatp trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net
