dcmstack - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

dcmstack - Công cụ chuyển đổi DICOM sang NIfTI

MÔ TẢ

cách sử dụng: dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]

[--dest-dir DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--output-ext OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--voxel-order VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--vector-var VECTOR_VAR] [--thứ tự thời gian TIME_ORDER] [--thứ tự vector VECTOR_ORDER]
[-l] [--disable-Translator DISABLE_TRANSLATOR] [--extract-private] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--regexes mặc định] [-v] [--strict] [--version]
[src_dirs [src_dirs...]]

Xếp chồng các tệp DICOM từ mỗi thư mục nguồn thành các tập từ 2D đến 5D, giải nén tùy chọn
metadata.

vị trí tranh luận:
src_dir
Các thư mục nguồn chứa các tệp DICOM.

không bắt buộc tranh luận:
-h, --Cứu giúp
hiển thị thông báo trợ giúp này và thoát

Đầu vào lựa chọn:
--bắt buộc đọc
Hãy thử đọc tất cả các tệp dưới dạng DICOM, ngay cả khi chúng bị thiếu phần mở đầu.

--file-ext FILE_EXT
Chỉ thử đọc các tệp có phần mở rộng đã cho. Mặc định: .dcm

- núm vú cao su
Cho phép các tệp DICOM thiếu dữ liệu pixel, lấp đầy phần đầu ra đó
nifti với giá trị lớn nhất có thể biểu diễn.

Đầu ra lựa chọn:
--dest-dir DEST_DIR
Thư mục đích, mặc định là thư mục nguồn.

-o ĐẦU RA_NAME, --tên đầu ra OUTPUT_NAME
Chuỗi định dạng Python xác định tên tệp đầu ra dựa trên thẻ DICOM.

--output-ext OUTPUT_EXT
Phần mở rộng cho loại tệp đầu ra. Mặc định: .nii.gz

-d, --dump-meta
Đưa dữ liệu meta đã trích xuất vào tệp JSON có cùng tên cơ sở với
tạo ra Nifti

--nhúng-meta
Nhúng dữ liệu meta được trích xuất vào phần mở rộng tiêu đề Nifti (ở định dạng JSON).

Stacking Tùy chọn:
-g NHÓM_BY, - từng nhóm một GROUP_BY
Danh sách các khóa dữ liệu meta được phân tách bằng dấu phẩy để nhóm các tệp đầu vào thành ngăn xếp với.

--voxel-thứ tự VOXEL_ORDER
Thứ tự các voxels để các chỉ số không gian bắt đầu từ các hướng này một cách kiên nhẫn
không gian. Các chỉ dẫn trong không gian bệnh nhân phải được cung cấp dưới dạng mã ba ký tự:
(l) eft, (r) ight, (a) nterior, (p) osterior, (s) uperior, (i) nferior. Vượt qua một khoảng trống
chuỗi sẽ vô hiệu hóa định hướng lại. Mặc định: LAS

-t TIME_VAR, --time-var TIME_VAR
Từ khóa phần tử DICOM để sử dụng để sắp xếp thứ tự ngăn xếp dọc theo thứ nguyên thời gian.

--vector-var VECTOR_VAR
Từ khóa phần tử DICOM để sử dụng để sắp xếp thứ tự ngăn xếp dọc theo thứ nguyên vectơ.

--giờ đặt hàng GIỜ ĐẶT HÀNG
Cung cấp tệp văn bản với thứ tự mong muốn cho các giá trị (một trên mỗi dòng) của
thuộc tính được sử dụng làm biến thời gian. Tùy chọn này hiếm khi cần thiết.

--vector-thứ tự VECTOR_ORDER
Cung cấp tệp văn bản với thứ tự mong muốn cho các giá trị (một trên mỗi dòng) của
thuộc tính được sử dụng làm biến vectơ. Tùy chọn này hiếm khi cần thiết.

Siêu dữ liệu Khai thác và Lọc Tùy chọn:
-l, - người dịch danh sách
Liệt kê những người dịch đã bật và thoát

- vô hiệu hóa-dịch giả DISABLE_TRANSLATOR
Tắt trình dịch cho các thẻ được cung cấp. Các thẻ phải được cung cấp theo định dạng
"0x0_0x0". Nhiều hơn một có thể được đưa ra trong danh sách được phân tách bằng dấu phẩy. Nếu từ "tất cả"
được cung cấp, tất cả các trình dịch sẽ bị vô hiệu hóa.

--extract-riêng tư
Trích xuất dữ liệu meta từ các phần tử riêng tư, ngay cả khi không có người dịch. Nếu
giá trị cho phần tử chứa byte không phải ascii nó sẽ vẫn bị bỏ qua. Các
dữ liệu meta được trích xuất vẫn có thể bị lọc ra bởi các biểu thức chính quy.

-i INCLUDE_REGEX, --include-regex INCLUDE_REGEX
Bao gồm bất kỳ dữ liệu meta nào trong đó khóa khớp với biểu thức chính quy được cung cấp. Cái này
sẽ ghi đè bất kỳ biểu thức loại trừ nào. Áp dụng cho tất cả dữ liệu meta.

-e EXCLUDE_REGEX, --loại trừ-regex EXCLUDE_REGEX
Loại trừ mọi dữ liệu meta trong đó khóa khớp với biểu thức chính quy được cung cấp. Cái này
sẽ bổ sung các biểu thức loại trừ mặc định. Áp dụng cho tất cả dữ liệu meta.

--default-regex
In danh sách bao gồm và loại trừ mặc định và thoát.

Tổng Quát Tùy chọn:
-v, --dài dòng
In thông tin bổ sung.

--khắt khe
Không thành công ở ngoại lệ đầu tiên thay vì hiển thị cảnh báo.

--phiên bản
Hiển thị phiên bản và thoát.

BẠN CÓ TRÁCH NHIỆM ĐỂ BIẾT NẾU CÓ THÔNG TIN Y TẾ RIÊNG TRONG METADATA
TRÍCH THEO CHƯƠNG TRÌNH NÀY.

Sử dụng dcmstack trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net