Đây là lệnh compalign có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
compalign - so sánh hai nhiều liên kết
SYNOPSIS
quyền lực [-tùy chọn]
MÔ TẢ
quyền lực tính toán phân số "nhận dạng" giữa căn chỉnh đáng tin cậy và bài kiểm tra
sự liên kết. Hai tệp phải chứa chính xác các trình tự giống nhau, hoàn toàn giống nhau
trật tự.
Nhận dạng của nhiều liên kết trình tự được định nghĩa là nhận dạng trung bình trên
tất cả N (N-1) / 2 căn chỉnh theo chiều cặp đôi.
Bản sắc phân số của hai tập hợp các căn chỉnh theo cặp lần lượt được xác định như sau
(đối với các trình tự đã biết được căn chỉnh k1 và k2 và các trình tự kiểm tra được căn chỉnh t1 và t2):
cột phù hợp / tổng số cột
trong đó tổng số cột = tổng số cột trong đó
một ký hiệu (nongap) hợp lệ bằng k1 hoặc k2;
các cột phù hợp = số cột trong đó một trong các
sau đây là đúng:
k1 và k2 đều có ký hiệu hợp lệ tại một cột nhất định; t1 và t2
có các ký hiệu giống nhau được căn chỉnh trong một cột của t1 / t2
sự liên kết;
k1 có một ký hiệu được căn chỉnh với một khoảng trống trong k2; ký hiệu ở t1 là
cũng được căn chỉnh để có một khoảng trống;
k2 có một ký hiệu được căn chỉnh với một khoảng trống trong k1; ký hiệu ở t2 là
cũng được căn chỉnh thành một khoảng trống.
Bởi vì điểm cho tất cả các cặp có thể được tính toán, thuật toán có thứ tự (N ^ 2) L cho
N dãy có độ dài L; tập hợp chuỗi lớn sẽ mất một lúc.
LỰA CHỌN
Tùy chọn có sẵn:
-h In thông tin trợ giúp và sử dụng ngắn.
-c Chỉ so sánh theo cấu trúc đồng thuận được đánh dấu # = CS.
--thông tin
Chỉ định rằng cả hai căn chỉnh đều ở định dạng (ví dụ: MSF).
--Yên lặng
Loại bỏ tiêu đề dài dòng (được sử dụng trong kiểm tra hồi quy).
Sử dụng compalign trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
