cdhit-2d - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

cdhit-2d - nhóm nhanh các trình tự ở định dạng db1 hoặc db2

SYNOPSIS

cdhit-2d [Các lựa chọn]

MÔ TẢ

====== CD-HIT phiên bản 4.6 (được xây dựng vào ngày 23 tháng 2016 năm XNUMX) ======

Các lựa chọn

-i tên tệp đầu vào cho db1 ở định dạng fasta, bắt buộc

-i2 tên tệp đầu vào cho db2 ở định dạng fasta, bắt buộc

-o tên tệp đầu ra, bắt buộc

-c ngưỡng nhận dạng chuỗi, mặc định 0.9, đây là "toàn cầu của cd-hit mặc định
nhận dạng trình tự "được tính bằng: số lượng axit amin giống hệt nhau trong sự liên kết
chia cho toàn bộ độ dài của chuỗi ngắn hơn

-G sử dụng nhận dạng chuỗi toàn cầu, mặc định 1 nếu được đặt thành 0, sau đó sử dụng chuỗi cục bộ
nhận dạng, được tính bằng: số lượng axit amin giống hệt nhau theo thứ tự chia cho
chiều dài của căn chỉnh LƯU Ý !!! không sử dụng -G 0 trừ khi bạn sử dụng căn chỉnh
kiểm soát phạm vi xem các tùy chọn -aL, -AL, -như, -NHƯ

-b băng thông của căn chỉnh, mặc định 20

-M giới hạn bộ nhớ (tính bằng MB) cho chương trình, mặc định 800; 0 cho không được phép;

-T số lượng chủ đề, mặc định 1; với 0, tất cả các CPU sẽ được sử dụng

-n word_length, mặc định 5, xem hướng dẫn người dùng để chọn nó

-l độ dài của chuỗi_quảng_lục, mặc định là 10

-t dung sai cho dư thừa, mặc định 2

-d độ dài của mô tả trong tệp .clstr, mặc định 20 nếu được đặt thành 0, nó sẽ lấy fasta
làm lệch hướng và dừng lại ở khoảng trống đầu tiên

-s giới hạn chênh lệch độ dài, mặc định 0.0 nếu được đặt thành 0.9, các chuỗi ngắn hơn cần
có ít nhất 90% chiều dài của đại diện của cụm

-S điểm cắt chênh lệch độ dài trong axit amin, mặc định 999999 nếu được đặt thành 60, chiều dài
sự khác biệt giữa các trình tự ngắn hơn và đại diện của cụm có thể
không được lớn hơn 60

-s2 giới hạn chênh lệch độ dài cho db1, mặc định là 1.0 theo mặc định, seqs trong db1> = seqs in
db2 trong cùng một cụm nếu được đặt thành 0.9, seqs trong db1 có thể chỉ> = 90% seqs trong db2

-S2 giới hạn chênh lệch độ dài, mặc định là 0 theo mặc định, seqs trong db1> = seqs trong db2 trong a
cùng một cụm nếu được đặt thành 60, seq trong db2 có thể dài hơn 60aa so với seq trong db1

-aL phạm vi căn chỉnh cho chuỗi dài hơn, mặc định 0.0 nếu được đặt thành 0.9,
sự liên kết phải bao gồm 90% trình tự

-AL điều khiển phạm vi căn chỉnh cho chuỗi dài hơn, mặc định 99999999 nếu được đặt thành 60,
và độ dài của dãy là 400, thì căn chỉnh phải> = 340 (400-60)
cặn bã

-như phạm vi căn chỉnh cho chuỗi ngắn hơn, mặc định 0.0 nếu được đặt thành 0.9,
sự liên kết phải bao gồm 90% trình tự

-NHƯ kiểm soát phạm vi căn chỉnh cho chuỗi ngắn hơn, mặc định 99999999 nếu được đặt thành 60,
và độ dài của dãy là 400, thì căn chỉnh phải> = 340 (400-60)
cặn bã

-A kiểm soát phạm vi căn chỉnh tối thiểu cho cả hai trình tự, căn chỉnh 0 mặc định phải
cover> = giá trị này cho cả hai chuỗi

-uL tỷ lệ phần trăm tối đa chưa đối sánh cho chuỗi dài hơn, mặc định là 1.0 nếu được đặt thành 0.1,
vùng không khớp (không bao gồm khoảng cách đầu và đuôi) không được quá 10%
của trình tự

-chúng ta tỷ lệ phần trăm tối đa chưa đối sánh cho chuỗi ngắn hơn, mặc định 1.0 nếu được đặt thành 0.1,
vùng không khớp (không bao gồm khoảng cách đầu và đuôi) không được quá 10%
của trình tự

-U độ dài tối đa chưa từng có, mặc định 99999999 nếu được đặt thành 10, vùng chưa từng có
(không bao gồm khoảng trống ở đầu và đuôi) không được nhiều hơn 10 đế

-B 1 hoặc 0, mặc định 0, theo mặc định, các chuỗi được lưu trữ trong RAM nếu được đặt thành 1, chuỗi
được lưu trữ trên ổ cứng, nó được khuyến khích sử dụng -B 1 cho cơ sở dữ liệu khổng lồ

-p 1 hoặc 0, mặc định 0 nếu được đặt thành 1, căn chỉnh in chồng lên nhau trong tệp .clstr

-g 1 hoặc 0, mặc định là 0 theo thuật toán mặc định của cd-hit, một chuỗi được nhóm thành
cụm đầu tiên đáp ứng ngưỡng (cụm nhanh). Nếu được đặt thành 1, chương trình sẽ
nhóm nó thành một cụm tương tự nhất đáp ứng ngưỡng (chính xác nhưng chậm
chế độ) nhưng 1 hoặc 0 sẽ không thay đổi đại diện của các cụm cuối cùng

-thùng rác ghi tệp cụm sao lưu (1 hoặc 0, mặc định là 0)

-h in cái này giúp

Các câu hỏi, lỗi, hãy liên hệ với Weizhong Li tại [email được bảo vệ]

Nếu bạn thấy cd-hit hữu ích, vui lòng trích dẫn:

"Tập hợp các trình tự tương đồng cao để giảm kích thước của protein lớn
cơ sở dữ liệu ", Weizhong Li, Lukasz Jaroszewski & Adam Godzik. Tin sinh học, (2001)
17: 282-283 "Cd-hit: một chương trình nhanh chóng để phân nhóm và so sánh các tập hợp lớn
trình tự protein hoặc nucleotide ", Weizhong Li & Adam Godzik. Tin sinh học, (2006)
22: 1658-1659

Sử dụng cdhit-2d trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net