gamgi - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gamgi - giao diện đồ họa mô hình nguyên tử chung

SYNOPSIS

gamgi [tệp_1.xml] hữu ích. Cảm ơn ! [tập tin_n.xml]

MÔ TẢ

gamgi là một gói máy tính để xây dựng, xem và phân tích cấu trúc nguyên tử.

LỰA CHỌN

tập tin_n.xml là một tên đầy đủ chẳng hạn như:

../dat/phân tử/hương vị/tỏi.xml
~ / gamgi / dat / phân tử / hương vị / tỏi.xml
http://www.gamgi.org/dat/molecule/flavors/garlic.xml
ftp://ftp.gamgi.org/gamgi/dat/molecule/flavors/garlic.xml

Dữ liệu cấu hình và đối tượng có thể được trộn lẫn, vì vậy tệp_1.xml có thể là một tệp tùy chọn, đã được tải
trước các tệp đối tượng khác. Để tự động hóa quy trình, chỉ cần thêm một dòng như thế này vào
~ / .bashrc:

bí danh gamgi = 'gamgi ~ / gamgi / my_defaults.xml'

MÔI TRƯỜNG

GAMGI_HELP
Đặt biến này để cho GAMGI biết vị trí của các tệp tài liệu Trợ giúp. Vì
ví dụ, thêm một dòng như thế này vào ~ / .bashrc :

GAMGI_HELP =~ / gamgi / gamgi / doc; xuất khẩu GAMGI_HELP

GAMGI_TEXT
Đặt biến này để cho GAMGI biết đâu là tệp .ttf DejaVu, để hiển thị
phông chữ chắc chắn. Ví dụ: thêm một dòng như thế này vào ~ / .bashrc:

GAMGI_TEXT =~ / gamgi / gamgi / src / io / phông chữ; xuất khẩu GAMGI_TEXT

TRÌNH DUYỆT
Đặt biến này để cho GAMGI biết trình duyệt nào sẽ khởi chạy, trong trường hợp biến này được chọn
để đọc Trợ giúp. Ví dụ: thêm một dòng như thế này vào ~ / .bashrc:

BROWSER = firefox; xuất khẩu TRÌNH DUYỆT

CỨU GIÚP

Đọc thông tin giới thiệu với Trợ giúp-> Bắt đầu. Duyệt qua tài liệu tại
http://www.gamgi.org/ hoặc bản sao cục bộ của nó tại gamgi / doc /. Sử dụng các cơ chế trợ giúp được tái hợp
dưới nút Trợ giúp. Đăng ký danh sách mailling[email được bảo vệ]>.

Liên hệ với tác giả tại[email được bảo vệ]>.

Trong tất cả các giao diện và định dạng, độ dài tính bằng góc, góc tính bằng độ và
số thập phân được biểu diễn bằng dấu chấm. Mọi tham số có thể được xác định trong một
giao diện cũng có thể được xác định trong một tệp và ngược lại.

GIAO DIỆN

Xoay, di chuyển, chia tỷ lệ đối tượng đã chọn bằng cách nhấn nút chuột trái, giữa, phải.
Xuất đối tượng đã chọn bằng cách chọn Tệp-> Xuất. Thanh trạng thái hiển thị đối tượng đã chọn
(trái) và lớp (phải).

Để chọn một đối tượng, hãy chọn Đối tượng-> Chọn và nhấn qua đối tượng. Hoặc chọn đối tượng
lớp trên menu phía trên, với nút ở giữa, trước khi nhấn vào đối tượng. Hoặc nhấn
hai lần Lớp, Cửa sổ hoặc GAMGI trên menu ở trên. Khi đối tượng không có hình ảnh
biểu diễn, nhấn chuột qua vùng đồ họa, để bật lên menu.

Để chọn một lớp, hãy chọn Lớp-> Chọn và nhấn chuột qua vùng đồ họa, để bật
lên thực đơn. Hoặc chọn lớp lớp trên menu phía trên, với nút ở giữa, trước
nhấn chuột qua vùng đồ họa, để bật lên menu.

Các vật thể rắn thường yêu cầu đèn chiếu sáng có các thành phần khuếch tán và đặc điểm phải phù hợp
được biểu diễn trong không gian 3D, nếu không chúng trông phẳng. Các đối tượng có dây không có 3D
đại diện, vì vậy ánh sáng khuếch tán và ánh sáng đặc biệt không bị phản xạ, trở nên kém nhìn thấy
khi sử dụng đèn, trừ khi sử dụng một bộ phận quan trọng của môi trường xung quanh. Thường thì nó đáng để
vẽ các vật thể rắn và có dây trong các lớp khác nhau, có và không có đèn.

Khi hộp thoại tác vụ mở, để tìm hiểu cách thức hoạt động, chỉ cần chọn Trợ giúp-> Hiện tại và một
hộp thoại sẽ bật lên, giải thích ý nghĩa của tất cả các tham số trong hộp thoại tác vụ.

Để xem giải thích chi tiết về các giao diện GAMGI, hãy tham khảo sách hướng dẫn tham khảo tại
http://www.gamgi.org/interfaces/reference.html, doc / interface / reference.html or
Trợ giúp-> Chủ đề-> Giao diện.

M FORU ĐƠN

GAMGI có thể nhập tệp vào .XYZ và . Xml định dạng gốc, được chọn tự động bởi tệp
gia hạn. GAMGI có thể xuất tệp trong .ps, .ppm, .jp [e] g, . Png, .tif [f], .x3d và bản địa
. Xml định dạng, được chọn tự động bởi phần mở rộng tệp.

Ở định dạng XML gốc GAMGI, phân tử nước có thể được mô tả như sau:












Để xem giải thích chi tiết về các định dạng GAMGI, hãy tham khảo sách hướng dẫn tham khảo tại
http://www.gamgi.org/formats/reference.html, doc / format / reference.html or
Trợ giúp-> Chủ đề-> Định dạng.

VÍ DỤ

Chọn Trợ giúp-> Hướng dẫn để nhận danh sách các quy trình được mô tả đầy đủ, minh họa hầu hết
các khía cạnh của công việc với GAMGI.

Sử dụng gamgi trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net