clustalw - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

clustalw - Sự liên kết nhiều trình tự axit nucleic và protein

SYNOPSIS

cụm [-trong tập tin] tập tin.ext [LỰA CHỌN]

cụm [-Cứu giúp | -trợ giúp đầy đủ]

MÔ TẢ

Clustal W là một chương trình liên kết đa mục đích chung cho DNA hoặc protein.

Chương trình thực hiện sự sắp xếp đồng thời của nhiều trình tự nucleotide hoặc axit amin. Nó
thường được chạy tương tác, cung cấp menu và trợ giúp trực tuyến. Nếu bạn thích sử dụng
nó ở chế độ dòng lệnh (hàng loạt), bạn sẽ phải đưa ra một số tùy chọn, mức tối thiểu là
-trong tập tin.

LỰA CHỌN

DỮ LIỆU (chuỗi)
-tệp =tập tin.ext
Các trình tự đầu vào.

-profile1 =tập tin.ext và -profile2 =tập tin.ext
Hồ sơ (căn chỉnh cũ)

ĐỘNG TỪ (làm đồ đạc)
-sự lựa chọn
Liệt kê các tham số dòng lệnh.

-Cứu giúp or -kiểm tra
Phác thảo các tham số dòng lệnh.

-trợ giúp đầy đủ
Xuất nội dung trợ giúp đầy đủ.

-căn chỉnh
Làm đầy đủ nhiều căn chỉnh.

-cây
Tính NJ cây.

-pim
Xuất ra ma trận nhận dạng phần trăm (trong khi tính cây).

-bootstrap=n
Bootstrap một cây NJ (n= số lượng bootstraps; định nghĩa. = 1000).

-đổi
Xuất các trình tự đầu vào ở một định dạng tệp khác.

THÔNG SỐ (bộ đồ đạc)
Tổng Quát cài đặt:
-tương tác
Đọc dòng lệnh, sau đó nhập các menu tương tác bình thường.

-quicktree
Sử dụng thuật toán FAST cho cây hướng dẫn căn chỉnh.

-type =
CHẤT ĐẠM or DNA trình tự.

-phủ định
Sự liên kết protein với các giá trị âm trong ma trận.

-outfile =
Tên tệp căn chỉnh trình tự.

-output =
GCG, DEG, PHYLIP, PIR or NEXUS.

-outputorder =
ĐẦU VÀO or ĐÃ KÝ

cái tủ
THẤP HƠN or PHÍA TRÊN (chỉ dành cho đầu ra GDE).

-seqnos =
TẮT or ON (chỉ dành cho đầu ra Clustal).

-seqnos_range =
TẮT or ON (MỚI: cho tất cả các định dạng đầu ra).

-range =m,n
Dải trình tự để ghi bắt đầu m đến m+n.

-maxseqlen =n
Độ dài trình tự đầu vào tối đa cho phép.

-Yên lặng
Giảm đầu ra bảng điều khiển xuống mức tối thiểu.

-stats =hồ sơ
Ghi nhật ký một số thống kê căn chỉnh vào hồ sơ.

NHANH CHÓNG Theo cặp Căn chỉnh:
-ktuple =n
Kích thước từ.

-topdiags =n
Số đường chéo tốt nhất.

-window =n
Cửa sổ xung quanh đường chéo tốt nhất.

-pairgap =n
Khoảng trống phạt đền.

-ghi bàn
PHẦN TRĂM or ABSOLUTE.

Chậm Theo cặp Căn chỉnh:
-pwmatrix =
: Ma trận trọng lượng protein =HOA HỒNG, PAM, GONNET, ID or tên tập tin

-pwdnamatrix =
Ma trận trọng lượng DNA =HOA HỒNGIUB, HOA HỒNGCLUSTALW hoặc HOA HỒNGtên tệp.

-pwgapopen =f
Khoảng trống hình phạt mở.

-pwgapext =f
Gap hình phạt gia hạn.

nhiều Căn chỉnh:
-newtree =
Tập tin cho cây hướng dẫn mới.

-usetree =
Tập tin cho cây hướng dẫn cũ.

-matrix =
Ma trận trọng lượng protein =HOA HỒNG, PAM, GONNET, ID or tên tập tin.

-dnamatrix =
Ma trận trọng lượng DNA =IUB, CLUTALW or tên tập tin.

-gapopen =f
Khoảng trống hình phạt mở.

-gapext =f
Gap hình phạt gia hạn.

-engaps
Không có bút tách khoảng cách cuối.

-gapdist =n
Gap tách bút. phạm vi.

-không có khoảng cách
Khoảng trống dành riêng cho chất cặn bã tắt.

-nohgap
Các khoảng trống ưa nước tắt.

-hgapresidues =
Liệt kê res ưa nước.

-maxdiv =n
Phần trăm nhận dạng cho sự chậm trễ.

-type =
CHẤT ĐẠM or DNA

-trọng lượng =f
Trọng số chuyển đổi.

-iteration =
NONE or TREE or NHIỆM VỤ.

-numiter =n
Số lần lặp tối đa để thực hiện.

Hồ sơ Căn chỉnh:
-Hồ sơ
Hợp nhất hai căn chỉnh bằng căn chỉnh hồ sơ.

-newtree1 =
Tập tin cho cây hướng dẫn mới cho hồ sơ1.

-newtree2 =
Tập tin cho cây hướng dẫn mới cho hồ sơ2.

-usetree1 =
Tập tin cho cây hướng dẫn cũ cho hồ sơ1.

-usetree2 =
Tập tin cho cây hướng dẫn cũ cho hồ sơ2.

Trình tự đến Hồ sơ Căn chỉnh:
-câu lệnh
Thêm tuần tự các trình tự profile2 vào căn chỉnh profile1.

-newtree =
Tập tin cho cây hướng dẫn mới.

-usetree =
Tập tin cho cây hướng dẫn cũ.

Structure Căn chỉnh:
-nosectr1
Không sử dụng mặt nạ hình phạt khe hở cấu trúc thứ cấp cho cấu hình 1.

-nosectr2
Không sử dụng mặt nạ hình phạt khe hở cấu trúc thứ cấp cho cấu hình 2.

-secstrout =Cơ cấu or MẶT NẠ or CẢ or NONE
Đầu ra trong tệp căn chỉnh.

-helixgap =n
Hình phạt khoảng trống đối với dư lượng lõi xoắn.

-strandgap =n
Hình phạt khoảng cách đối với phần dư lõi sợi.

loopgap =n
Hình phạt khoảng cách cho các khu vực vòng lặp.

-terminalgap =n
Khoảng trống hình phạt cho cấu trúc termini.

-helixendin =n
Số lượng cặn bên trong vòng xoắn được xử lý như thiết bị đầu cuối.

-helixendout =n
Số lượng cặn bên ngoài vòng xoắn được xử lý như thiết bị đầu cuối.

-strandendin =n
Số lượng cặn bên trong sợi được xử lý như thiết bị đầu cuối.

-strandendout =n
Số lượng cặn bên ngoài sợi được xử lý như thiết bị đầu cuối.

Cây:
-outputtree =nj OR cây cỏ OR xa OR mối quan hệ

-seed =n
Số hạt giống cho bootstraps.

-kimura
Sử dụng hiệu chỉnh của Kimura.

-tossgaps
Bỏ qua các vị trí có khoảng trống.

-bootlabels =nút
Vị trí của các giá trị bootstrap trong hiển thị dạng cây.

-clustering =
NJ hoặc UPGMA.

Sử dụng clustalw trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net