Đây là lệnh fuzztrane có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
fuzztran - Tìm kiếm các mẫu trong chuỗi protein (đã dịch)
SYNOPSIS
fuzztran -sự nối tiếp tiếp theo -mẫu Belt Hold [-khung ] [-bàn ] -outfile báo cáo
fuzztran -Cứu giúp
MÔ TẢ
fuzztran là một chương trình dòng lệnh từ EMBOSS (“Tổ chức Sinh học Phân tử Châu Âu Mở rộng
Bộ phần mềm"). Nó là một phần của (các) nhóm lệnh "Nucleic:Motifs,Protein:Motifs".
LỰA CHỌN
Đầu vào phần
-sự nối tiếp tiếp theo
-mẫu Belt Hold
Các mã một chữ cái IUPAC tiêu chuẩn cho các axit amin được sử dụng. Ký hiệu 'x' là
được sử dụng cho một vị trí mà bất kỳ axit amin nào được chấp nhận. Sự mơ hồ được chỉ ra bởi
liệt kê các axit amin được chấp nhận cho một vị trí nhất định, giữa các dấu ngoặc vuông '[
] '. Ví dụ: [ALT] là viết tắt của Ala hoặc Leu hoặc Thr. Sự mơ hồ cũng được chỉ ra bởi
liệt kê giữa một cặp dấu ngoặc nhọn '{}' các axit amin không được chấp nhận
ở một vị trí nhất định. Ví dụ: {AM} là viết tắt của bất kỳ axit amin nào ngoại trừ Ala và Met.
Mỗi phần tử trong một mẫu được phân tách với phần tử lân cận của nó bằng dấu '-'. (Tùy chọn trong
fuzztran) Sự lặp lại của một phần tử của mẫu có thể được biểu thị bằng cách làm theo
phần tử có một giá trị số hoặc một phạm vi số giữa dấu ngoặc đơn. Ví dụ:
x(3) tương ứng với xxx, x (2,4) tương ứng với xx hoặc xxx hoặc xxxx. Khi một
mẫu được giới hạn đối với đầu cuối N hoặc C của một chuỗi, mẫu đó
hoặc bắt đầu bằng ký hiệu '<' hoặc tương ứng kết thúc bằng ký hiệu '>'. Một giai đoạn kết thúc
khuôn mẫu. (Tùy chọn trong fuzztran). Ví dụ: [DE](2)HS{P}X(2) PX (2,4) C
thêm vào phần
-khung
Giá trị mặc định: 1
-bàn
Đầu ra phần
-outfile báo cáo
Sử dụng fuzztrane trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net
