eprimer3e - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

eprimer3 - Chọn mồi PCR và oligos lai

SYNOPSIS

lớp sơn lót3 -sự nối tiếp tiếp theo [-lót bật lên] -bài tập [-đầu dò lai bật lên]
-mishyblibraryfile trong tập tin -misprimingtập tin thư viện trong tập tin [-numreturn số nguyên]
[-bao gồm khu vực phạm vi] [-khu vực mục tiêu phạm vi] [-khu vực bị loại trừ phạm vi]
[-đầu ra chuỗi] [-đảo ngược chuỗi] -gclamp số nguyên -kích thước số nguyên
-có kích thước số nguyên -tích thước số nguyên -otm phao -mintm phao -maxtm phao
-maxdifftm phao -occpercent phao -mingc phao -maxgc phao -saltconc phao
-dnaconc phao -maxpolyx số nguyên -psiopt số nguyên -prange phạm vi -ptmopt phao
-ptmmin phao -ptmmax phao -oexcludedkhu vực phạm vi -oligođầu vào chuỗi
-osizeopt số nguyên -ominsize số nguyên -omaxsize số nguyên -otmopt phao -otmmin phao
-otmmax phao -ogcopt phao -ogcmin phao -ogcmax phao -osaltconc phao
-odnaconc phao -chính mình phao -tính mình phao -opolyxmax số nguyên
-omishybmax phao -giải thích cờ boolean -fileflag boolean -firstbaseindex số nguyên
- đường đi boolean -maxmispriming phao -pairmaxmispriming phao
-numnsaccepted số nguyên -tự sướng phao -mang lại phao -độ bền tối đa phao
-outfile ô uế

lớp sơn lót3 -Cứu giúp

MÔ TẢ

lớp sơn lót3 là một chương trình dòng lệnh từ EMBOSS (“Tổ chức Sinh học Phân tử Châu Âu Mở rộng
Bộ phần mềm"). Nó là một phần của (các) nhóm lệnh "Nucleic: Primers".

LỰA CHỌN

Đầu vào phần
-sự nối tiếp tiếp theo
Trình tự chọn mồi. Trình tự phải được trình bày từ 5 'đến 3'

-lót bật lên
Yêu cầu EPrimer3 chọn (các) lớp sơn lót Giá trị mặc định: Y

-bài tập
Cho EPrimer3 biết nhiệm vụ cần thực hiện. Giá trị pháp lý là 1: 'Chọn mồi PCR', 2: 'Chọn
chỉ sơn lót thuận ', 3:' Chỉ chọn sơn lót ngược ', 4:' Không cần sơn lót '. Vỡ nợ
giá trị: 1

-đầu dò lai bật lên
Một 'oligo bên trong' được thiết kế để sử dụng như một đầu dò lai tạo (đầu dò hyb) để
phát hiện sản phẩm PCR sau khi khuếch đại. Giá trị mặc định: N

-mishyblibraryfile trong tập tin
Tương tự như MISPRIMING-LIBRARY, ngoại trừ sự kiện chúng tôi tìm cách tránh là sự kết hợp
của oligo bên trong tới các chuỗi trong thư viện này thay vì mồi từ chúng. Các
tệp phải ở định dạng FASTA (hơi hạn chế) (WB Pearson và DJ Lipman,
PNAS 85: 8 trang 2444-2448 [1988]); chúng tôi thảo luận ngắn gọn về tổ chức của tệp này
phía dưới. Nếu tham số này được chỉ định thì EPrimer3 sẽ căn chỉnh cục bộ từng ứng viên
oligo chống lại từng trình tự thư viện và từ chối những đoạn mồi mà cục bộ
điểm căn chỉnh lần một trọng lượng cụ thể (xem bên dưới) vượt quá
NỘI BỘ-OLIGO-MAX-MISHYB. (Giá trị lớn nhất của trọng lượng được đặt tùy ý thành
12.0.) Mỗi ​​mục nhập trình tự trong tệp định dạng FASTA phải bắt đầu bằng 'dòng id'
bắt đầu bằng '>'. Nội dung của dòng id 'bị hạn chế một chút' trong EPrimer3 đó
phân tích cú pháp mọi thứ sau bất kỳ dấu hoa thị tùy chọn nào ('*') dưới dạng số dấu phẩy động để sử dụng
như trọng lượng nói trên. Nếu dòng id không chứa dấu hoa thị thì trọng số
mặc định là 1.0. Hệ thống cho điểm căn chỉnh được sử dụng giống như để tính toán
sự bổ sung giữa các oligos (ví dụ: TỰ BẤT KỲ). Phần còn lại của một mục nhập chứa
trình tự dưới dạng các dòng theo sau dòng id cho đến khi dòng bắt đầu bằng '>' hoặc cuối
của tệp. Khoảng trắng và dòng mới bị bỏ qua. Các ký tự 'A', 'T', 'G', 'C', 'a',
't', 'g', 'c' được giữ lại và bất kỳ ký tự nào khác được chuyển thành 'N' (với
hậu quả là bất kỳ mã IUB / IUPAC nào cho các cơ sở không rõ ràng đều được chuyển đổi thành 'N').
Không có giới hạn về độ dài dòng. Giá trị trống cho tham số này cho biết
rằng không nên sử dụng thư viện.

-misprimingtập tin thư viện trong tập tin
Tên của tệp chứa thư viện trình tự nucleotit của các trình tự cần tránh
khuếch đại (ví dụ: trình tự lặp lại hoặc có thể là trình tự của các gen trong một
họ gen không được khuếch đại.) Tệp phải ở trong (bị hạn chế một chút)
Định dạng FASTA (WB Pearson và DJ Lipman, PNAS 85: 8 trang 2444-2448 [1988]); chúng tôi
thảo luận ngắn gọn về tổ chức của tệp này dưới đây. Nếu tham số này được chỉ định
sau đó EPrimer3 sắp xếp cục bộ từng đoạn mồi ứng viên so với từng trình tự thư viện và
từ chối những mồi mà điểm liên kết cục bộ nhân với trọng lượng xác định
(xem bên dưới) vượt quá MAX-MISPRIMING. (Giá trị lớn nhất của trọng lượng là tùy ý
đặt thành 100.0.) Mỗi ​​mục nhập trình tự trong tệp định dạng FASTA phải bắt đầu bằng 'id
dòng 'bắt đầu bằng'> '. Nội dung của dòng id bị 'hạn chế một chút' trong
EPrimer3 đó phân tích cú pháp mọi thứ sau bất kỳ dấu hoa thị tùy chọn nào ('*') dưới dạng dấu phẩy động
số để sử dụng như trọng lượng đã đề cập ở trên. Nếu dòng id không chứa dấu hoa thị thì
trọng lượng mặc định là 1.0. Hệ thống cho điểm căn chỉnh được sử dụng giống như đối với
tính toán bổ sung giữa các oligos (ví dụ: TỰ BẤT KỲ). Phần còn lại của một mục nhập
chứa chuỗi dưới dạng các dòng theo sau dòng id cho đến dòng bắt đầu bằng '>'
hoặc phần cuối của tệp. Khoảng trắng và dòng mới bị bỏ qua. Các ký tự 'A', 'T', 'G',
'C', 'a', 't', 'g', 'c' được giữ lại và bất kỳ ký tự nào khác được chuyển thành 'N' (với
hậu quả là bất kỳ mã IUB / IUPAC nào cho các cơ sở không rõ ràng đều được chuyển đổi thành 'N').
Không có giới hạn về độ dài dòng. Giá trị trống cho tham số này cho biết
rằng không nên sử dụng thư viện lặp lại.

thêm vào phần
chương trình lựa chọn
-numreturn số nguyên
Số lượng cặp mồi tối đa để trả về. Các cặp mồi trả về được sắp xếp theo
'chất lượng' của chúng, hay nói cách khác là theo giá trị của hàm mục tiêu (trong đó
số chỉ cặp mồi tốt hơn). Thận trọng: đặt thông số này thành lớn
giá trị sẽ tăng thời gian chạy. Giá trị mặc định: 5

Trình tự lựa chọn
-bao gồm khu vực phạm vi
Một vùng con của trình tự đã cho để chọn mồi. Ví dụ, thường
các cơ sở hàng chục đầu tiên của một dãy là vectơ và cần được loại trừ khỏi
Sự xem xét. Giá trị cho tham số này có dạng (bắt đầu), (kết thúc) trong đó (bắt đầu)
là chỉ số của cơ sở đầu tiên cần xem xét và (end) là chỉ số cuối cùng trong
vùng hái mồi.

-khu vực mục tiêu phạm vi
Nếu một hoặc nhiều Mục tiêu được chỉ định thì một cặp mồi hợp pháp phải xếp cạnh ít nhất một
của họ. Mục tiêu có thể là một trang web lặp lại trình tự đơn giản (ví dụ: lặp lại CA) hoặc
đa hình một cặp bazơ. Giá trị phải là danh sách được phân tách bằng dấu cách
(bắt đầu), (kết thúc) các cặp trong đó (bắt đầu) là chỉ số của cơ sở đầu tiên của Mục tiêu, và
(end) là cuối cùng VD 50,51 yêu cầu mồi bao quanh 2 base ở vị trí 50
và 51.

-khu vực bị loại trừ phạm vi
Các oligos sơn lót không được chồng lên bất kỳ vùng nào được chỉ định trong thẻ này. Giá trị liên kết
phải là danh sách được phân tách bằng dấu cách gồm các cặp (bắt đầu), (kết thúc) trong đó (bắt đầu) là chỉ mục của
cơ sở đầu tiên của vùng bị loại trừ và và (cuối) là cơ sở cuối cùng. Thẻ này hữu ích
cho các tác vụ như loại trừ các vùng có chất lượng trình tự thấp hoặc loại trừ các vùng
chứa các phần tử lặp lại như ALU hoặc LINE. Ví dụ: 401,407 68,70 cấm
lựa chọn mồi trong 7 gốc bắt đầu ở 401 và 3 gốc ở 68.

-đầu ra chuỗi
Trình tự của lớp sơn lót thuận cần kiểm tra và xung quanh việc thiết kế lớp sơn lót ngược
và oligos nội bộ tùy chọn. Phải là một chuỗi con của SEQUENCE.

-đảo ngược chuỗi
Trình tự của sơn lót ngược cần kiểm tra và xung quanh việc thiết kế sơn lót thuận
và oligos nội bộ tùy chọn. Phải là một chuỗi con của chuỗi ngược lại của SEQUENCE.

Primer lựa chọn
-gclamp số nguyên
Yêu cầu số lượng G và C liên tiếp được chỉ định ở cuối 3 'của cả hai
thuận và nghịch mồi. (Tham số này không ảnh hưởng đến oligo bên trong nếu một
được yêu cầu.)

-kích thước số nguyên
Chiều dài tối ưu (tính theo bazơ) của oligo mồi. EPrimer3 sẽ cố gắng chọn mồi
gần với độ dài này. Giá trị mặc định: 20

-có kích thước số nguyên
Chiều dài tối thiểu chấp nhận được của lớp sơn lót. Phải lớn hơn 0 và nhỏ hơn hoặc bằng
thành MAX-SIZE. Giá trị mặc định: 18

-tích thước số nguyên
Chiều dài tối đa có thể chấp nhận được (tính theo cơ sở) của lớp sơn lót. Hiện tại thông số này không thể là
lớn hơn 35. Giới hạn này được điều chỉnh bởi kích thước oligo tối đa mà EPrimer3's
nhiệt độ nóng chảy là hợp lệ. Giá trị mặc định: 27

-otm phao
Nhiệt độ nóng chảy tối ưu (độ C) cho oligo sơn lót. EPrimer3 sẽ cố gắng chọn
mồi có nhiệt độ nóng chảy gần với nhiệt độ này. Sự tan chảy oligo
công thức nhiệt độ trong EPrimer3 là công thức được đưa ra trong Rychlik, Spencer và Rhoads, Nucleic
Nghiên cứu axit, tập 18, số 21, trang 6409-6412 và Breslauer, Frank, Bloecker và Marky,
Proc. Natl. Acad. Khoa học. Hoa Kỳ, tập 83, trang 3746-3750. Vui lòng tham khảo bài báo cũ cho
thảo luận nền tảng. Giá trị mặc định: 60.0

-mintm phao
Nhiệt độ nóng chảy tối thiểu có thể chấp nhận được (độ C) đối với oligo sơn lót. Giá trị mặc định:
57.0

-maxtm phao
Nhiệt độ nóng chảy tối đa có thể chấp nhận được (độ C) đối với oligo sơn lót. Giá trị mặc định:
63.0

-maxdifftm phao
Chênh lệch tối đa có thể chấp nhận được (không dấu) giữa nhiệt độ nóng chảy của
thuận và nghịch mồi. Giá trị mặc định: 100.0

-occpercent phao
Phần trăm GC tối ưu của sơn lót. Giá trị mặc định: 50.0

-mingc phao
Tỷ lệ Gs và Cs tối thiểu cho phép trong bất kỳ loại sơn lót nào. Giá trị mặc định: 20.0

-maxgc phao
Tỷ lệ Gs và Cs tối đa cho phép trong bất kỳ lớp sơn lót nào do Primer tạo ra. Vỡ nợ
giá trị: 80.0

-saltconc phao
Nồng độ milimolar của muối (thường là KCl) trong PCR. EPrimer3 sử dụng cái này
biện luận để tính nhiệt độ nóng chảy oligo. Giá trị mặc định: 50.0

-dnaconc phao
Nồng độ nano của oligos ủ trong PCR. EPrimer3 sử dụng cái này
biện luận để tính nhiệt độ nóng chảy oligo. Mặc định (50nM) hoạt động tốt với
giao thức tiêu chuẩn được sử dụng tại Trung tâm Nghiên cứu Bộ gen Whitehead / MIT - 0.5
microlit có nồng độ 20 micromolar cho mỗi oligo mồi trong 20 microlit
phản ứng với mẫu 10 nanogram, 0.025 đơn vị / microlit Taq polymerase trong 0.1 mM
mỗi dNTP, 1.5mM MgCl2, 50mM KCl, 10mM Tris-HCL (pH 9.3) sử dụng 35 chu kỳ với
nhiệt độ ủ 56 độ C. Tham số này tương ứng với 'c' trong
Phương trình Rychlik, Spencer và Rhoads '(ii) (Nghiên cứu axit hạt nhân, tập 18, số 21)
trong đó giá trị phù hợp (đối với nồng độ ban đầu thấp hơn của mẫu) là 'theo kinh nghiệm
xác định'. Giá trị của thông số này nhỏ hơn nồng độ thực tế của
oligos trong phản ứng vì nó là nồng độ của oligos ủ, trong đó
lần lượt phụ thuộc vào lượng tiêu bản (bao gồm cả sản phẩm PCR) trong một chu kỳ nhất định. Cái này
nồng độ tăng lên rất nhiều trong quá trình PCR; may mắn thay, PCR có vẻ khá mạnh mẽ
cho nhiều loại nhiệt độ nóng chảy oligo. Xem LỜI KHUYÊN ĐỂ ĐÓNG CỬA HÀNG. Vỡ nợ
giá trị: 50.0

-maxpolyx số nguyên
Chiều dài tối đa cho phép của đoạn lặp lại mononucleotit trong đoạn mồi, ví dụ
AAAAAA. Giá trị mặc định: 5

Sản phẩm lựa chọn
-psiopt số nguyên
Kích thước tối ưu cho sản phẩm PCR. 0 chỉ ra rằng không có sản phẩm tối ưu
kích thước. Giá trị mặc định: 200

-prange phạm vi
Các giá trị được liên kết chỉ định độ dài của sản phẩm mà người dùng muốn
mồi để tạo và là danh sách được phân tách bằng dấu cách gồm các phần tử có dạng (x) - (y) trong đó
cặp an (x) - (y) là phạm vi độ dài hợp pháp của sản phẩm. Ví dụ, nếu một người muốn
Các sản phẩm PCR phải có từ 100 đến 150 gốc (bao gồm) thì người ta sẽ đặt giá trị này
tham số 100-150. Nếu một người mong muốn các sản phẩm PCR trong phạm vi từ 100 đến 150
cơ sở hoặc trong phạm vi từ 200 đến 250 cơ sở thì người ta sẽ đặt tham số này thành
100-150 200-250. Các phạm vi ủng hộ EPrimer3 ở phía bên trái của chuỗi tham số.
EPrimer3 sẽ trả về các cặp mồi hợp pháp trong phạm vi đầu tiên bất kể giá trị của
hàm mục tiêu cho các cặp này. Chỉ khi không có đủ số lượng
sơn lót trong phạm vi đầu tiên EPrimer3 sẽ trả lại sơn lót trong phạm vi tiếp theo. Vỡ nợ
giá trị: 100-300

-ptmopt phao
Nhiệt độ nóng chảy tối ưu cho sản phẩm PCR. 0 chỉ ra rằng không có
nhiệt độ tối ưu. Giá trị mặc định: 0.0

-ptmmin phao
Nhiệt độ nóng chảy nhỏ nhất cho phép của amplicon. Vui lòng xem tài liệu
về nhiệt độ nóng chảy lớn nhất của sản phẩm đối với chi tiết. Giá trị mặc định:
-1000000.0

-ptmmax phao
Nhiệt độ nóng chảy lớn nhất cho phép của amplicon. Tm sản phẩm được tính
sử dụng công thức từ Bolton và McCarthy, PNAS 84: 1390 (1962) như được trình bày trong
Sambrook, Fritsch và Maniatis, Nhân bản phân tử, trang 11.46 (1989, Nhà xuất bản CSHL). Tm =
81.5 + 16.6 (log10 ([Na +])) + .41 * (% GC) - 600 / chiều dài Trong đó [Na +} là mol natri
nồng độ, (% GC) là phần trăm Gs và Cs trong trình tự, và độ dài là
độ dài của dãy số. Một công thức tương tự được sử dụng bởi lựa chọn mồi chính
trong GCG, thay vào đó sử dụng 675.0 / length trong thuật ngữ cuối cùng (sau F. Baldino,
Jr, M.-F. Chesselet, và ME Lewis, Phương pháp trong Enzymology 168: 766 (1989) eqn (1) on
trang 766 mà không có các điều khoản không phù hợp và formamide). Các công thức ở đây và trong Baldino
et al. giả sử Na + chứ không phải K +. Theo JG Wetmur, Các bài đánh giá phê bình trong
BioChem. và Mol. Tiểu sử. 26: 227 (1991) 50 mM K + nên tương đương trong các công thức này
thành .2 M Na +. EPrimer3 sử dụng cùng một giá trị nồng độ muối để tính cả
nhiệt độ nóng chảy mồi và nhiệt độ nóng chảy oligo. Nếu bạn đang dự định
sử dụng sản phẩm PCR để lai sau này hành vi này sẽ không cung cấp cho bạn Tm
trong điều kiện lai hóa. Giá trị mặc định: 1000000.0

nội thiểu số đầu vào
-oexcludedkhu vực phạm vi
Các ô căn giữa không được chồng lên bất kỳ vùng nào được chỉ định bởi thẻ này. Giá trị liên kết
phải là danh sách các cặp (bắt đầu), (kết thúc) được phân tách bằng dấu cách, trong đó (bắt đầu) là chỉ mục của
cơ sở đầu tiên của vùng bị loại trừ và (cuối) là cơ sở cuối cùng. Thường thì người ta sẽ làm
Nhắm mục tiêu các khu vực bị loại trừ cho các khu vực nội bộ.

-oligođầu vào chuỗi
Trình tự của một oligo bên trong để kiểm tra và xung quanh đó để thiết kế chuyển tiếp và
ngược mồi. Phải là một chuỗi con của SEQUENCE.

nội thiểu số lựa chọn
-osizeopt số nguyên
Chiều dài tối ưu (tính theo cơ sở) của một oligo bên trong. EPrimer3 sẽ cố gắng chọn mồi
gần với độ dài này. Giá trị mặc định: 20

-ominsize số nguyên
Chiều dài tối thiểu có thể chấp nhận được của một oligo bên trong. Phải lớn hơn 0 và nhỏ hơn
hoặc bằng INTERNAL-OLIGO-MAX-SIZE. Giá trị mặc định: 18

-omaxsize số nguyên
Chiều dài tối đa có thể chấp nhận được (tính theo đế) của một oligo bên trong. Hiện tại thông số này
không được lớn hơn 35. Giới hạn này được điều chỉnh bởi kích thước oligo tối đa mà
Nhiệt độ nóng chảy của EPrimer3 là hợp lệ. Giá trị mặc định: 27

-otmopt phao
Nhiệt độ nóng chảy tối ưu (độ C) cho oligo bên trong. EPrimer3 sẽ cố gắng chọn
oligos có nhiệt độ nóng chảy gần với nhiệt độ này. Sự tan chảy oligo
công thức nhiệt độ trong EPrimer3 là công thức được đưa ra trong Rychlik, Spencer và Rhoads, Nucleic
Nghiên cứu axit, tập 18, số 21, trang 6409-6412 và Breslauer, Frank, Bloecker và Marky,
Proc. Natl. Acad. Khoa học. Hoa Kỳ, tập 83, trang 3746-3750. Vui lòng tham khảo bài báo cũ cho
thảo luận nền tảng. Giá trị mặc định: 60.0

-otmmin phao
Nhiệt độ nóng chảy tối thiểu có thể chấp nhận được (độ C) đối với oligo bên trong. Giá trị mặc định:
57.0

-otmmax phao
Nhiệt độ nóng chảy tối đa có thể chấp nhận được (độ C) đối với oligo bên trong. Giá trị mặc định:
63.0

-ogcopt phao
Phần trăm GC tối ưu oligo bên trong. Giá trị mặc định: 50.0

-ogcmin phao
Tỷ lệ Gs và Cs tối thiểu cho phép trong oligo bên trong. Giá trị mặc định: 20.0

-ogcmax phao
Tỷ lệ Gs và Cs tối đa cho phép trong bất kỳ oligo bên trong nào do Primer tạo ra.
Giá trị mặc định: 80.0

-osaltconc phao
Nồng độ milimolar của muối (thường là KCl) trong phép lai. EPrimer3 sử dụng
đối số này để tính toán nhiệt độ nóng chảy bên trong oligo. Giá trị mặc định: 50.0

-odnaconc phao
Nồng độ nano của oligo bên trong ủ trong quá trình lai hóa. Vỡ nợ
giá trị: 50.0

-chính mình phao
Điểm căn chỉnh cục bộ tối đa cho phép khi thử nghiệm oligo nội bộ cho (cục bộ)
tính tự bổ sung. Tính tự bổ sung cục bộ được thực hiện để dự đoán xu hướng
oligos để ủ cho chính họ Hệ thống tính điểm cho 1.00 cho các cơ sở bổ sung,
-0.25 cho một kết quả phù hợp của bất kỳ cơ sở nào (hoặc N) với N, -1.00 cho một điểm không khớp và -2.00 cho một
khoảng cach. Chỉ cho phép các khoảng trống cặp cơ sở duy nhất. Ví dụ: căn chỉnh 5 'ATCGNA 3'
|| | | Cho phép 3 'TA-CGT 5' (và cho điểm 1.75), nhưng căn chỉnh 5 '
ATCCGNA 3 '|| | | 3 'TA - CGT 5' không được xem xét. Điểm không âm và
điểm 0.00 cho thấy rằng không có sự liên kết cục bộ hợp lý giữa hai
oligos. Giá trị mặc định: 12.00

-tính mình phao
Điểm căn chỉnh toàn cầu được neo 3 'tối đa cho phép khi thử nghiệm một oligo
để tự bổ sung cho nhau. Hệ thống tính điểm dành cho Mức độ bổ sung tối đa
tranh luận. Trong các ví dụ trên, điểm số lần lượt là 7.00 và 6.00. Điểm là
không tiêu cực và điểm số là 0.00 cho thấy rằng không có 3'-neo hợp lý
liên kết toàn cầu giữa hai oligos. Để ước tính toàn cầu được cố định 3 '
căn chỉnh cho các oligos ứng viên, Primer giả định rằng trình tự để chọn
oligos được trình bày từ 5 'đến 3'. INTERNAL-OLIGO-SELF-END là vô nghĩa khi áp dụng cho
các oligos bên trong được sử dụng để phát hiện dựa trên lai ghép, vì primer-dimer sẽ không
xảy ra. Chúng tôi khuyên bạn nên đặt INTERNAL-OLIGO-SELF-END ít nhất bằng
NỘI BỘ-OLIGO-TỰ MỌI. Giá trị mặc định: 12.00

-opolyxmax số nguyên
Chiều dài tối đa cho phép của đoạn lặp lại mononucleotit bên trong, ví dụ
AAAAAA. Giá trị mặc định: 5

-omishybmax phao
Tương tự với MAX-MISPRIMING ngoại trừ tham số này áp dụng cho sự tương tự của
ứng cử viên nội bộ phù hợp với thư viện được chỉ định trong INTERNAL-OLIGO-MISHYB-LIBRARY.
Giá trị mặc định: 12.0

Nâng cao phần
-giải thích cờ boolean
Nếu cờ này là true, tạo LEFT-EXPLAIN, RIGHT-EXPLAIN và INTERNAL-OLIGO-EXPLAIN
các thẻ đầu ra, nhằm cung cấp thông tin về số lượng ô và
các cặp mồi mà EPrimer3 đã kiểm tra và thống kê về số lượng bị loại bỏ cho
nhiều lý do khác nhau. Giá trị mặc định: N

-fileflag boolean
Nếu giá trị được liên kết là đúng, thì EPrimer3 sẽ tạo hai tệp đầu ra cho mỗi đầu vào
SỰ NỐI TIẾP. Tệp (id trình tự) .for liệt kê tất cả các đoạn mồi chuyển tiếp được chấp nhận cho
(serial-id) và (serial-id) .rev liệt kê tất cả các đoạn mồi ngược được chấp nhận cho
(serial-id), trong đó (serial-id) là giá trị của thẻ SEQUENCE-ID (phải là
cung cấp). Ngoài ra, nếu thẻ đầu vào TASK là 1 hoặc 4, EPrimer3 sẽ tạo ra một tệp
(serial-id) .int, liệt kê tất cả các oligos nội bộ có thể chấp nhận được. Giá trị mặc định: N

-firstbaseindex số nguyên
Tham số này là chỉ số của cơ sở đầu tiên trong chuỗi đầu vào. Đối với đầu vào và
đầu ra bằng cách sử dụng lập chỉ mục dựa trên 1 (chẳng hạn như được sử dụng trong GenBank và cho nhiều người dùng
quen thuộc) đặt tham số này thành 1. Đối với đầu vào và đầu ra bằng cách sử dụng lập chỉ mục dựa trên 0
đặt tham số này thành 0. (Tham số này cũng ảnh hưởng đến các chỉ mục trong nội dung của
các tệp được tạo khi cờ tệp mồi được đặt.) Giá trị mặc định: 1

- đường đi boolean
Nếu đúng, hãy chọn một cặp mồi ngay cả khi LEFT-INPUT, RIGHT-INPUT hoặc INTERNAL-OLIGO-INPUT
vi phạm các ràng buộc cụ thể. Giá trị mặc định: N

-maxmispriming phao
Mức tương tự có trọng số tối đa được phép với bất kỳ chuỗi nào trong MISPRIMING-LIBRARY.
Giá trị mặc định: 12.00

-pairmaxmispriming phao
Tổng tối đa cho phép của các điểm giống nhau có trọng số của một cặp mồi (một điểm tương tự cho
mỗi đoạn mồi) với bất kỳ trình tự đơn nào trong MISPRIMING-LIBRARY. Giá trị mặc định: 24.00

-numnsaccepted số nguyên
Số lượng bazơ không xác định (N) tối đa cho phép trong bất kỳ loại sơn lót nào.

-tự sướng phao
Điểm căn chỉnh cục bộ tối đa cho phép khi kiểm tra một lớp sơn lót duy nhất cho (cục bộ)
tính tự bổ sung và điểm căn chỉnh cục bộ tối đa cho phép khi kiểm tra
bổ sung giữa mồi thuận và mồi nghịch. Tính tự bổ sung cục bộ là
được thực hiện để dự đoán xu hướng của các mồi ủ với nhau mà không nhất thiết phải
gây ra hiện tượng tự mồi trong PCR. Hệ thống tính điểm cho 1.00 cho phần bổ sung
bazơ, -0.25 cho sự phù hợp của bất kỳ cơ sở nào (hoặc N) với N, -1.00 cho sự không phù hợp và -2.00
cho một khoảng trống. Chỉ cho phép các khoảng trống cặp cơ sở duy nhất. Ví dụ, căn chỉnh 5 '
ATCGNA 3 '... || | | 3 'TA-CGT 5' được phép (và cho điểm 1.75), nhưng
căn chỉnh 5 'ATCCGNA 3' ... || | | 3 'TA - CGT 5' không được xem xét. Điểm là
không âm và điểm 0.00 cho thấy rằng không có địa phương hợp lý
sự liên kết giữa hai oligos. Giá trị mặc định: 8.00

-mang lại phao
Điểm căn chỉnh toàn cầu được neo 3 'tối đa cho phép khi kiểm tra một lớp sơn lót duy nhất
để tự bổ sung và điểm số liên kết toàn cầu cố định 3'tối đa cho phép
khi kiểm tra tính bổ sung giữa mồi thuận và mồi nghịch. 3'-neo
điểm liên kết toàn cầu được thực hiện để dự đoán khả năng PCR mồi
primer-dimers, ví dụ 5 'ATGCCCTAGCTTCCGGATG 3' ............. ||| |||||
.......... 3 'AAGTCCTACATTTAGCCTAGT 5' hoặc 5 'AGGCTATGGGCCTCGCGA 3'
............... |||||| ............ 3 'AGCGCTCCGGGTATCGGA 5' Hệ thống tính điểm như
cho đối số Mức bổ sung tối đa. Trong các ví dụ trên, điểm số là 7.00
và 6.00 tương ứng. Điểm không âm và điểm 0.00 cho thấy rằng
không có sự liên kết toàn cầu cố định 3 'hợp lý giữa hai oligos. Để
ước tính các liên kết toàn cầu được neo 3 'cho các mồi ứng viên và các cặp sơn lót, Primer
giả định rằng trình tự chọn mồi được trình bày từ 5 'đến 3'. Nó là
vô nghĩa để cung cấp giá trị lớn hơn cho tham số này so với giá trị Tối đa (cục bộ)
Tham số mức độ bổ sung vì điểm của sự liên kết cục bộ sẽ luôn ở
ít nhất là tuyệt vời như điểm của một liên kết toàn cầu. Giá trị mặc định: 3.00

Primer hình phạt trọng lượng
-độ bền tối đa phao
Độ ổn định tối đa đối với các gốc năm 3 'của lớp sơn lót thuận hoặc nghịch. To hơn
số có nghĩa là 3 'kết thúc ổn định hơn. Giá trị là delta G tối đa cho song công
gián đoạn cho các cơ sở năm 3 'như được tính toán bằng cách sử dụng các tham số lân cận gần nhất
được xuất bản trong Breslauer, Frank, Bloecker và Marky, Proc. Natl. Acad. Khoa học. Hoa Kỳ, tập 83,
trang 3746-3750. EPrimer3 sử dụng giá trị mặc định hoàn toàn được phép để lùi
khả năng tương thích (mà chúng tôi có thể thay đổi trong bản phát hành tiếp theo). Rychlik đề xuất mức tối đa
giá trị 9 (Wojciech Rychlik, 'Lựa chọn mồi cho phản ứng chuỗi polymerase' trong
BA White, Ed., 'Các phương pháp trong sinh học phân tử, Vol. 15: Giao thức PCR: Phương pháp hiện tại
và Ứng dụng ', 1993, trang 31-40, Humana Press, Totowa NJ). Giá trị mặc định: 9.0

Đầu ra phần
-outfile ô uế

Sử dụng eprimer3e trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net