e-PCR - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

e-PCR - Tìm các trang web được gắn thẻ trình tự (STS) trong trình tự DNA

SYNOPSIS

PCR điện tử [-hV] [tùy chọn posix] tập tin sts [nhanh chóng ...] [tùy chọn tương thích]

MÔ TẢ

Chương trình thay thế vụ nổ ở vị trí của các cặp mồi trên bộ gen có thể
mang lại sản phẩm PCR.

LỰA CHỌN

posix-options là:

-m =## Ký quỹ (mặc định 50)

-w =## Wordsize (mặc định 7)

-n =## Số lượng không khớp tối đa được phép (mặc định là 0)

-g =## Số indels tối đa được phép (mặc định là 0)

-f =## Sử dụng ## từ không rõ ràng, chậm nếu ##> 1

-o =## Đặt tệp đầu ra

-t =## Đặt định dạng đầu ra:

1 - cổ điển, phạm vi (pos1..pos2)

2 - cổ điển, điểm giữa

3 - dạng bảng

4 - dạng bảng với sự căn chỉnh trong nhận xét (chậm)

-d =## - ## Đặt phạm vi kích thước mặc định (mặc định 100-350)

-p =+- Bật / tắt lượt truy cập postprocess

-v =## Cờ chi tiết

-a =a | f Sử dụng căn chỉnh đặt trước (chỉ khi khoảng cách> 0), làm chậm

a - Luôn luôn hoặc f - như Dự phòng

-x =+- Sử dụng mặt nạ chữ thường 5'-end của sơn lót (mặc định -)

-u =+- Viết hoa tất cả các đoạn mồi (mặc định -)

compat-options (tùy chọn posix trùng lặp) là

M=## Ký quỹ (mặc định 50)

W=## Wordsize (mặc định 7)

N=## Số lượng không khớp được phép (mặc định là 0)

G=## Số indels tối đa được phép (mặc định là 0)

F=## Sử dụng ## từ không liên tục

O=## Đặt tệp đầu ra thành ##

T=## Đặt định dạng đầu ra (1..3)

D=## - ## Đặt phạm vi kích thước mặc định

P=+- Bật / tắt lượt truy cập hậu xử lý

V=## Cờ chi tiết

A=a | f Sử dụng căn chỉnh đặt trước (chỉ khi khoảng cách> 0), làm chậm

a - Luôn luôn hoặc f - như Dự phòng

X=+- Sử dụng mặt nạ chữ thường 5'-end của sơn lót (mặc định -)

U=+- Viết hoa tất cả các đoạn mồi (mặc định -)

-giữa Tương tự như T = 2

Để biết thông tin về các tùy chọn khác, chỉ cần gọi PCR điện tử mà không có bất kỳ tùy chọn nào.

Sử dụng e-PCR trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net