freecontact - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

freecontact - công cụ dự đoán tiếp xúc protein nhanh

SYNOPSIS

freecontact [TÙY CHỌN]

freecontact --parprof [evfold | psicov | psicov-sd] <alignment.aln> Contacts.out

/ usr / share / freecontact / a2m2aln --query '^ RASH_HUMAN / (\ d +)' <alignment.fa | liên hệ tự do
--parprof evfold> danh bạ.out

freecontact --ali =ALIFILE --apply-gapth =BOOL --clustpc =NUM - mật độ =NUM --cov20 =BOOL
--estimate-ivcov =BOOL --gapth =NUM --icme-timeout =NUM --input-format =[phẳng | xml]
--mincontsep =NUM --output-format =[evfold | pfrmat_rr | bioxsd] --pseudocnt =NUM
--pscount-weight =NUM --rho =NUM --threads =NUM --veczw =BOOL

liên hệ miễn phí --help --debug --quiet --version

MÔ TẢ

FreeContact là một công cụ dự báo tiếp xúc với dư lượng protein được tối ưu hóa cho tốc độ. Liên hệ miễn phí có thể
hoạt động như một lượt truy cập nhanh cho các yếu tố dự đoán liên hệ đã xuất bản EVfold-mfDCA của
DS. Marks và cộng sự. (2011) [1], và PSICOV của D. Jones và cộng sự. (2011) [2].

FreeContact được tăng tốc nhờ sự kết hợp của các hướng dẫn vectơ, nhiều chuỗi và
thực hiện nhanh hơn các phần chính. Tùy thuộc vào sự căn chỉnh, tốc độ gấp 8 lần hoặc cao hơn
có thể.

Cần có sự liên kết đủ lớn để có kết quả có ý nghĩa. Theo tối thiểu, một
sự liên kết với số lượng trình tự hiệu quả (sau khi trọng số) lớn hơn độ dài của
trình tự truy vấn nên được sử dụng. Căn chỉnh với hàng chục nghìn chuỗi (hiệu quả)
được coi là đầu vào tốt.

búa khoan(1) hoặc hhblit(1) có thể được sử dụng để tạo các căn chỉnh, chẳng hạn.

[1] PLoS Một. 2011;6(12): e28766. doi: 10.1371 / journal.pone.0028766. Epub 2011 ngày 7 tháng XNUMX.
Cấu trúc 3D của protein được tính toán từ sự biến đổi trình tự tiến hóa. Đánh dấu DS, Colwell LJ,
Sheridan R, Hopf TA, Pagnani A, Zecchina R, Sander C.

[2] Tin sinh học. 2012 ngày 15 tháng XNUMX;28(2): 184-90. Epub 2011 ngày 17 tháng XNUMX. PSICOV: chính xác
dự đoán liên hệ cấu trúc sử dụng ước tính hiệp phương sai nghịch đảo thưa thớt trên bội số lớn
liên kết trình tự. Jones DT, Buchan DW, Cozzetto D, Pontil M.

Đầu vào
Các định dạng sau được hỗ trợ:

bằng phẳng
Định dạng tệp đầu vào đơn giản sau được sử dụng:

# querystart = 5
# query = QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
TRÌNH TỰ CÂU HỎI KHÔNG CÓ KHOẢNG CHÈN
-ALIGNED --- SEQUENCE - WITH-GAPS -----
MỘT NGƯỜI KHÁC ĐƯỢC KÝ KẾT ------------ SEQUENCE

Dòng tiêu đề '#' là tùy chọn. Dòng tiêu đề được sử dụng để tính toán dư lượng tiếp xúc
số và để tra cứu các dư lượng truy vấn tương ứng cho các định dạng đầu ra nhất định.

Nếu không có truy vấn nào được xác định, chuỗi đầu tiên trong căn chỉnh được sử dụng làm truy vấn
sự nối tiếp. Chuỗi truy vấn không được chứa khoảng trống trong căn chỉnh.

Tất cả các hàng căn chỉnh phải có cùng độ dài và chỉ có thể chứa
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-]. [B] được ánh xạ tới [D], [Z] được ánh xạ tới [E], [JOUX] là
được ánh xạ tới [X]. [X] chỉ khớp với chính nó cho toàn bộ chương trình.

Căn chỉnh đầu vào A2M có thể được chuyển đổi sang định dạng trên bằng cách sử dụng
/ usr / share / freecontact / a2m2aln. a2m2aln có thể được sử dụng để nối ống trực tiếp
vào freecontact.

xml Tài liệu XML với mộthttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
, được xác định trong giản đồ FreeContact [4] bắt nguồn từ BioXSD [5].

Ví dụ: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

Đầu ra
Định dạng đầu ra EVfold-mfDCA hoặc PSICOV ban đầu được sử dụng theo mặc định khi
hồ sơ tham số được chọn.

mở rộng (EVfold-mfDCA)
5 K 6 L 0.332129 3.59798
| | | | | + điểm liên hệ định mức (CN) đã hiệu chỉnh
| | | | + điểm thông tin lẫn nhau (MI)
| | | + mã dư axit amin liên hệ
| | + số dư lượng liên hệ
| + mã dư axit amin liên hệ
+ số dư lượng liên hệ

Địa chỉ liên hệ được sắp xếp theo số dư.

pfrmat_rr (PSICOV)
Định dạng dự đoán phân tách cặn-cặn CASP (PFRMAT RR) [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + điểm liên hệ
| | + - + phạm vi [Å] của khoảng cách Cb-Cb được dự đoán cho cặp cặn
| | (C-alpha cho glycine)
| | Hai trường này là bất biến trong đầu ra.
| + số dư lượng liên hệ
+ số dư lượng liên hệ

Địa chỉ liên hệ được sắp xếp theo điểm số, giảm dần.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi? page = format>

bioxsd
Tài liệu XML với mộthttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
, được xác định trong giản đồ FreeContact [4] bắt nguồn từ BioXSD [5].

Ví dụ: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

Lưu ý: vì BioXSD đang được phát triển tích cực với sự cộng tác của FreeContact,
Lược đồ FreeContact thực sự có thể được bắt nguồn từ một phiên bản chưa có sẵn tại [5].

[4]

[5]http://bioxsd.org>

Đầu ra có thể không liệt kê tất cả các địa chỉ liên hệ có thể có.

THAM KHẢO

Đã đệ trình. FreeContact: dự đoán tiếp xúc dư lượng cặn trực tiếp nhanh chóng và miễn phí.
Kaján L, Sustik MA, Marks DS, Hopf TA, Kalaš M, Rost B.

LỰA CHỌN

-a [--threads] arg
Đề bài sử dụng [0-). 0 có nghĩa là càng nhiều lõi.

--apply-gapth arg
Khi đúng, hãy loại trừ các cột và hàng dư có tần suất khoảng cách có trọng số> --gapth
từ ma trận hiệp phương sai [Boolean].

-c [--clustpc] arg
Phần trăm nhóm BLOSUM [0-100].

--cov20 tranh luận
Nếu đúng, hãy để một axit amin ra khỏi ma trận hiệp phương sai, làm cho nó không bị xác định quá mức
[Boolean].

-d [--density] arg
Mật độ ma trận chính xác mục tiêu [0-1]. Bộ 0 để không kiểm soát mật độ.

--gỡ lỗi
Bật gỡ lỗi.

--estimate-ivcov arg
Sử dụng ước lượng ma trận hiệp phương sai nghịch đảo thay vì nghịch đảo ma trận [Boolean].

-f [--ali] arg (= -)
Tệp căn chỉnh [đường dẫn]. Nếu '-', đầu vào chuẩn. Vỡ nợ: '-'.

-g [--gapth] arg
Ngưỡng tần số khoảng cách có trọng số (0-1].

-h [- trợ giúp]
Tạo thông báo trợ giúp này.

-i [--input-format] arg (= phẳng)
Định dạng đầu vào [phẳng | xml].

--icme-timeout arg (= 1800)
Thời gian chờ ước lượng ma trận hiệp phương sai nghịch đảo tính bằng giây [0-). Áp dụng cho mỗi chuyển đổi
gọi một cách độc lập. Nếu thời gian chờ xảy ra, chương trình sẽ thoát với trạng thái 2.

--mincontsep đối số
Sự phân tách cặp dư tiếp xúc theo trình tự tối thiểu được đưa ra trong các axit amin như
(ji> = arg). 1 đối với các chất cặn bã liền kề. [1-).

-o [--output-format] arg
Định dạng đầu ra [evfold | pfrmat_rr | bioxsd].

--parprof arg (= default)
Cấu hình tham số (tùy chọn) [mặc định | evfold | psicov]. Cấu hình mặc định là mở rộng.

Đối số dòng lệnh có thể được sử dụng để ghi đè các giá trị cấu hình.

mở rộng
Kích hoạt chế độ tương thích EVfold-mfDCA [1].

tâm lý
Kích hoạt chế độ tương thích PSICOV [2].

psikov-sd
Kích hoạt chế độ mặc định hợp lý PSICOV [2]: rho mặc định cố định, không có kiểm soát mật độ.

-w [--pscount-weight] arg
Trọng lượng số lượng giả [0-1].

-p [--pseudocnt] arg
Số giả [0-).

--pep
In các thông số hiệu quả trên sai số chuẩn. Sử dụng tùy chọn này để xem những thông số nào
liên hệ tự do(1) được chạy với chi tiết. Điều này đặc biệt hữu ích khi --parprof
tùy chọn được sử dụng kết hợp với các tùy chọn khác.

--rho tranh luận
Giá trị ban đầu của tham số chính quy Glasso [0-). Nếu phủ định, hãy chọn giá trị
tự động.

--quiet arg (= 0)
Không in gì ngoài thông báo lỗi về lỗi tiêu chuẩn. Không ảnh hưởng đến --gỡ lỗi.

--veczw tranh luận
Sử dụng trọng số trình tự được vectơ hóa khi có sẵn [Boolean].

--phiên bản
Phiên bản in.

EXIT TÌNH TRẠNG

0 Không có lỗi - thành công.

1 Lỗi không xác định.

2 Hết thời gian chờ (xem --icme-thời gian chờ) xảy ra.

VÍ DỤ

/ usr / share / freecontact / a2m2aln --query '^ RASH_HUMAN / (\ d +)' <'/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold> PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd <'/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml'> PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov </usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln> demo_1000.psicov

GHI CHÚ

Để có hiệu suất tối ưu, hãy sử dụng Phần mềm Đại số Tuyến tính Tự động Điều chỉnh (ATLAS)
thư viện biên soạn on các máy nơi chạy freecontact.

Sử dụng freecontact trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net